Bitcoin Forum

FoldingCoin использует ваш компьютер для моделирования процесса сворачивания белков в теле человека. Результаты полученные в этом исследовании будут использованные на изготовление и получение новых медицинских препаратов, способов лечение а также возможно с вашей помощью будут открыты новые открытия в медицине и исследовании белка в частности. Это проект Folding@home, разработанный в Стэнфордском университете "Stanford University" (http://www.stanford.edu/) . Каждый день ваш персональный компьютер может участвовать в значимых исследований в медицине. И при этом вы будите получать вознаграждение в виде криптовалюты FLDC.

Все доноры Folding@Home оценивают данный проект высокой оценкой  они помогают создать лекарства, не делая ничего, кроме запуска программы. Раньше это делалось без какой либо выгоды, но теперь,  с появлением криптовалют и технологий связанных с ними, за труды вашего компьютера вы получаете деньги! Совмещая полезное с выгодой ;)

Используя технологию Bitcoin 2.0, мы создали "FoldingCoin" [FLDC], который мы распространяем среди вас, как награду за помощь исследованиям. FoldingCoin это цветная криптовалюта, которая использует blockchain Bitcoin и протокол Counterparty (https://bitcointalk.org/index.php?topic=395761.0)

FoldingCoin это часть глобального проекта Folding@Home!

Folding@Home (F@H, FAH) — проект распределённых вычислений для проведения компьютерного моделирования свёртывания молекул белка. Проект запущен 1 октября 2000 года учёными из Стэнфордского университета. По состоянию на июль 2008 года — это крупнейший проект распределённых вычислений, как по мощности, так и по числу участников

По состоянию на 15 мая 2013 года в проекте Folding@Home активны около 220 000 CPU, 23 000 GPU[4]. Суммарная производительность составляет 7 петафлопс. В 2007 году книга рекордов Гиннесса признала проект Folding@Home самой мощной сетью распределённых вычислений. По состоянию на декабрь 2011 года проект Folding@Home занимал вторую строчку мирового рейтинга самых мощных систем распределённых вычислений, уступая лишь Bitcoin, мощность которого составляла 161 петафлопс. Для сравнения, первую строчку в мировом рейтинге суперкомпьютеров TOP500 занимает система «K computer» с мощностью около 10,5 петафлопс, второе место у «Tianhe-1A» (2,5 петафлопс).

Подробнее почитать о проекте вы можете на Википедии по ссылке ниже:

https://ru.wikipedia.org/wiki/Folding@home

Официальный сайт: http://foldingcoin.net/
Официальная ветка (http://letstalkbitcoin.com/forum/post/asic-proof-altcoin-on-counterparty)
Общее количество монет: 1,000,000,000
Клиент для добычи FoldingCoin Скачать вы можете здесь http://folding.stanford.edu/#
Как добывать FoldingCoin? (https://bitcointalk.org/index.php?topic=886185.msg9947578#msg9947578) by denis72

Биржи:
https://masterxchange.com
https://counterwallet.io
https://www.poloniex.com new

Кошелёк:
https://counterwallet.io

Большой FAQ (https://folding.stanford.edu/home/faq)

Социальные сети:
Facebook (https://www.facebook.com/FoldingCoin)
Twitter (https://twitter.com/FoldingCoin)
Youtube (https://www.youtube.com/channel/UCc1YlgCEN3kMT6nI5suM76Q)
Vkontakte (http://vk.com/club82575637) (не официальная)

Обратная связь:
Skype: foldingcoin
Mail: rross@foldingcoin.net

Зарезервировано

Дополнил.

Ну что же, давайте поборимся вместе против рака. Концепция мне нравится.

При регистрации, мне только прислали на е-майл passkey. А как и где, мне указать свой кошелек куда я буду принимать вознаграждение. Немного вот это момент я не допонял?

Объясните плз, как происходят выплаты как начисляются монетки?

Мой стат http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=userpage&username=1BuZsZt7cMPs4iduCcWBYXxme8n7nV8Dj6

Посмотри видео http://foldingcoin.net/video-tutorials/

Если всё правильно, то как я понял автоматически поменяются поинты на монеты и придут на кошелёк.

Да, я видел это видео, там говорится о том, как подключится к системе как настроить клиента. И ни слова о начислении вознаграждения. Ок, подождем когда начислят поинты.

Все, разобрался, монетки "побежали"! ;)

Если не сложно отпишись как. Добавлю в первое сообщение.

Да собственно и говорить нечего. Установка, настройка клиента как в видео. А дальше, остается только подождать некоторое время, пока начислят первые поинты. Потом, поинты конвертируют в монетки, которые в свою очередь, незамедлительно поступают в кошелек. :) Довольно часто глючит Web control, по-этому, трудновато бывает отследить свои успехи, и свои позицию в рейтинге. Но разрабы пишут, что работают над проблемой. Подробно не разбирался сколько начисляют и как рассчитывают, т.к. в англ. не силен а времени было мало переводить.

Ясненнько, сколько хоть накапало если не секрет?

Не секрет. :) 40 FLDS=0.00118072   XCP за шесть часов. Но для моего "чудо"- компа это неплохой результат.

Спасибо, интересно сколько можно намайнить на фермочке, может их выгодно майнить. Может кто-нибудь попробует и отпишется.

Может быть есть калькулятор расчета?

Может это оно? Я просто не пойму что такое PPD

А что, ОНО? Поконкретнее пожалуйста?

Забыл ссылку вставить!))) http://foldingcoin.net/speed-benchmarks/

А по русски можно шаги расписать, как там че правильно настраивать? А то я в этом видео англицком нифига не понял

Я 26 числа ближе к вечеру попробую сам, и после этого напишу мануал. Тут дядька знакомого как раз исследует это у себя в институте и хочет подключить свой мощный сервер. Поэтому видео инструкции наверно не будет, хотя может дома повторю и выложу на ютуб.

Да там сложного ничего нет, я делал все по видео. В английском то-же не шибко шарю. Но там все понятно. Скачать майнер ( клиент), установить то-же, ничего навороченного. В настройках указать свое имя (в виде номера своего кошелька на контервалет). Да, предварительно надо кошелек зарегать у кого его там нет https://counterwallet.co. Затем зарегистрировать в сервисе. В клиенте есть кнопка Configure, а там вкладка Identity. С указанием своего имени (адреса кошелька) и емайла на сайте Folding@Home. Пасскей пришлют на указанную почту. Его тоже надо впечатать в настройках клиента, верифицироваться и все. Клиент запущен и начинает считать. Есть веб -статистика. Там все четко показывается как идет процесс, и как начисляются поинты. Выплаты идут автоматически на указанный кошелек. Вот так выглядит моя статистика http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=userpage&username=1BuZsZt7cMPs4iduCcWBYXxme8n7nV8Dj6
 1) http://ipic.su/img/img7/fs/Image2222.1419588281.jpg

 2) http://ipic.su/img/img7/fs/Image121211.1419585398.jpg

Меня сбивает с толку то, что Фолдинг-клиент называют майнером. Это стандартный Фолдинг-клиент или какой-то модифицированный?

Да это я так, по привычке. :) Стандартный фолдинг-клиент, конечно.

Спасибо за мануальчик. Всё получилось! Добавил в первое сообщение.

Честно я не знаю, наверное это я сбил с толку переводом. Отредактировал.

Добавил статью на википедии.

Да не за-что, всегда пожалуйста. :)

Не понял, надо заводить свою почту на сайте Folding@Home или при регистрации указывать свою почту?

Нет, просто свою почтовый адрес любой, на него пришлют письмо с ключом. Ключ надо вставить в форму в клиенте. Загорится зеленый кружек Valid. Значит все нормально.

Спасибо, будем пробовать ))
А что-то мужик на видео еще потом перед адресом кошелька вписал PookTwo_FLDC_  и сменил номер команды на 86565 - это нафига?

Насчет изменения имени, ничего не могу сказать, не знаю. Я поставил в качестве имени, номер своего кошелька. А номер команды это на ваше усмотрение, я подключился к команде 226728. В команде просто удобнее смотреть свою статистику, относительно других участников. В самом первом посте Yaremi указал список команд там даже есть российские. Выбирайте сами.

Честно говоря, не увидел в первом посте списка одобренных команд. TSC Russia там есть?

В первом посте, в ссылке на Википедию.https://ru.wikipedia.org/wiki/Folding@home
TSC! Russia (номер команды 47191) — в настоящее время самая успешная и производительная российская команда в проекте, занимающая 7-е место (02.03.2013) по скорости вычислений и 5-е место (на 02.03.2013) по количеству набранных очков в мире (из более чем ста тысяч команд).
https://ru.wikipedia.org/wiki/TSC!_Russia

А вот у меня теперь вопрос? Могу-ли я поменять команду? Я то-же хочу в российскую группу.

Команду то ты сможешь сменить, а вот будут ли тебе платить после смены команды я не думаю.

Ведь сейчас ты в команде FoldingCoin. А если ты её сменишь наверное выйдешь с неё и платить тебе не будут.

Да фиг с ним. Это не принципиально. Просто спросил. Для общего развития. ;)

А выплата произойдёт когда прогресс 100 процентов достигнет ?

Скорее всего да. Выплата происходит когда закончена задача.

Так вот я и думаю, нафига мужик в видео добавил к адресу пару слов, а потом еще команду сменил? К чему это?

Вот тут я определенно ничего не могу сказать. Т.к. наверняка в оригинальном FAQ про это все рассказано. Но, к сожалению я в английском не силен. Увы... ((

В кошельке контерваллет есть BTC и XCP. Я так понимаю должны начисляться XCP ? Есть еще встроенная биржа, где уже присутствуют FLDC. Сегодня ночью ушло два решенных задания, пока ничего не начислили. Я предполагаю начисления происходят раз в сутки. Только не понятно что за XCP...

Да, монетки приходят примерно раз в сутки. Как только монетки начислят в кошельке появится вкладка FLDC. Там-же в кошельке, их можно поменять на встроенной бирже на XCP.

XCP напрямую не начисляются за фолдинг. Начисляются активы FLDC, которыми можно торговать на бирже XCP, прямо в кошельке.

В контерваллеты используют технологию цветных монет. Тебе на твой BTC и XCP адрес (он одинаковый) придут FLDC. Типо как активы в нексте. Только тут их называют жетонами - цветными монетами. То есть XCP и другие монеты в контерваллете работают по верх биткоина, используя его блокчейн. вы может когда-то читал о возможность таких технологий. Вот это и реализовал контерваллет.

Insufficient bitcoins at address 1PmofV24hLkhiTpEtkzBiXUMUmsDQJtbmR. (Need approximately 0.000278 BTC.). You must have a small amount of BTC in this address to pay the Bitcoin miner fees. Please fund this address and try again.
пишет при обмене..
Помогите плиз

Спасибо всем за объяснения, это действительно нечто новое с чем я не сталкивался, в смысле такого рода кошелек использующий блокчейн битка. Кстати вот еще вопрос, насколько я помню в обычном фолдинге была тема с увеличением бонуса очков, но для этого надо было новому зарегистрировавшемуся просчитать 10 заданий, тут так же ?

Фолдинг, он и в Африке фолдинг. Везде надо это дело прокачивать. Хотя денежки, по ходу, и без этого капают.

Чтоб сделать сделку, у тебя должно быть немного биткоинов, чтоб оплатить комиссию за сделку. Закинь себе немного битков. Я ещё полгода назад закинул 100 тыщ сатоши мне до сих пор хватает.

Ух ты как начислили.. Круто!! За два задания.. Нормально...
http://fah-web2.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=userpage&username=1BuZsZt7cMPs4iduCcWBYXxme8n7nV8Dj6&teamnum=226728

Что, много начистили? :)

Да нормально.. С учетом того что на нотнике в 2 потока. Нормально...

Я представляю себе, на "ферме". Было-бы вообще изумительно..

Но фермы нет.. (( Увы...

Что-то мне ничего не приходит, хотя делал все правильно http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/main.py?qtype=userpage&username=1NzVNFTsN3NhCEj1R4B8Br1YQ4P29C5BwQ

Хотя может еще не было нового распределения, так как последнее было 30 декабря судя по твитеру.

Может каждый еще прокомментирует ? Там уже 3 человека тоже самое сказали.

У меня ощущение что человек в ручную дистрибуцию FLDC делает, вон там в твитере пишет Странновато конечно как-то...

Да нормально все... Платят...Как обычно
http://ipic.su/img/img7/fs/Bezymyannyj.1420058299.jpg

Ну вот ща заплатили и за 30 и за 31, я ж говорю там чел со счетами в ручную перечисляет.

Это вряд-ли...  :)

 
Да точно говорю, каждого по таблице сверяет и отправляет коины)))) Кстати всех с новым 2015 годом!

И вас с  праздником!!!

http://ipic.su/img/img7/fs/unnamed.1420063726.gif

Вопрос возник по контерваллету.
Капают, значит, мне туда фолдингкойны, капают, нормуль...
Но вот откуда он у меня стал показывать несколько биткойновских копеек, мне совершенно непонятно.
Это какой-то бонус или просто показывают, что вот столько моих фолдингкойнов будут стоить столько битков?

Это наверное часть комиссий, которыми контрваллет делится. В общем таки да, бонус.

А кто в курсе, что это за FLDCVOTEII в кошельке появился? Количество равно количеству обычных фолдингкойнов.

Я и сам толком не понял. Знаю, что их можно как-то обменять 1:1 на обычные FLDC. (дополнение: похоже их менять не нельзя. просто с помощью их можно голосовать, за и против) С низу ссылки, но форум закрытый. Поэтому кто не зарегистрирован и не имеет доступ выкладываю текст сюда.

Может кто добрый осилит и скажет нам что к чему. Бо я сейчас на перевожу))

http://letstalkbitcoin.com/forum/post/distribution-change-proposal-for-fldcvoteii-on-feb-15th-2015
http://letstalkbitcoin.com/forum/post/fldc-voting-system
http://letstalkbitcoin.com/forum/post/fldcvote-rules-for-feb-15-change

Почти за двое суток получил 400 FLDC, что примерно 5 рублей. Это с 3-ех 7870 (R9 270X).
Не рентабельно... или я не так считаю?

а куда вбивать адрес своего кошелька?

Согласно официальному гайду, на данный момент существует 2 способа указать свой кошелёк.

1. В формате “CounterwalletAddress”
То есть просто в поле Name указываем кошелёк. При этом команда должна обязательно быть 226728. Соответственно в поле Team вводим эти цифры.

2. В формате “AnyUsername_FLDC_CounterwalletAddress”
При вводе таким способом, можно указывать любую другую команду.

Информация взята отсюда - http://foldingcoin.net/windows-guides/#setup

Хорошая монетка с реальной пользой для человечества.

Срочно! Всем у кого есть в кошельке FLDCVOTEII

Голосуем! Кто за то чтоб добыча монеты сокращалась в двое каждый год? Шлём FLDCVOTEII сюда 1FC788emYm92ijZwLfJ8mqQqFqk28pvQK5

Кто за то чтоб не сокращалась? Шлём сюда. 1FEmjVteW8AmzeVj5FnEwGhqgjGnZouosv

Кто воздержался шлём сюда! 1NjXUA1z7sP76aRABfvFSxj39MfKJqQQmN

Информация отсюда http://foldingcoin.net/fldc-voting/

А также хорошая новость! FLDC добавлена на новую биржу https://www.poloniex.com/exchange#btc_fldc

Приятных торгов!

Отличные новости! Проголосовал.

вопрос: у меня запущен клиент (майнер) на нескольких машинах, как посмотреть статистику в разрезе по каждему из компьютеров.

Сделал все, как написано, майнинг уже полдня, на балансе коунтерваллета 0. Points earned 8237

Честно я не знаю, может кто-то отпишется ещё.

Жди, автоматически придёт в течении суток.

Сколько получается заработок? А то у меня есть 30 карт:) Пока кинул одну ради интереса.

подскажите, вот например у меня компьютер вычислял и остановился на отметки 12,18%. Мною был выключн компьютер. Завтра если я его включу, майнер начнет заново вычисления или продолжит с того момента на котором остановился.

Продолжит примерно с того места, где остановился, на несколько процентов меньше. А вообще по каждому заданию есть срок, в течение которого необходимо его просчитать и отправить результат на сервер. Обычно это несколько дней. Скачанное задание может считаться и в оффлайне, при подключении в интернету результат просчета будет отправлен на сервер и будет скачано следующее задание для данного слота (GPU или CPU).

Выплаты на коунтервалет приходят один раз в сутки, статистика за прошедшие сутки обновляется в 09:00 по МСК. Интервал обновления текущей статистики равен 3 часам, мониторить можно здесь http://folding.extremeoverclocking.com/user_list.php?s=&srt=1&t=226728. Распределение по ежедневным выплатам можно глянуть здесь http://foldingcoin.net/distribution/

Пробовал кто-то поставить программку на ВПС даровый ( иои почти даровый), который к примеру есть у Амазона. Стоит этим играться?

Сам не пробовал, но скорее всего нет смысла... На проце много не нафолдишь, к примеру проц Corei7 3770k в сутки выжимает около 20000PPD, а с их процами столько вряд ли выжмешь. Сейчас на видеокартах уже не угонишься за топ 10, каждый день прибывает в наших рядах в геометрической прогрессии после выхода монеты на биржу. По объему продаж сутки FLDC сегодня уже на 7-м месте, подвинув CLAM, XRP и BURST.

Поскажите, пожалуйста, а где можно посмотреть список видеокарт nvidia и radeon, которые подходять для данной монеты/проекта.

Они все подходят, только проекты надо соответствующие выбирать.

ну, я так понял один проект foldingcoin@home и все. за это мы и получаем оплату в FLDC

нет, вы неправильно поняли. Есть группа  foldingcoin, а проектов куча разных.

Простите, за нубский вопрос, а для майнинга имеет значение какая шина памяти (ну, типа 64 бит, 128 бит ....), объем памяти (512 Мб,  1024 Мб, ...) а также тип памяти (DDR-3, DDR-5). Заранее благодарен.

Нет, не имеет, но есть одно требование проекта folding@home: на 1 видеокарту выделяется 1 ядро процессора для нормальной работы. Хотя у меня на ферме с одноядерным процем (AMD SEMPRON 145) из 5-ти видеокарт запустились 4 видеокарты, то есть 0,25 ядра на видеокарту.

возможно, кто то подскажить, есть ли возможность посмотреть статистику общую но в разрезе по каждому компьютеру/устройству. Вот например как это в world community grid. Дело вв том, что работаю 3 компьютера, и нипонятно, который сколько намайнил или вообще намайнил. Для того, что бы узнать, приходиться на каждому запускать смотреть статистику.

http://www.overclockers.com/forums/showthread.php/750355-HFM-NET-v0-9-2-712-Now-Compatible-with-FAH-v7-4-4

Для локального компа будет работать сразу, для удаленных нужно в FAHControl в Remote Acces добавить к 127.0.0.1, IP - компа с которого будет запускаться HFM и перезагрузить клиент на удаленном компе (например 127.0.0.1, 192.168.1.15). Вбивать в два поля IP Address Restriction и Passwordless IP Address Restriction, а может и водно, хз лень было вникать.

127.0.0.1 должны быть первыми строчками вообще в любом клиенте, если их удалить, клиент станет Inactive и ничего видеть не будет, хотя считать продолжит, придется править файл с конфигом.

Ну и соответсвенно в самой HFM добавить клиент V.7 там указать IP удаленного компа. Если вдруг не получится, то возможно надо еще открыть на доступ папку C:\Users\User Name\AppData\Roaming\FAHClient, возможно нет, просто у меня сначала не цеплялись компы, я думал дело в этом, потом оказалось что удаленные компы должны быть перезагружены после добавления IP.

Не забываем установить интервал обновления 1 минуту, вроде минимальное значение.

Update. Ща перечитал ваш пост и понял что это не много не то что вам нужно, но по каждому компу статистики вообще не существует, ведь все считается на один адрес (никнейм), правда в этой проге можно смотреть сколько заданий по каждому компу, точнее даже по каждой видяхе компа успешно\не успешно выполнено.

Вот скрин http://s14.postimg.org/pnmfic1yn/image.jpg (http://s14.postimg.org/pnmfic1yn/image.jpg) Биттолк тупит не вставляет картинку...

как я понял, в клиенте можно вообще выкинуть проц из фолдинга, если не нужно
правой кнопкой в окошке folding slots
соответственно, проц полностью освободится для контроля за GPU

Всем спасибо за ответы. Очень признателен. Каждый помог по своему.  ;)

кто подскажет, почему валлет на counterwallet.io у меня пустой ? майню третий день - два проца + 7970
upd
почитал инглиш гайд, поправил - заработало

Не поможет ли кто-то прояснить смысл написанного тут (http://forum.italkmoney.com/user/10984-gal40n0k85/?tab=topics) про "снапшоты" ?
Не могу понять для чего они нужны. Там говорится, что можно получать FLDC продолжая считать за существующего участника (с сохранением всех полученных ранее кредитов), или я не правильно понимаю ?

Здравия всем. Вопрос у меня по начислению FLDC на кошелек контервалет.
вообщем получил несколько пойнтов (пока 480)
действия которые производил:
-скачал клиент
-зарегистрировался на контервалет
-вставил адрес в клиент без логина и вступил в группу 226728
-получил пасскей на электронную почту и вставил в клиент.
Вот вроде все по инструкции
прочитал на форуме что FLDC начисляются каждый день в 9 по мск, но сегодня не получил ничего.
может пока еще рано?
или я что то неправильно сделал?
обновляю.
просто дождался оплаты

что-то одни вопросы без ответов пошли
задам и я свой
каково соотношение поинтов к FLDC ?

В чём различие между ALL и FLDC, что лучше прописать в нике ? На ALL будут XCP жетоны начисляться наряду с FLDC, я правильно понимаю ?

при ALL будут приходить все аффилированные форки, включая все добавляемые в дальнейшем
сейчас пока что их два - POW и SCOTT

Капец, расшифруйте кто-нибудь эту абракадабру. Совершенно непонятно, о чем идет речь.

Да ет все понятно merged mining в действии. Вот у меня только один вопрос, можно к текущему адресу добавить ALL (изменить его) за который считаешь в данный момент или надо новый создавать ?

Отвечу сам ))) Посмотрел на ники в топ 10 http://folding.extremeoverclocking.com/team_summary.php?s=&t=226728 и стало ясно что народ создавал новые адреса, так как считать начали буквально дней 7 назад, как раз когда его и ввели.

На странице фолдинга говорят об обратном
Так все-таки как изменить существующий адрес в контервалет ? Или надо просто тупо дописать в клиенте ?

что мешает создать новый адрес в контерваллет и добавить его в клиент вместо предыдущего уже с приставкой ALL ?

Ничего не мешает, но на странице проекта говорится о том что можно добавить в существующий. А если я с первого взгляда не вижу как это сделать, я начинаю задавться вопросом, почему я не понимаю\не вижу как это сделать и хочу разобраться. Кстати если все создадут новые адреса, то команда пополнится на *2 новичками ))

ну тогда не знаю, я не заморачиваюсь, считаю пока под FLDC, остальные мергед-форки какие-то вялые

Нашел некий типа гайд в 3-м посте https://forums.counterparty.io/discussion/699/ann-fldc-foldingcoin-mine-medicine чета еще больше нихрена не понял. Там датировано октябрем 2014 года, и написано про то как поменять команду, и основной упор на то что вы должны сгенерировать новый адрес и добавить к нему ник и FLDC. Короче объясните кто в теме что сие значит просто добавь воды эээ Username_ALL_ в клиенте FAH ?

С другой стороны тоже верное, нах они нужны эти мерджет-форки, но мне кажется если раздают, надо брать.  ;D

Т.е. часть жетонов будет начислятся в этих самых мерджед-форках вместо FLDC, если прописать ALL ? Или они идут прицепом к основным FLDC ?
Никто не пробовал, кстати, совместно добывать кур и FLDC ?  У меня почему- то совсем смешные кол-ва капают, около 0,5 кур за 300000 очков получил. Полгода назад веселее было с одними курами :(

Конечно прицепом. Вообще не понятно почему столько вопросов, это ведь аналог самого первого мерджед майнинга NameCoin.

Как пока не очень все понятно, наберусь терпения, буду вникать, кстати, кто будет присоединяться к проекту, добро пожаловать в нашу команду TSC!Russia с номером 47191, вам все равно, а нам место важно :)

не то чтобы я сильно разочаровался в этом проекте, но есть неприятный момент
часто отваливаются задания - collect server 0.0.0.0 - видюха простаивает
на инглиш факе написано что-то вроде "это, конечно, плохо, но так бывает"
я пока сделаю паузу

Ага еще и задания битые бывают или видяха их "бьет" хотя считает всякие монеро на ура, особенно обидно если задания на 18-20 часов убиваются. Этим конечно сильно от майнинга отличается, но зато якобы полезные вычисления, которые правда потом продадут за дорого фармацевтическим компаниям видимо, короче все не так просто. Кстати говоря FLDC не связано с Folding@Home, сноска на сайте foldincoin.net, что тоже не очень хорошо в плане будущего FLDC. Но что радует, проекту очень много лет, около 15 чтоль, правда неаффиляция с FLDC несколько настораживает...

Проблема возникла, может, кто сталкивался с таким:
Отправил немного фолдингов на poloniex, транзакция прошла (f7e4634b642da92f9a749e8b851b29a3287a31bf502e080827758694ec8f59a3)
Но вот на бирже что-то ничего не появилось.
Раньше выводил на этот же адрес без проблем.
Кто знает, это с кошельком проблема или с биржей?

С биржей.

XCP and Counterparty asset deposits and withdrawals are delayed pending a reindex.

Пишите сразу с супорт Полоникса . В чате сегодня жаловались что платежи из контрвалета не доходят

Депозиты на полонексе заработали, проверяйте балансы.

Пока глухо, как в танке... Саппорт ответил стандартной отмазкой типа "Извините, есть така проблема, пытаемся решить"

Ясненько, ну значит остаётся ждать. Не буду пока депозитеть.

Была один раз похожая проблема. Написал в супорт контрпати и Полоникса. Решилась за несколько часов.

Мне писали всякую писанину на ящик, но проблему так и не решили. Денежки как в воду канули...

Ну на Полоникс это не похоже. Всегда доходили. Вы наверное отправили когда там была сверка с Контрвалетом. Они заранее об этом указывают. тогда часты такие ситуации. Да и контрвалет трудно назвать стабильным кошельком, глюки там регулярны, хотя и их стало меньше чем полгода назад. Не отчаивайтесь. Не отставайте от супорта и все решится

Только полоникс писали? А в суппорт самого контервалета?

Я тогда до суппорта контерваллета не добрался. Денежки таки начислили.... причем, довольно оригинально. Сначала кинули один сатоши, а потом уже всю остальную сумму.

Хорошо, что всё хорошо закончилось.

да уж, цена до сих пор не упала ниже 100 сатоши. А ведь то тако как монета попала на поло, её можно было купить за такие копейки..

что за FLDCVOTEIII ? с чем ее едят, а самое главное - где продать ?

они, FLDCVOTEIII,  нужны для голосования

Всё верно. Единственный минус - статистика пользователя по количеству выполненных заданий в ноль сбрасывается, потому что это уже новый пользователь получается.
Сам вот сегодня тоже сменил, посмотрим чего ещё будет в кошель теперь валиться.

up:
Как результат - в кошелёк начал сыпаться какой-то "powc" - "Жетон создан с описанием 'https://twitter.com/POWCOIN', выпущено всего 500,000,000 единиц."

---

Разработчики подбирают название для своего магазина (marketplace) и приглашают всех принять в этом деле участие. В названии им хотелось бы использовать словечки вроде "crypto", "counter", "party" или "folding". Свои предложения писать в эту тему -> https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg11080954#msg11080954

---

hcf27 (https://bitcointalk.org/index.php?action=profile;u=396270) сделал FLDC-кран -> http://www.123contactform.com/form-1475992/Gimme-Some-FoldingCoin
Монеты отсылает вручную, так что предупреждает, чтобы быстрого прихода никто не ждал. И сам он почему-то даёт ссылку на кран такого вида: http://cherry.faucetfly.com/p/folding-coin-faucet

---

По результатам голосования, ребята из Foldingcoin решили поощрять, так сказать, за преданность делу, то есть награждать за общее время, которое пользователи потратили на folding.

Анонс: https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg12838759#msg12838759

Первый уровень: Junior Folder. Стаж от 0 до 30 дней
Второй уровень: Folder. Стаж от 31 до 100 дней - вознаграждение 500 FLDC
Третий уровень: Senior Folder. Стаж от 101 до 200 дней - вознаграждение 1000 FLDC
Четвёртый уровень: Hero Folder. При стаже от 201 до 363 дней - вознаграждение 5000 FLDC
Пятый уровень: Legendary Folder. Стаж от 364 до 727 дней (один полный год) - вознаграждение 10000 FLDC

Для каждого уровня сделали по бейджику (можно увидеть по ссылке выше), при желании поставить на аватар, Jonesd (https://bitcointalk.org/index.php?action=profile;u=216432) даст ссылку на картинку специально для этого подготовленную и соответствующего уровня. Узнать свой уровень можно у него, отправив ему личное сообщение со своим именем из folding@home. Уровень он рассчитывает вручную исходя из количества периодов для выплат, в которые попал адрес/имя клиента из folding@home.

---

В число добываемых монет добавлен "FANTOKEN" от некоего проекта Block Label (http://www.blocklabel.com/), который изначально ориентирован на вознаграждения артистов, добавляющих свою музыку в каталог Block Label.

Ссылка на полную новость в оригинале: http://foldingcoin.net/2015/11/new-merged-folding-token-fantoken/

В связи с появлением на бирже livecoin пары cure/btc, решил наконец изучить про совместную добычу foldingcoin и curecoin.

Краткое руководство для тех, кто уже получает fldc:

1. Регистрируемся на пуле https://www.cryptobullionpools.com/, где в качестве логина указываем логин из клиента folding@home, а pin делаем минимум из шести цифр (данные отсюда -> https://www.curecoin.net/forum/viewtopic.php?f=2&t=3607&p=5058&hilit=foldingcoin#p5055)
2. На пуле в настройках учётной записи обязательно указываем адрес вашего кошелька Curecoin. Его можно получить, либо скачав кошелёк с официального сайта  (https://www.curecoin.net/), либо получить на бирже, например, на том же https://www.livecoin.net/
3. В настройках folding@home меняем команду на "224497".

Статистика обновится через 48 часов.

Описание регистрации на пуле с картинками (на английском языке) ->
https://www.curecoin.net/index.php/knowledge-base/12-knowledge-base/folding-for-curecoin/23-how-do-i-start-folding-for-curecoin#pool
Старая новость от foldingcoin о возможности совмещения с curecoin  (на английском языке) -> http://foldingcoin.net/2015/02/earn-fldc-on-the-curecoin-team/

На процессоре реально намайнить или снова асики и видеокарты доминируют?

Конечно реально. FLDC + кучка разных странных жетонов из counterparty сети и Curecoin зарабатываются с помощью folding@home, который в свою очередь работает только с процессорами и видеокартами, автоматически распределяя задания. На практике задания выполняют даже четвёртые пеньки с включенным Hyper-threading. Медленно и мало, но выполняют.

Асики в curecoin используются, но в других целях.

Откровенно говоря контрпати не понравилось. Там была слишком большая комиссия за вывод. Вроде как потом разрешили выводить деньги сразу на Плоникс минуя контрпати. А вот  идея с Curecoin  интересная и цена у неё повыше чем FLC

Попробую поставить на простаивающий комп. Идея заинтересовала тем что вывод можно делать на биржу Livcoin минуя всех посредников а с нее сразу на ЭПС или даже на карту Капиталист

Вы имеете ввиду что можно использовать алгоритм скрипт для майнинга? Это выгодней чем в Фолдинге собирать монеты?

Да нет там алгоритма единого. Не намайните вы их скриптом. Только выполнением заданий в фолдинге. А до них скрипту, как до Парижу раком.

Поставил на комп. пока ничего не могу понять. В статистике - ноль (Your 24 Hour Folding Points [Folding points verified.] Valid: ) - ничего, но при этом капнуло Current Payout Est. [Pay Per Point] 0.029261 CURE  Account Balance 0.059676 CURE . При попытке посмотреть за что ( https://www.cryptobullionpools.com/accounttransactions) показывает данные с начала года ;D

Вопрос к знающим на их форуме рекламируют облачный сервис который дает возможность майнить монеты https://cloudfolding.curecoin.net/account.php Но информации мало что на самом форуме что на этом облачном сервисе. Я так понимаю 10x NACL Work Units - это 10 выполненных заданий? Кто-то пробовал так добывать эту монету?

Майнить можно SHA-256, чтобы сеть поддержать. Вот пулы -> https://www.curecoin.net/index.php/knowledge-base/13-knowledge-base/mining-curecoin/21-are-there-any-mining-pools
Прибыльность есть, но гораздо ниже, чем от заработка при работе folding@home.

А есть какой-то калькулятор расчета прибыли? Или по грубому сколько падает на счет за 1 выполненное задание?

До сих пор  так и не понял какая прибыльность у проекта. Сделал 14 заданий, на счету 2000 слишним поинтов, насчитала система 0.35745299999999997  cure. Как насчитала так и не понял. В https://www.curecoin.net/community/curecoin-chat чате никого нет,  ято бы попасть на форум нужно написать какое-то письмо админу???? после чего он даст инвайт.Статистика по система странная. Самая большая сумма  у пользователя wilding2004 аж 102 монеты https://www.cryptobullionpools.com/statsAuth

Тоже не понял как там всё считается, а ссылки на калькуляторы не работают какие раньше были. У них тут своя тема есть, если что - https://bitcointalk.org/index.php?topic=603757.0

Спасибо почитаю. В чате так никто и не появился. Снялся с заданий. Пока не разберусь как все работает, ставить не буду.

Появился наконец-то более-менее вменяемый калькулятор в стадии разработки: http://1.curecoinmirror.com/calculatordemo.html

Отсюда: https://www.curecoin.net/forum/viewtopic.php?f=2&t=3879&sid=84a8d4558f79c7807e8e6264085dbb5b


FANTOKEN теперь будет раздаваться случайным образом десяти пользователям каждый месяц. В этом месяце нужно заполнить форму по ссылке -> http://www.blocklabel.com/fantoken/

Сама новость -> http://www.blocklabel.com/blog/2016/2/10/update-on-fantoken-for-folders

Foldingcoin ищут людей, которые заинтересованы в большем вовлечении в работу. Большой текст на английском о том, кто и для чего нужен команде -> https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg14085179#msg14085179

И недавно прошли запланированные видеовстречи (26-го марта (https://www.youtube.com/watch?v=CGNfT8hKNHU), 27-го (https://www.youtube.com/watch?v=Boqj-VM9zxY) и 4-го апреля (http://www.youtube.com/watch?v=UysrJCnrXec)), где наглядно показано, как происходят начисления foldingcoin и расширения с приложениями для Google Chrome, которые в этом помогут. Расширения и приложения кстати:
Tokenly Pockets (https://chrome.google.com/webstore/detail/tokenly-pockets/pdkmidhbflcbhddoagiikmafccadidhh?hl=ru) - кошелёк, который работает с Counterwallet.
Folding@home (https://chrome.google.com/webstore/detail/foldinghome/hmnbjdgjgikbkapaolimfoidihobnofo?hl=ru) - просто создаёт в Chrome ярлык в chrome://apps/ на страницу http://folding.stanford.edu/nacl/, где можно запустить работу с folding@home без установки самого приложения (задействует только CPU).
BitCrystals Box (https://chrome.google.com/webstore/detail/bitcrystals-box/gjjjaogbadfcnaahmnpgcllhmnjbejcg?hl=ru) - тоже кошелёк с открытым кодом для работы с Counterwallet.

Доброго всем вечера!!!
Подскажите, пожалуйста, если меняешь номер команды – статистика от предыдущей команды остается или нужно заново прокачивать Passkey ???

Статистика от предыдущей команды будет отображаться у вас на странице отдельным дополнением, а в новой команде отсчёт начинается с нуля.

Как это выглядит можете посмотреть на моём примере: https://folding.stanford.edu/stats/donor/1806392

Мне тоже было жалко оставлять наработанное в старой команде позади, но за год в новой команде мои результаты обошли оставленное ранее в несколько раз, поэтому нечего жалеть. К тому же выгода от curecoin была ощутима.

Всем привет!!!

Ребята, подскажите если кто знает:
После переустановки винды у клиента появился глюк – первая задание отрабатывается как надо, а новое задание в клиенте все запускается, а видюха стоит без нагрузки. И так бесконечно долго, пока не перезагрузишь систему. Что это такое???
Странно в общем, на старой системе все работало без проблем. При установке: версию винды не менял; версия драйверов – тоже прежняя.

Что в журнале работы Folding@home? Можно найти на вкладке "log".

Кажется причина в том, что при переходе с задания на задание выскакивает ошибка "Драйвер перестал  отвечать и был восстановлен". Сейчас, как раз, поймал переход.
Карта хоть и разогнана, но с такими параметрами работала более недели на старой винде и никаких проблем не было, а проблемы начались только после переустановки винды...
Причем после перезагрузки все без проблем запускается - на этих же параметрах разгона.

Отключение разгона решает проблему?

Да. Походу дело в разгоне было. Без него все работает нормально.

Есть смысл сейчас на видяхах добывать или не стоит заморачиватся ?

Смысл есть. Если вас интересует прибыльность и окупаемость, то зависит от видеокарточек, которыми вы располагаете. Вот рейтинг карт в работе с folding@home: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vcVoSVtamcoGj5sFfvKF_XlvuviWWveJIg_iZ8U2bf0/pub?output=html#

Смысл есть. Если вас интересует прибыльность и окупаемость, то зависит от видеокарточек, которыми вы располагаете. Вот рейтинг карт в работе с folding@home: https://docs.google.com/spreadsheets/d/1vcVoSVtamcoGj5sFfvKF_XlvuviWWveJIg_iZ8U2bf0/pub?output=html#
[/quote]

Я так понимаю Nvidia рулит, У меня только AMD r9 280x-10шт и r9 290-2 шт.((

Да, если интересует прибыльность, то лучше посмотрите на другие криптовалюты популярные в майнинге. Моя референсная r9 290 даже до 250000 ppd не дотягивает. На фоне топов от Nvidia это очень мало.

Подскажите пожалуйста, ? point=1 FLDC

К сожалению, нет. Алгоритм мне до конца не ясен, спрошу в оригинальной ветке.

Распределение уже было, а у меня на балансе 0!

До сих пор? Я пополнение обнаружил только на следующий день. По поводу соотношения ppd к fldc ответили, что со 100000 ppd выйдет примерно 10000 fldc или итого меньше, так как недавно было уполовинивание.

 а этот калькулятор в силе ? https://curecoin.info/merged-folding-profit-calculator/

Да, правда совсем недавно он только вышел из стадии беты.

если по нему судить, то получается зеленым лучше заниматься фолдингом ?

Да, я об этом выше писал как раз. Например XFX R9 290 у меня показывала менее 220 000 PPD, а MSI Geforce GTX 1070 Gaming X в районе 550 000 - 600 000 PPD (на сколько я понял это ещё зависит от проекта.

up:
February 2017 Public Meeting (https://www.youtube.com/watch?v=nUP6e_MnXog)
Кому смотреть некогда:
Разрабатывают fldcbar
https://camo.githubusercontent.com/9417f9985c81c5e8e0ace38a2f1b0f561b629ba7/687474703a2f2f692e696d6775722e636f6d2f587039637142332e706e67

Доброго дня!
Ребята подскажите вам перечислили FLDC??? Или у организаторов проблемы какие-то возникли? 

Кстати новое видео:
March 2017 Public Meeting (https://www.youtube.com/watch?v=PRcB6XJG2OU)

Вчера, кажись, распределение было. То есть нужно было немного подождать.

Несколько дней всё по нулям. Я так понимаю, что начисления не часто происходят?
Где можно смотреть инфу об эти распределениях?

Господа, какой прогноз курса монеты на май?

Раз в месяц. Об этом в новостях на сайте прочитать можно http://foldingcoin.net/news/

Монета пошла вверх.

Возможно кстати из-за того, что curecoin с poloniex убрали.

Извините, а как это связано? Очень интересует вопрос с чем связан этот кроме спекулятивной составляющей.

Мне кажется, что если представить ситуацию, что кто-то вливает деньги целенаправленно во что-то, что даётся как вознаграждение за работу folding@home, то в данный момент возможность того, что закупят fldc больше, за счёт того, что curecoin нет.

А может какое- лекарство на подходе? От облысений, к примеру. :) Какие-то вычисления идут там вместо майнинга.

Ничего нового, рост монеты будет в любом случае, в крипту начали вкладываться уже серьезные компании с деньгами, а не спекули, плюс лишнее монеты с поло убрали. А купить на низах (а я считаю до 500 сатоши это еще низ) самое что ни на есть здравое решение.

Я правильно понимаю,что нужно указать в Change Identity: Name - кошель,Team Number - 226728 ,Passkey - (пасс полученный на майл)?

500 это невероятно задранный верх, покупать надо было год или два назад по 25 сатоши, да только ничего не предвещало роста.
Да, только там не просто кошелёк нужно указать, а ник и то, что принимаете всё, то есть будет выглядеть примерно так:
xandry_ALL_176ZXsA526eRZuxMMCC4wEpZdJjadjvbdR

В команду лучше сразу вступать Curecoin, чтобы получать ещё и их. Выше писал об этом:

Спасибо за подробную инструкцию, думаю стоит попробовать.
Хотя не понятно как долго этот рост продлится, и на каком уровне мы закрепимся в конце концов.

1. Регистрируемся на пуле https://www.cryptobullionpools.com/, где в качестве логина указываем логин из клиента folding@home, а pin делаем минимум из шести
Логин подразумевается - Vita1ico или номер кошеля?

Полностью как Name в программе.

Благодарю,более менее разобрался,в кратце примерно так?
Change Identity:
Name- Vita1ico_ALL_1Ep9JjcvThcyxdEkj1M2khzztZfvfNSAmJ Team Number- 224497 Passkey- пасс с мэйла

 При реге на https://www.cryptobullionpools.com/ ник- Vita1ico_ALL_1Ep9JjcvThcyxdEkj1M2khzztZfvfNSAmJ
В accountdetails пула кошель на Cure взятый с Livecoin.

Да, всё верно.

Почему первая карта в слоте х16 выдает ~700 ppd,а вторая и третья через юсб-райзер по ~500ppd? Как то можно это исправить? Ну чтоб вторая и третья как первая работала.Запуск ютуб на паузе никак не влияет.Карты 1070.

Какой процессор используете? В FAH идёт привязка карт к ядрам, соответственно вам нужно от трёх ядер/потоков хотя бы процессор

Попробуйте прописать дополнительные параметры для слотов в которых эти карты сидят:
http://www.overclockers.com/forums/attachment.php?attachmentid=180509&d=1467197497
http://www.overclockers.com/forums/attachment.php?attachmentid=180510&d=1467197497

очень уж заморочено у этой монеты с регистрацией... как-то пробовал, плюнул и забросил....

xandry , у меня нет этих параметров в слоте GPU,проц 7700, загрузка в диспетчере показывает три ядра (FahCore_21.exe) по 10-13% на ядро.
Если удалить слот(-кофигурация-слот) и создать новый слот,с данными как со второй картинки,то слот появляется как "-1 gpu". Внятного гайда не нашел,с зарубежного форума советовали читать инструкцию с сайта https://folding.stanford.edu/faqs/configuration-guide/ ,но у мну там пусто,за исключением заголовка.

Слот не обязательно удалять и создавать снова, можно редактировать с помощью кнопки "Edit". "-1" всего лишь означает то, что выбор карты происходит автоматически, потому что можете и вручную выбрать, если знать точно какой.

Да,через Edit  отредактилось. Во всех слотах (3gpu) прописал max-packet-size и big,как с нижнего скрина выше,но ppd остался такой же.
Один раз видел,как все три карты на чистой системе выдавали по ~720ppd минут пять,но потом опять всё скатилось до 400-500.
Почему после установки fah-installer_7.4.15_x86_64.exe активна только одна карта,остальные Реади,а на 7.4.4 все работают?

FoldingCoin
как быстро бегает крипта между кошельками? В минутах

от 10 минут до нескольких часов, в зависимости от размера комиссии и нагруженности сети bitcoin.

Foldingcoin это жетон (token) на протоколе couterparty, который в свою очередь использует сеть bitcoin, следовательно вам нужна скорость подтверждения транзакций bitcoin, а не foldingcoin.

О foldingcoin информация по ссылкам в стартовом сообщении, о counterparty на официальном сайте -> https://counterparty.io/
Ну и вдогонку почитайте статью "Время подтверждения Биткоин-транзакции: сколько ждать? (http://great-world.ru/podtverzhdenie-bitkoin-tranzakcii/)"

Проверил - у меня всё работает на трёх клиентах.
Данные с первого попавшегося:
Work server: 155.247.166.220
Collection server: 155.247.166.219

Пробовали перезапустить?

Следующее распределение через 03 недели 04 дня и 14 часов. :)
У них на сайте счётчик справа висит же (http://foldingcoin.net/)

Интересная идея. Раньше как-то не встречал ничего подобного.

а что монеты стоят на бирже?

А что зайти на биржу и самому посмотреть? https://poloniex.com/exchange#btc_fldc

А комп сильно грузит? мой слабенький и старенький потянет? Ой первый раз пробую подключить, переживаю

Вот что за шпилька сейчас появилась?? Около 2х сделала цена, и монета обратно вернулась к тем же цифрам. Кажется монета стала памп/дамп активом, а жаль, ведь несет реальную пользу, побольше некоторых щиткоинов

Пять дней назад было распределение, а счётчик сломался.

подскажите люди добрые как прописать все идентификационные данные. с именем и номером команды я уже разобрался. а вот где зарегистрироваться, что ты получить "passkey" не понятно. перекидывает на общий сайт, а там хрен его знает куда кликать.
заранее благодарен!

Переходите на страничку http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/getpasskey.py
Вводите имя и email, passkey в итоге приходит на email.

еще одно уточнение:
неделю комп включенный, сегодня появилось уведомление, что я заработал 5000 очков, а моя команда там вообще немеренно...
при этом в кабинете на cryptobullionpools у меня на балансе всего 0.0355***** CURE.
собственно хочу понять сколько все-таки я заработал (или пока не заработал) в денюжках и когда, в какой момент это все дело можно обменять наконец?

1. Очки Folding@home и криптовалюты, это разные вещи, хоть и на основании количества первых, вы получаете вторые.
2. 5000 очков это довольно мало. У вас наверное задействован один слабенький процессор?
3. Заработали вы как раз эти 0.0355***** CURE, если больше ничего оттуда не выводили. Плюсом FLDC и ещё какие-нибудь токены должны быть, если username по шаблону.

Извиняюсь за свою корыстность, но сколько сейчас может дать gtx1070 в сутки или месяц cure/fldc/$ ?

Если брать средний показатель PPD для неё 600 000, то судя по калькулятору на странице http://curecoin.net/merged-folding-profit-calculator/,
Даст примерно 75 cure и 2800 fldc в месяц. В пересчёте на битки при текущем курсе это получается 0.005908 и 0.00223098 btc соответственно. В итоге 0,0081 btc или 7923 рубля.
Ну и небольшая личная история успеха в тему:
В конце июля купил Nvidia Geforce 1080 ti и собрал системник специально для фолдинга, скорее в целях альтруистических нежели выгоды ради. На всё ушло где-то 61 т.р. С тех пор этот системничек у меня стоял жужжал, монетки копил.
Примерно каждый месяц проверял, сколько же монеток накопилось и в начале ноября при очередной такой проверке случайно обнаружил, что у происходит "памп" у Curecoin, что бывает крайне редко, и я решил монетки продать. В тот же вечер продал и fldc. Так вот получилось так, что вся себестоимость этого железа отбилась за пару месяцев, в том числе затраты на электроэнергию, ещё и добавив чистой прибыли сверху. ;)

Сейчас кстати у fldc памп идёт.

Очень не плохо! Спасибо за ответ. Погоняю свою домашнюю карту.

xandry,
А сколько 1080TI Дает?

Примерно 220 Cure и 5000 - 6000 fldc в месяц. Количество fldc как-то более плавающее при этом.
Сливать сразу крайне не рекомендую, сейчас команда Foldingcoin делает редизайн сайта, а ребята из Curecoin, хоть и самые медленные из всех кого я видел в плане реализации планов, запустили конкурс для фолдеров -> https://www.facebook.com/Curecoin/posts/1995483130667075

Если интересно, могу перевести условия чуть позже.

К тому же грозятся выкатить таки Curecoin 2.0 с полным избавлением от POW sha256, защиты от квантовых компьютеров и ещё много всяких грандиозных плюх.

ну да для майнинга нужен немного "не слабенький компьютер", потому что он забирает очень много памяти, а если её не хватит то комп на каком то этапе может просто отключиться. к тому же, лучше майнить не в комнате у себя, а где то в гараже, где никому ничего не слышно, и это я не шучу

Интересно сколько вега жмет

ну че народ расскажите майнится монета ?или на поло просто так висит чтобы большие дяди 0.2 % имели с того что-то какой-то паренек купит монет ?

Статистика за декабрь 2017

FLDC Distributed: 7,500,000 FLDC
FLDC Statistics: http://foldingcoin.xyz/?token=FLDC&total=7500000&start=2017-11-01&end=2017-12-01 Нажмите Show stats. Здесь меняете дату и проверяете ваш кошелек: указывается количество очков (PPD), а внизу указывается сколько вы получите FLDC на кошелек.
FAH Total points: 36,180,774,510
FLDC per FAH point: 0.00020729
FLDC Distribution Address: 1L3fFijFt7RYhh3W3C65q1P45orf8sZ5M9
BTC used to distribute: 0.2029251 BTC
Total FLDC Folders: 971
Average FAH Points per Folder: 37,261,354

Источник: http://foldingcoin.net/index.php/news/321-news-public-meeting-december-2017

Получается что за 100 000 PPD приблизительно вам начислят: 100 000 points * 0.00020729 = 20.73 монетки FLDC.

 ребята, подскажите, какие бонусы даёт монетка кроме спекулятивного интереса? мне этот проект очень нравится, только вот интересно, если ли реальное применение монетки? может в магазинах рассчитываться, там за монетки в Стэнфорд поступить  ;D или, допустим, решение какой-то конкретной задачи привело к изобретению лекарства и тогда то у пулу, который фолдил, идёт процент с прибыли  ;) спрашивал в англоязычной ветке, но не ответили

Я думаю что Folding coin и Сurecoin это монетки как поощрение за то что вы участвуете в проекте Foding Home.

Ранее участие в проекте было сугубо добровольным и никак не оплачивалось.

Указал кошелек Curecoin от Bittrex

Монеты получал, но Folding coin не начислены.

Скажите у кого кошелек на livecoin вы получаете обе монетки: Curecoin и FLDC или только Curecoin, которая там и торгуется?

Получил официальный ответ.
Для того чтобы получать обе монетки: Curecoin + FLDC (Folding Coin) необходимо:

0. создать кошелек counterparty.io
1. создать имя пользователя на Folding@home. Ваше имя пользователя_ALL_ <указать адрес кошелка counterparty.io> Пример: sadovnikiby_ALL_1C3Jt5YMtEXPojMBixbu8Q7MYwB3WTqLaL
1a. получить pass key для вашего оборудования: http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/getpasskey.py

Регистрация в пуле cryptobullionpools.com

2. Зарегистрируйтесь на пуле cryptobullionpools.com
3. Добавьте адрес кошелька Сurecoin wallet. Можно скачать здесь: https://curecoin.net/knowledge-base/resources/where-can-i-get-a-curecoin-wallet/ или адрес кошелька биржи Bittrex, Livecoin.
4. Начните folding, используя свое имя пользователя и пароль из Folding@home

Всем привет. А есть какой-то график по расшифровке белка или узнать, какие результаты были уже достигнуты? Побороть рак - это круто.

Есть белорусская команда Folding Belarus Folding@Home (FBY Team) участвующая в проекте Folding@Home с 2011 года

Ветка на онлайнере: https://forum.onliner.by/viewtopic.php?t=731831

Единственный и существенный минус кошелька counterparty.io это необходимость наличия положительного баланса в BTC (биткоин) чтобы делать обмен/перевод FLDC на другие биржи.

Вопрос по Curecoin на Xubutu (16.04): как я понял надо скачать все три приложения:
1.fahclient_7.4.4_amd64.deb
2.fahcontrol_7.4.4-1_all.deb
3.fahviewer_7.4.4_amd64.deb
Первое встало без замечаний, зарегился, получил пасскей, на пуле тоже зарегился и для полного счастья поставил в Хром расширение.
Второе приложение выдаёт ошибку при установке:
Ошибка: неразрешимая зависимость: python-support (>=0.90.0) и на этом установка прекращается.
Третье тоже встало без проблем. При запуске fahclient в браузере открывается стата, показывается работа, судя по датчикам нагрузка на проц идёт. Насколько критично fahcontrol для добычи CURE? И ещё, скомпилил холодный кошель Curecoin Client 1.9.4.1 - "Staker", получается что есть ещё и стакнг на баланс на кошельке? Если баян, буду благодарен если ткнёте носом топик форума или поделитесь советом.

Добавлю прямой ответ: Folding Coin сам по себе бесполезен и единственное применение это обмен на другие криптовалюты. Curecoin можно потратить оплатив некоторые вещи или услуги через сервис https://www.coinpayments.net/store-directory-coin-CURE
А ещё его просто хранить имеет смысл за счёт того, что активирован Proof of Stake.

На сколько я понимаю, за 18 лет, в результате таких исследований, написано 160 общедоступных научных работ. Можно посмотреть это здесь: https://folding.stanford.edu/papers-results/

Судя по названиям пакетов: первый - основная часть программы; второй - графический интерфейс, для настройки и контроля работы; третий - визуализация того, чем клиент занимается в текущий момент. Последнее, например, выглядит так:
http://img.clubic.com/05473917-photo-folding-home.jpg
Клиент можно настроить и пользоваться через консоль. Для справки, смотрите http://folding.stanford.edu/support/faq/installation-guides/linux/command-line-options/
Кроме первого пакета вряд ли что-то критично для работы.

Спасибо, я уже разобрался, в данный момент команда работает над моделированием ситуаций с Bryostatin. Вопрос такого рода: есть смысл закидывать CURE на POS? или там процент небольшой? ЗЫ - А майнятся вообщем то неплохо  ;D

идея хороша ) мне кажется надо продвигать именно такие идеи (только они редкие ) а то куда ни посмотришь , то порно , то игры , как заезженная пластинка )

Согласен с вами, приятно ощущать что ты реально приносишь какую то пользу человечеству отдавая свои мощности. Пусть даже и за небольшое вознаграждение.
Уважаемый xandry, у меня к вам вот какой вопрос, точнее два  ;D: 1. Уже разобрался  :)
2. Если у меня мощный процессор но видяйка по сути "затычка" дай Бог с 256Мб памяти, то приложение FAHClient использует в этом случае CPU или все таки GPU? А если CPU, то открывать Хром с расширением смысла нету? И вот такой вопрос появился по ходу - можно ли одновременно несколько ПК подключать к пулу под одной учеткой? Спасибо за ответы.

Не нашёл конкретики о процентном соотношении начислений по отношению к тому, сколько есть в кошельке. Больше отзывов вроде чем больше и долго монет в кошельке лежит, тем больше начислений будет. Смысл, конечно, есть, тем более если не сразу сливаете монетки на бирже.

1. Каждые 24. Вы когда в личный кабинет заходите, там слева написано сколько очков в folding у вас за 24 часа - "Your 24 Hour Folding Points".
2. Устройство вы можете увидеть в FAHClient прямо по центру в разделе "Folding slots" в третьей колонке "Description" (Описание). Там строки начинаются в "gpu:0:GK110 [GeForce GTX Titan]" или "cpu:24" ;)
Если используете CPU, то предпочтение лучше отдать классическому приложению - существенно сэкономите другие ресурсы системы, так как Хром всё-таки довольно прожорлив. Ну и да, дублировать их на одном компьютере смысла нет, а вот на других компьютерах запускать можно.

xandry
Спасибо за разъяснения!

xandry
У меня к Вам вот такой вопрос по CureCoin: изначально на пуле cryptobullionpools.com стояло значение на вывод 0.01 cure и через сутки вывелось на локальный кошелёк без проблем. Потом я несколько раз в течении дня менял настройки суммы вывода, и придя к осмысленному решению обновил настройки для кошелька. это было позавчера. Вчера, а как я понимаю статистика обновляется где то в районе 10 по Мск, я так ничего и не получил, т.е. на балансе пула прибавилось, а на кошелёк ничего не вывелось. Подскажите пожалуйста, в чем моя ошибка.
И ещё такой вопрос, уж извините: я так понимаю, что чем больше компьютер находится в сети и решает задания, тем больше сумма вознаграждения, это так, или это зависит от конкретно решаемой задачи?
Заранее благодарен.

Так какую же сумму вы указали минимальную для вывода и сколько у вас сейчас там накопилось? Можете просто скриншот приложить, замазав конфиденциальные данные.
По поводу суммы вознаграждения оба варианта верны. Можете найти своего пользователя на сайте https://folding.extremeoverclocking.com/user_list.php?s=&t=224497 и просмотреть статистику. Будет заметно, что в течение недели, например, при бесперебойной работе, выполняется разное количество заданий за сутки.

Подробности можете почитать тут: http://folding.stanford.edu/support/faq/points/ (en)

xandry
Спасибо за ответы, вывод пришёл вчера, все в порядке. Фолдим дальше  :)

Какая откровенная ерунда! Не уже ли здравомыслящие люди станут участвовать в проекте, не имеющего ни каких перспектив развития?!

Откуда такие выводы, можете поделиться?

совсем не поняла смысл этих токенов, что с ними делать и зачем они будут нужны. Поставить на своем компе вирусняк, который майнит кому-то деньги, а мне не понятные токены. Ну или я еще далека от этого.

Virustotal говорит что файл для винды чистый (https://www.virustotal.com/#/file/ad870e30132669374de5d2633389ca078811a0bb101103710d91206480483e69/detection), вроде вирусом не пахнет, а проект скорее социальный нежели барыжный.

Да отличное предложение но вот как то не продвигается проект.Уже столько времени прошло и все как то вяло.

А какого продвижения вы ждете?
На основании фолдинга (выполненных заданий) команда делает исследования: http://folding.stanford.edu/papers-results/

Тут альтруизма больше, нежели желания заработать.

Кстати, а какое лучше GPU под фолдинг? NViDIA или AMD?

Топовые карты от Nvidia. Есть статистика -> Folding@home GPUs PPD Price Watt (https://docs.google.com/spreadsheets/d/1v5gXral3BcFOoXs5n1M6l_Uo3pZpQYogn6gVlxRPnz0/edit#gid=0)

Источник: https://www.reddit.com/r/curecoin/comments/7i14xj/best_gpu_for_folding/

Спасибо за ссылку, буду рассматривать вариант конечно попроще. ::).Подскажите пожалуйста, правильно ли я понимаю что в данный момент мой процессор выдает 6868 PPD?
http://i.piccy.info/i9/3dc2f9d8ecc8ecd40c0f41a517aef691/1522518104/17287/1196465/Snymok_ekrana2018_03_31_20_36_43.png

 А по гугло таблице, колонка В это в тысячах в месяц PPD?

Статистика за апрель 2018
Распределено монет: 7,750,000 FLDC
Статистика начисленных FLDC: http://foldingcoin.xyz/?token=FLDC&total=7750000&start=2018-03-01&end=2018-04-01
FAH общие очки в месяц: 49,673,370,097
FAH все очки за всё время: 449,444,141,786
FLDC за FAH очки: 0.00015602
FLDC адрес которого произошло распределение монет: 1NEc8Vg3U36szXtRrAbQcEYe1G8wJDisq
BTC потрачено за перевод: 0.2919682
Общее число людей занимающихся фолдингом: 1,398
Средние FAH очки на одного фолдера: 35,531,738

Статистика стала более информативнее: https://mergedfolding.net/distribute/1Afu3r4XUqfq4mQBoa3bYLTGs6h34ZHezs

Последние новости:

Греческий бизнес https://www.softweb.gr/en/ начал принимать foldingcoin.

Статовала очередная лотерея среди тех, кто фолдит. Подробности в сообщении https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg47087155#msg47087155
Если нужно, переведу.

Запустили кампанию по финансированию самих себя с целью последующего маркетинга. https://www.gofundme.com/help-cure-cancer-with-technology

Будут принимать участие на конференции the Blockchain in Healthcare & Education в Вашингтоне.

Ссылки на источники:
https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg47554777#msg47554777
https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg47498615#msg47498615
https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg47497278#msg47497278
https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg47087155#msg47087155

Хорошо что проект тихо и не заметно развивается. 

★★★ ЛОТЕРЕЯ от FOLDING COIN ★★★

Что можно выиграть?!
Присоединившись к FoldingClub, Вы получаете возможность рандомно выиграть призы размером $100, $80, $60, $40, $20 или $16 (Amazon Smile Gift Code^ (https://curecoin.net/promotions/folding-club-july-2018-amazon-smile-gift-card-ecoupons-random-btc-raffles/#AmazonSmile), Entertainment Coupon Codes (https://curecoin.net/product/entertainment-digital-coupon-book/), BTC, CURE или FLDC).

Инструкция по участию в лотерее от Folding Coin

➊ Переходим по ссылке: https://curecoin.net/foldingclub/
Там видим актуальный на текущий момент розыгрыш/лотерею.
Жмём: Register & Instructions Links  (https://curecoin.net/foldingclub/#ContestLinks)(register 10/19/18 thru 11/19/18)
Далее жмём: REGISTER (https://1.shortstack.com/zs967B)

➋ Прокручиваем страницу и регистрируемся на лотерею заполнив форму ниже (поля 1 и 2 обязательны к заполнению)

https://i.imgur.com/Mbktcxk.png (https://imgur.com/Mbktcxk)

Пробежимся по каждому пункту:
1. Ваше имя в Facebook или Twitter (обязательно)
2. Ваш e-mail адрес (обязательно)
3. Где Вы поделитесь этой лотереей/розыгрышем?
4. У Вас есть пароль от предыдущих лотерей/розыгрышей?
5. Хотели бы чтобы Ваш e-mail был добавлен в новостную рассылку?
6. Ваш биткойн адрес
7. Ваш пол
8. Страна

Жмём ✔ что прочитали правила и согласны с ними.
Подтверждаем капчу и жмём Enter.

Далее выскочит окно, в котором нас попросят сделать репост данной лотереи/розыгрыша. Репостим.

➌ Вам на электронную почту придёт письмо содержащее PASSKEY. Насколько я понял из письма - сам PASSKEY пришлют позже (в течение нескольких дней).
Затем открываем Google Chrome (либо же используем стандартный клиент - folding@home (https://foldingathome.org/start-folding/)) и переходим в нём вот по этой ссылке: http://nacl.foldingathome.org/

ПРИМЕЧАНИЕ! В первый раз пользователи Google Chrome могут столкнуться с сообщением об ошибке. В этом случае следуйте инструкциям в браузере.

• В поле FOLDING AS укажите curecoinpro_ALL_1Hf6D8GHxDNJFVkaVR5RJrX6BeUB9Gx3iF
• Для поля TEAM укажите значение 224497
• А в поле PASSKEY укажите код который пришёл по электронной почте.
• Отрегулируйте бегунком Folding Power - допустимую Вами загруженность компьютера (Light - 20%, Medium - 60%, Full - 100%)
Фактическое же использование будет меньше этих значений и зависит от того скольки ядерный у Вас процессор и какие процессы запущены на момент фолдинга.
• Помогайте финансировать благотворительные организации по всему миру, в то время как ваш компьютер помогает науке – даже во время сна!

Вы можете изменить ситуацию и увеличить свои шансы на выигрыш!

P.s. Дополнения и поправки приветствуются!

Стоит упомянуть, что не только Хром можно использовать, но и стандартный клиент folding@home, тем более, то Хром только процессор использует.

Не видел что десктопная версия есть, спасибо, поправил.

Запустили ещё одну лотерею: https://twitter.com/CureCoinProject/status/1086916416266108928]https://twitter.com/CureCoinProject/status/1086916416266108928

Регистрация по ссылке: https://1.shortstack.com/qlVt66 (https://1.shortstack.com/qlVt66)
Как обычно, шесть счастливчиков выиграют призы в общей сложности на 325 долларов

Новость в англоветке: https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg49352562#msg49352562

FLDC теперь принимается в магазине, который продаёт картины, в том числе на криптовалютную тематику -> https://lynxartcollection.com/
Сам магазин физически находится во Флориде, США.

Для оплаты с помощью FLDC, напишите владельцам на email.

Ссылка на новость: https://bitcointalk.org/index.php?topic=781352.msg49521711#msg49521711

P.S.: рекомендую к просмотру картины.

Да

Foldingcoin ещё где-нибудь торгуется? С bittrex удалили пару недель назад. На странице https://coinmarketcap.com/currencies/foldingcoin/ есть ссылка на https://crypto.com/exchange/, но там я так и не нашёл торговую пару с fldc.

https://www.coingecko.com/en/coins/foldingcoin#markets

На той единственной бирже монета никогда не торговалась, так что никакой торговли в реальности теперь совсем нет с 17 февраля.

В folding@home добавлен "Корона вирус" (COVID-19, SARS-CoV-2, 2019-nCoV). Пока что в бета-тестировании, но скоро будет доступен для всех.

Источник: https://bitcointalk.org/index.php?topic=603757.msg53984971#msg53984971

Геймеры конечно красавцы, но их мощности все равно очень ограничены в максимум 2 топовых видеокарты. А тут вот крупные майнеры присоединяются с 6000 видеокарт, которые составляли около 0.2% от хэшрейта сети эфира и добывали эфира на 3600 баксов ежедневно.

"Крупнейший майнер Эфириума в США CoreWeave перенаправляет вычислительную мощность 6 000 видеокарт на исследования Folding@home по поиску лечения от коронавируса"
Источник - BitNovosti (https://bitnovosti.com/2020/03/21/krupnyj-majner-eth-predostavil-vychislitelnuyu-moshhnost-dlya-poiska-lekarstva-ot-koronavirusa/)

Если это тупо запущенный folding@home на классической ферме из видеокарт, где слабый центральный процессор, а видеокарты воткнуты через расширители (райзеры), то неизвестно кто ещё эффективней будет, так как в folding@home важна пропускная способность канала pci-e, а на одну видеокарту, должно быть хотя бы одно ядро центрального процессора.

Если кому-то интересны принципы для сборки отдельного ПК для folding@home, вот полезная тема https://foldingforum.org/viewtopic.php?f=38&t=30155 (английский).

Даже не знал об этой специфике проекта, но там же пишут что они удвоили хешрейт всей сети folding@home и это тоже показатель, и сразу после в ленте они опубликовали что мощность превысила 470 петаФЛОПС, и если они пишут что это х2 от самого мощного суперкомьютера, то я глянул что это больше чем петаФЛОПСы трех мировых суперкомпьютеров вместе взятых. Из-за всей шумихи вокруг проекта теперь у них не хватает заданий для всех :)

Еще важно получить passkey.
С ним дают более жирные задания, и соответственно больше PPD, в несколько раз.
Получить пасскей - https://apps.foldingathome.org/passkey/create

https://foldingathome.org/support/faq/points/passkey/

Номера проектов для борьбы с коронавирусом.
КОРОНАВИРУСНЫЙ ПРОЕКТ

Домен связывания рецептора коронавируса SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19) в комплексе с человеческим рецептором ACE2 (структура, альтернативная 11741)

CPU : 13862 - 13863 - 14328 - 14329 - 14337 - 14528 to 14531 - 14572 - 14574 - 14576 - 14600 to 14602
GPU : 11741 to 11781

https://foldingforum.org/viewtopic.php?f=106&t=32463

Биткоин братья переключают свои мощные компьютеры на исследование коронавируса COVID-19

Создание и поддержка сети биткоина и других основных криптовалют требует огромных вычислительных мощностей (https://www.forbes.com/sites/billybambrough/2018/11/09/bitcoin-mining-in-a-mine-without-breaking-the-bank-or-the-planet/#6e161bb73575), что в последние годы было общим местом биткоин критики.

Эти компьютеры, в основном используемые для решения сложных математических задач при эмиссии новых биткоинов (https://www.forbes.com/sites/billybambrough/2019/11/26/bitcoins-price-floor-could-soon-be-destroyed/#205678146ecd), потребляют ошеломляющее количество энергии, которое, по некоторым оценкам, эквиваленто энергопотреблению страны среднего размера.

Теперь, в условиях коронавирусного кризиса охватившего мир (https://www.forbes.com/sites/billybambrough/2020/03/31/covid-19-coronavirus-lockdown-is-putting-darknet-drug-dealers-out-of-business/), тысячи этих компьютеров, которые занимались майнингом и поддержкой сети биткоина и других криптовалют (https://www.forbes.com/sites/billybambrough/2019/12/19/is-this-why-bitcoin-suddenly-rebounded-yesterday/#4536ed836b77), обратили свои значительные силы на помощь в борьбе с коронавирусом.

https://i.imgur.com/c8BJk7m.jpg
Майнинг фермы биткоина и других криптовалют могут содержать многие тысячи процессоров, все они работают для решения математических уравнений, необходимых для эмиссии новых биткоинов, и теперь некоторые из них помогают в исследовании коронавирусов.

Ранее в этом месяце крупнейший в США майнер ethereum, CoreWeave, заявил, что перенаправил вычислительную мощность около 6000 специализированных для майнинга криптовалют компьютерных чипов, которые зарабатывали около 3600 долларов в день, на исследования коронавируса.

На этой неделе блокчейн компания Bitfury заявила, что использует некоторые вычислительные мощности, которые она использовала для обработки транзакций цифровых валют, чтобы помочь в борьбе с пандемией коронавируса.

Аналогично децентрализованная вычислительная сеть golem и блокчейн платформа tezos также пожертвовали часть своих ресурсов на исследования коронавируса.

Криптовалютные компании присоединились к проекту Вашингтонского университета Folding at Home (https://foldingathome.org/covid19/), созданному консорциумом научно-исследовательских лабораторий в Северной Америке, Европе и Азии с целью создания распределенного суперкомпьютера для исследований заболеваний и фармацевтической разработки.

«Чтобы помочь в борьбе с коронавирусом, мы хотим понять, как работают эти вирусные белки и как мы можем разработать терапевтические средства, чтобы остановить их», - пояснил проект Folding at Home.

«Наша особенность заключается в использовании компьютерного моделирования для понимания движущихся частей белка. Наблюдение за тем, как атомы в белке движутся относительно друг друга, важно, потому что это дает ценную информацию, которая недоступна для получения любыми другими средствами».

Проект Folding at Home недавно смоделировал белок из вируса Эбола и утверждает, что помог ученым в разработке эффективных лекарств.

Результаты вычислений Folding at Home общедоступны, что позволяет любой организации, работающей над вакциной, лечением или другими исследованиями, использовать ее в своей работе бесплатно.

https://i.imgur.com/holMpRo.jpg
Цена биткоина сильно пострадала от обвала рынка, вызванного коронавирусом, в прошлом месяце.

Компания Bitfury, базирующаяся в Нидерландах, заявила, что некоторые из ее мощных вычислительных узлов с поддержкой графических процессоров выполняют вычисления по COVID-19 с 20 марта.

«На сегодняшний день эти узлы выполнили более 1300 вычислений для Folding at Home, чтобы проанализировать новый коронавирус (COVID-19), и компания планирует значительно увеличить свой вклад с течением времени», - говорится в заявлении Bitfury.

«Наш вклад высокоэффективных вычислительных мощностей бледнеет рядом с самоотверженностью и жертвами наших медицинских работников и обслуживающего персонала находящегося на переднем крае борьбы с этим вирусом, но я уверен, что этот проект от компании Folding at Home вместе с работой многих исследователей и врачей , значительно улучшит наше понимание и лечение этого заболевания », - сказал Валерий Вавилов, исполнительный директор Bitfury.

По данным, собранным Университетом Джона Хопкинса (онлайн данные тут (https://gisanddata.maps.arcgis.com/apps/opsdashboard/index.html%20%20%20%20#/bda7594740fd40299423467b48e9ecf6) - прим. KTChampions), в последние недели число подтвержденных случаев коронавируса во всем мире резко возросло, достигнув 860 000 человек и количество погибших состовляет около 42 000 человек.

Между тем, согласно отчету Организации Объединенных Наций, около 25 миллионов рабочих мест могут быть потеряны во всем мире в результате вспышки коронавируса и глобального карантина введенного, чтобы остановить его распространение.

Оригинал: https://www.forbes.com/sites/billybambrough/2020/04/01/bitcoin-bros-are-directing-their-powerful-computers-toward-coronavirus-covid-19-research/#1576334530de
Автор: Billy Bambrough (https://www.forbes.com/sites/billybambrough/)
Перевод: KTChampions

Буду благодарен за помощь в исправлении ошибок и неточностей.

Около 400 000 новых добровольцев присоединилось к Folding@Home в борьбе с COVID-19
_____

Проект Folding@Home (https://foldingathome.org) начал борьбу с COVID-19, и в результате теперь обладает огромными вычислительными возможностями. Проект распределенных вычислений обладает мощностью около 470 петафлопс, с помощью которых нацелен смоделировать белок для борьбы с коронавирусом. Этих мощностей также достаточно, чтобы затмить семерку лучших в мире суперкомпьютеров вместе взятых. Это более чем вдвое больше, пика  мощности в 149 петафлопс  суперкомпьютера Summit – частично благодаря команде Summit, присоединившейся к проекту более двух недель назад. По словам Folding@Home, число участников за последние две недели увеличилось примерно на 1200%, это около 400 000 новых добровольцев.

Увеличение вычислительной мощности частично объясняется технологиями, которыми располагают многие пользователи прямо у себя дома. Люди имеют многоядерные процессоры и многоядерные графические процессоры, которые обеспечивают гораздо большую вычислительную мощность, по сравнению с недавними годами. Более того, майнинг тоже приложил к этому руку – существует невероятное количество техники для майнинга криптовалют, которые, можно сказать, будто были созданы специально для подобных проектов.

Есть положительные ранние признаки. Summit, например, уже нашел 77 лекарственных соединений, которые могут быть полезны для борьбы с коронавирусом. Стоит сказать, что полностью рассчитывать на Folding@Home в плане ускорение разработки вакцины или лечения, есть реальный шанс, что ваш лишний компьютер поможет человечеству сделать важное открытие.

Если хотите помочь в борьбе с COVID-19, вам сюда: https://foldingathome.org/iamoneinamillion/
_____

Перевод.
Оригинал: https://www.engadget.com/2020-03-23-folding-at-home-adds-400000-in-coronavirus-fight.html

Спасибо за перевод и поздравляю с предстоящим повышением ранга.  8)
Исправьте по возможности в заголовке название проекта (НЕ "Funding").
По ссылке ещё есть видео с русскими субтитрами, где автор статьи рассказывает о своём личном опыте и о других проектах (seti@home, BOINC и rosetta@home). Рекомендую к просмотру.

Перевод статьи
https://foldingathome.org/2020/03/30/covid-19-free-energy-calculations/

НОВОЕ МОДЕЛИРОВАНИЯ СКРИНИНГА ДЛЯ  МОЛЕКУЛ COVID-19
Запуск на FOLDING@HOME!
30 марта 2020 г.
Vincent Voelz

Мы рады сообщить, что новая серия скрининговых моделей молекул уже запущена (https://apps.foldingathome.org/project.py?p=14600) и работает на Folding @ home! Это моделирование поможет определить приоритеты, какие молекулы будут синтезированы и проанализированы с помощью COVID Moonshot (https://covid.postera.ai/covid) с целью быстрой разработки новых методов лечения против основной вирусной протеазы SARS-CoV-2 (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html).

https://youtu.be/RtB612XzWrg

Свыше 1900 уникальных краудсорсинговых проектов, основанных на фрагментах DiamondMX, попавших в основную вирусную протеазу SARS-CoV-2 (Mpro) (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html), были представлены проекту COVID Moonshot (https://covid.postera.ai/covid) всего за несколько дней! В этом фильме показаны все конструкции, прикрепленные к рентгеновским структурам Diamond.
Обратите внимание, что эти новые проекты могут быть запущены только на процессорах. Они дополняют многие проекты COVID-19 Folding@home, которые уже запущены на графических процессорах, и позволяют всем присоединиться, чтобы помочь в борьбе с COVID-19.

О проекте

Лаборатории Voelz (http://voelzlab.org/) и Chodera (http://www.choderalab.org/) совместно с международной группой исследователей проводят компьютерный скрининг потенциальных ингибиторов основной протеазы коронавируса SARS-CoV-2 (https://en.wikipedia.org/wiki/Severe_acute_respiratory_syndrome_coronavirus_2)(также известной как SARS-CoV-2 MPro или 3CL). После того, как вирус попадает в клетку, он задействует механизм трансляции клетки и создает полипротеин (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3660988/) (одну длинную цепочку аминокислот), который необходимо расщепить на более мелкие кусочки, которые станут функциональными частями вируса. Основной протеазой (https://pdb101.rcsb.org/motm/242) является вирусный белок, который расщепляется.

https://i.ibb.co/mJkR4cV/6lu7-1024x576.png (https://ibb.co/v1pckj6)

Основная вирусная протеаза SARS-CoV-2 (Mpro) (pdbid: 6LU7)
Своевременная работа по кристаллизации с высокой пропускной способностью в рамках проекта Diamond Light Source XChem (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/Fragment-Screening.html) позволила выявить фрагменты лекарств, которые связывают протеазу (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html), и сейчас идет гонка за использованием этих начальных данных для определения вычислительных приоритетов соединений для синтеза. Мы используем возможности Folding @ home - в настоящее время скрупнейшего суперкомпьютера в мире (https://www.pcgamer.com/foldinghome-project-is-crunching-data-twice-as-fast-as-the-top-supercomputer/) - для скрининга десятков тысяч перспективных молекул, которые в вычислительном отношении пристыкованы к протеазе. К ним относятся более 6000 соединений, разработанных и представленных в рамках конкурса COVID Moonshot. (https://covid.postera.ai/covid).

https://youtu.be/0gSbIkTaj-Y

О расчетах

Мы используем алхимический метод расчета свободной энергии (http://alchemistry.org/), называемый возмущением свободной энергии (http://www.alchemistry.org/wiki/Main_Page), или FEP, чтобы оценить сродство потенциальной молекулы лекарственного средства к его рецептору. Методы FEP очень дорогие по сравнению с другими методами, такими как стыковка, но с преимуществами высокой точности и физического понимания. Мы используем протоколы, очень похожие на те, что использовались в последнем
SAMPL blind challenge. (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/795005v1.abstract)
Расчет включает в себя отделение молекулы лекарства (путем отключения электростатического и дисперсионного взаимодействий) от его рецептора, и снова для молекулы в воде. Для последнего типа симуляции, к сожалению, посмотреть на Folding @ home не так уж и много, потому что протеин не симулируется. Какими бы скучными ни казались эти проекты, имейте в виду, что они абсолютно необходимы для нашего успеха.

Ребят, извините за тупой вопрос, но мне важно знать, все эти люди которые присоеденились к проекту Folding@Home они начали майнить его коины или на сдали в неоплачиваемую аренду свои вычислительные мощности ? Спасибо.

Хорошая монета с действительно многообещающим будущим, не могу дождаться, чтобы увидеть эту монету в списке на крупных биржах, так что просто продолжайте в том же духе

Сам по себе проект Folding@Home некоммерческий и никому ничего не платит, но от него напрямую зависят те, кто дают вознаграждения в криптовалюте, это Foldingcoin и Curecoin. То есть вы можете присоединиться к Folding@Home как и все на безвозмездной основе, но если:
1. Всего лишь укажете в своём имени как участника адрес bitcoin кошелька
2. В качестве команды укажите 224497
3. Зарегистрируетесь на пуле Curecoin и заведёте себе их кошелёк

То ваше безвозмездное участие будет вознаграждаться.
Со всех крупных бирж Foldingcoin уже давно удалён и остался лишь на одной https://www.finexbox.com/Orders/market/pair/FLDC-BTC.html
При этом некоторые пользователи писали, что есть зачастую кошелёк FLDC на бирже отключён.
У Curecoin с этим пока дела гораздо лучше. Кто знает, может в свете важности полученных исследований, FLDC вновь добавят на биржи.

На файнексбоксе торгов тоже нет очень давно, а те объемы на 10-20к сатох в сутки выглядят сделанными ботами. И скорее всего никто листить FLDC или повторно листить после удаления с биржи не будет, нет интереса к торгам. Да и это нужно было делать когда шли заметки одна за другой о сдаче в аренду оборудования от геймеров и майнеров, на хайпе так сказать, но никто этого не сделал.

ПОИМКА ДЕМОГОРГОНА COVID-19 (также известный как ШИП) В ДЕЙСТВИИ

Шип вируса SARS-CoV-2 (показан ниже) является одной из особенно привлекательных целей для разработки терапевтических средств борьбы с болезнью COVID-19. На самом деле он состоит из трех идентичных белков, расположенных по кругу. Многие копии шипа высовываются с поверхности вируса где они ждут встречи с белком, называемым ACE2 и находящимся на поверхности множества клеток человека. Контакт шипа с ACE2 инициирует серию событий, которые в конечном итоге позволяют вирусу проникать в клетку человека. Следовательно, терапевтические средства, которые связывают шип таким образом, который блокирует его взаимодействие с ACE2, могут обеспечить эффективное средство для предотвращения инфекции.

https://i.imgur.com/8ffFUGc.jpg
The COVID-19 Демогоргон (он же Шип), предоставлено SciStyle - Научная иллюстрация и анимация (https://www.scistyle.com/) (Томас Сплеттштессер).

Хотя структура, показанная выше, чрезвычайно ценна, она далека от полной картины того, как работает шип, или того, как мы могли бы атаковать его с помощью терапевтических средств.

Фактически, хорошо известно, что шип должен подвергнуться прорывному исследованию для выявления интерфейса, который в конечном итоге привязывается к человеческой клетке. В частности, шип имеет три рецептор-связывающие области, которые непосредственно связываются с ACE2 (белком на поверхности клеток человека). Чтобы сформировалось понимание взаимодействия шип-ACE2, три рецептор-связывающие области должны быть исследованы, чтобы выявить интерфейс связывания.

Открытие трех рецептор-связывающих областей напомнило нам о устах демогоргонического монстра из телесериала «Чужие вещи», поэтому мы привыкли называть шип COVID-19 Демогоргоном.

Понимание того, как шип действует чтобы зацепиться за белок ACE2, может быть чрезвычайно полезным. Каждый шаг на этом пути потенциально может быть направлен на получение лекарства.

К сожалению, нет способа наблюдать за тем, как шип проходит этот этап, по крайней мере, с помощью существующих экспериментальных методов. Данные о том, как выглядит состояние готовности шипа, также ограничены.

Чтобы преодолеть это ограничение, мы используем компьютерное моделирование, чтобы увидеть, как Демогоргон COVID-19 "открывает рот". Для этого мы используем двух этапный процесс. На первом этапе мы используем алгоритм, называемый адаптивной выборкой FAST (https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jctc.5b00737) (Усиление Флуктуации Определенных Признаков - прим. KTChampions), который позволяет нам сфокусировать моделирование на фиксации определенных структурных изменений, таких как раскрытие шипа. Хотя мы видим эти процессы, зачастую все еще трудно сказать, сколько времени занимает каждая стадия процесса. Такая информация ценна, потому что долгоидущие процессы, как правило, являются лучшими терапевтическими мишенями. Чтобы получить эту информацию, мы затем возьмем соответствующие структуры с разных этапов изучаемых процессов и запустим тысячи симуляций на платформе распределенных вычислений Folding@home. Эти моделирования позволяют нам идентифицировать дополнительные структуры белка, определить соответствующие времена жизни всех различных структур и определить их приоритетность для разработки лекарств.

Оба шага чрезвычайно дороги в смысле вычислений. Если вы попытаетесь смоделировать открытие шипа на вашем домашнем компьютере, вам повезет если вы увидите хотя бы часть процесса в течение следующих 100 лет. Даже с достаточно мощным компьютерным кластером, который работает в Медицинской школе Вашингтонского университета, нам будет сложно запечатлеть это событие. Излишне говорить, что никто из нас не хочет так долго ждать разработки препарата для лечения COVID-19.

К счастью, у нас есть подкрепление! За последние три недели более 700 тысяч гражданских ученых присоединились к проекту Folding@home. Это 20-кратное увеличение участия дало нам беспрецедентную вычислительную мощность для исследования COVID-19. Фактически, Folding@home является первым компьютером, достигшим масштаба экзаФЛОПС, и в настоящее время считается более мощным, чем ближайшие топ-100 суперкомпьютеров вместе взятых.

Мы также наладили ряд партнерств промышленного масштаба. Например, Джон Кахан (John Kahan), главный специалист по Аналитике Данных и ИИ в области Здравоохранения в Microsoft, разделяет наше видение, говоря: «Масштабы и размеры нынешней глобальной пандемии требуют совместной работы между компаниями, некоммерческими организациями, правительствами, учеными и клиниками. Мы рады возможности поддержать проект Folding@home через Медицинский факультет Вашингтонского университета в ускорении исследований, связанных с COVID-19, с использованием облачных ресурсов Azure». Объединив усилия с командами ИИ для Здравоохранения и Azure от Microsoft, мы смогли значительно увеличить вычислительную мощность, необходимую для первого этапа нашего моделирования. Они также помогают нам с размещением дополнительных серверов, для лучшего обслуживания сообщества Folding@home.

Объединив наши силы, мы зафиксировали открытие одной из рецептор-связывающих областей Демогоргона COVID-19, показанной ниже.

https://i.imgur.com/bEhzdbO.png (https://youtu.be/ieF7ER1wvT0)
видео открывается по клику

Частичное открытие "рта" Демогоргона COVID-19 (он же шип) получено нашими симуляциями. Три цвета - это три белка, которые образуют шип. Каждый из них состоит из линейной цепи химических веществ, называемых аминокислотами. Цветные ленты отслеживают каждую цепь. Прозрачная поверхность - это поверхность Демогоргона COVID-19. Три белка, из которых состоит Демогоргон, должны отдалятся друг от друга, чтобы достичь области присоединения к ACE2, белку через который инициируется инфекция и который находится на поверхности клеток человека. Этот фильм показывает часть этого движения-отдаления.
 
Спасибо нашему большому сообществу за помощь! Мы не могли бы сделать это без тебя.

Мы продолжим проводить дополнительные симуляции для получения данных по открытию других рецептор-связывающих областей. Как только данные будут готовы, мы сделаем их общедоступными.

Конечно, имейте в виду, что эта работа находится на переднем крае науки. Мы бросаем все, что у нас есть на исследование COVID-19, но мы не можем точно сказать, приведет ли (и когда это случится) наша работа к получению средств лечения.

С учетом сказанного вы можете помочь нам максимально увеличить шансы на успех!

1.) Загрузка Folding@home (https://foldingathome.org/start-folding/) и помощь нам в проведении симуляций - основной способ внести свой вклад. Эти расчеты огромны, и каждая толика помощи имеет значение! Каждая симуляция, которую вы запускаете, похожа на покупку лотерейного билета. Чем больше билетов мы покупаем, тем больше у нас шансов выиграть джекпот. Обычно ваш компьютер никогда не будет бездействовать, но у нас был такой широкий отклик на нашу работу с COVID-19, что вы увидите некоторое время простоя, в те моменты когда мы спешим настраивать/распределить больше симуляций. Пожалуйста, будьте терпеливы с нами! Предстоит сделать много ценных научных разработок, и мы запустим их настолько быстро, насколько сможем.

2.) Если у вас нет компьютера для присоединения к распределенным вычислениям или вы ощущаете себя особо щедрым, вы также можете делать пожертвования через Вашингтонский университет в Сент-Луисе (https://foldingathome.org/about/donate/). Эти средства используются для ряда целей, в том числе: 1) для поддержки нашего программного обеспечения и серверного оборудования (что особенно важно сейчас, когда мы быстро расширяемся!) И 2) для покупки компонентов для экспериментального тестирования на основе данных нашего моделирования.

Оригинал: https://foldingathome.org/2020/04/03/capturing-the-covid-19-demogorgon-aka-spike-in-action/
Автор: Greg Bowman (https://foldingathome.org/author/gbowman/)
Перевод: KTChampions

Буду благодарен за помощь в исправлении ошибок и неточностей.

13 апреля 2020 года
Автор Xuhui Huang (https://foldingathome.org/author/huangx/)

Коронавирус (CoV) имеет капсид, который обволакивает одновиточный РНК-геном.  Установлено, что с капсидом связаны три структурных белка: мембрана, оболочка и белок-«шип». Химические соединения и моноклональные антитела, которые воздействуют на поверхностные белки SARS-CoV-2, изучались для лечения COVID-19. Помимо этого, в интенсивной разработке по профилактике COVID-19 находятся новые вакцины, которые воздействуют на вирусные поверхности антигенов. К сожалению, лекарства и вакцины с ингибирующими механизмами, воздействующие на поверхностные рецепторы, могут быть неэффективны из-за постоянной эволюции поверхностных рецепторов и обхода иммунной реакции носителя (зараженного – прим. пер.). С другой стороны, вирусная РНК-зависимая-РНК полимераза (RdRp) представляет собой белок, который глубоко скрыт внутри вирусной капсулы и отвечает за репродукцию вируса. Более того, функциональная способность к консервации RdRp делает его высоко устойчивым к мутациям. Следовательно, RdRp служит перспективной мишенью для лекарственных средств.

Разработка лекарственных средств, воздействующих на SARS-CoV-2 RdRp, является сложной задачей, из-за свойственной ему функции распознавания экзонуклеазы (ExoN). Репродуцируемый полипротеин коронавирусов представляет собой многофункциональный белок, который содержит 16 безструктурных белков (nsp). Среди них nsp12 является ядром каталитической субъединицы, ответственной за добавление нуклеотидов (см. рис. 1а). Если nsp12 допустил ошибку, объединившись с несовместимым нуклеотидом, то nsp14-ExoN исправит ошибку, расщепив этот по ошибке присоединенный нуклеотид (см. рис. 1b). NTP-аналоги могут подавлять каталитическое ядро субъединицы nsp12, но NTP-аналогам противодействуют включения в зародившейся РНК, а присущая nsp14 функция распознавания, устраняет NTP-аналог. Ремдесивир (противовирусный препарат – прим. пер.) является многообещающим кандидатом в препараты для лечения инфекции COVID-19, в значительной степени благодаря своей способности к ингибированию обоих нуклеотидов, как присоединяемого (nsp12), так и расщепляемого (nsp14).

https://i.postimg.cc/d1FvdxKd/image.png
Рисунок 1: ферменты вирусной репликации в SARS-CoV-2. (a) присоединяемый нуклеотид к nsp12, (b) nsp14 в процессе распознавания путем расщепления нуклеотида.


Лаборатория Huang (http://compbio.ust.hk/) Гонконгского университета науки и технологии выпустила серию проектов Folding@Home по имитации комплексов nsp12 и nsp14. Мы будем следить за лекарственными препаратами NTP-аналогов одобренных FDP. Также мы стремимся перепрофилировать препараты, которые подавляют репликацию SARS-CoV-2.

Источник: https://foldingathome.org/2020/04/13/new-simulations-to-search-for-covid-19-treatment-via-repurposing-existing-ntp-analog-drugs-that-target-viral-rna-replication/
Перевод: Unsoldier

НОВОЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ FOLDING@HOME С ВОЗМОЖНОСТЬЮ ПРИОРИТЕЗАЦИИ ПРОЕКТОВ COVID-19

17 апреля 2020 года
Автор: Greg Bowman (https://foldingathome.org/author/gbowman/)

в ответ на массовый спрос мы создали обновление для программного обеспечения Folding@home, которое позволяет вам расставлять приоритеты в проектах COVID-19. Мы рекомендуем вам выполнить обновление, так как новое программное обеспечение включает в себя важные исправления ошибок и обновления безопасности. Загрузка доступна здесь (https://foldingathome.org/start-folding/). Пожалуйста, присоединяйтесь ко мне и поблагодарите центр науки и техники живых систем (CSELS) Вашингтонского университета в Сент-Луисе за финансирование разработки этого обновления программного обеспечения.

Наш главный приоритет в этом выпуске состоял в том, чтобы как можно быстрее добавить опцию COVID-19. Мы также воспользовались возможностью исправить многие проблемы, поднятые нашими добровольцами, но не решили те, которые вызвали бы значительные задержки в выпуске нового программного обеспечения. Чтобы лучше устранить важные ошибки в будущем, мы организовали команду разработчиков-добровольцев, которые сортируют и расставляют приоритеты в нашем трекере проблем на GitHub. Они уже делают огромные успехи.

Заглядывая в будущее, мы также работаем над новым программным обеспечением Open-Source Folding@home. Это новое программное обеспечение улучшит производительность Folding@home и облегчит вовлечение сообщества в его разработку. Используя огромное количество технических талантов, доступных в сообществе Folding@home, мы верим, что сможем создавать лучшее программное обеспечение с более привлекательным и продуктивным пользовательским интерфейсом и чаще обновлять это программное обеспечение. Более подробная информация о доступности этого нового программного обеспечения вскоре будет объявлена в этом блоге.

---

Перевод.
Оригинал: https://foldingathome.org/2020/04/17/new-foldinghome-software-with-the-option-to-prioritize-covid-19-projects/

Антагонизм между замещениями в бетта-лактамазе объясняет путь, который еще не пройден в эволюции бактериальной лекарственной устойчивости.

Введение:
Β-лактамазы CTX-M широко распространены в грамотрицательных бактериальных патогенах и обеспечивают устойчивость к цефалоспорину цефотаксиму, но не к связанному с ним антибиотику цефтазидиму. Тем не менее, появились варианты, которые обеспечивают устойчивость к цефтазидиму. Две естественные мутации, вызывающие замещение P167S и D240G в ферменте CTX-M, приводят к увеличению гидролиза цефтазидима в 10 раз. Хотя можно предположить, что комбинация этих мутаций еще больше увеличит гидролиз цефтазидима, комбинация P167S/D240G не встречалась в наблюдаемом в природе варианте CTX-M. Здесь, используя рекомбинантно экспрессируемые ферменты, измерения минимальной ингибирующей концентрации, стационарную кинетику ферментов и рентгеновскую кристаллографию, мы показываем, что фермент с двойным мутантом P167S/D240G демонстрирует пониженный гидролиз цефтазидима, более низкую термостабильность и пониженные уровни экспрессии белка по сравнению с каждым из одиночных мутантов, что указывает на негативный эпистаз. Данные полученные с помощью рентгена по структурам мутантных ферментов с ковалентно захваченным цефтазидимом позволяют предположить, что замена Ω-петли активной области на открытую структуру позволяет вмещать цефтазидим, приводящий к усиленному катализу. Десять микросекунд моделирования молекулярной динамики дополнительно связали открытие Ω-петли с каталитической активностью. Мы наблюдали, что природный тип и вариант мутации P167S/D240G с ацилированным цефтазидимом оба благоприятствуют закрытой структуре, не способствующей катализу. Напротив, одиночные замены резко увеличивали вероятность появления открытых структур. Мы делаем заключение, что антагонизм обусловлен ограничением структуры Ω-петли. Эти результаты показывают важность структурной гетерогенности петель активной области в управлении каталитической активностью и управлении эволюционными траекториями.

Оригинал: https://foldingathome.org/2020/04/17/antagonism-between-substitutions-in-β-lactamase-explains-a-path-not-taken-in-the-evolution-of-bacterial-drug-resistance/
Автор: Anton Thynell (https://foldingathome.org/author/anton/)
Перевод: KTChampions

Буду благодарен за помощь в исправлении ошибок и неточностей.

ИДЁМ ЗА БЕЛКОМ ОБОЛОЧКИ ТАИНСТВЕННОГО SARS-COV-2

Ионные каналы (https://en.wikipedia.org/wiki/Ion_channel) действуют как двери для клеток: они открываются и закрываются, чтобы впускать и выпускать частицы, которые несут электрический заряд, ионы. Поэтому ионные каналы лежат в основе функции возбудимых клеток, таких как нейронов, сердечных или мышечных клеток несущих небольшие электрические токи, которые поддерживают наши движения, мысли и рефлексы.

Вирусные ионные каналы могут быть целью блокиратора ионных каналов

Вирусы также обычно используют ионные каналы, хотя еще не всегда ясно, насколько важно перемещение ионов для вируса. Предполагается, что вирусные ионные каналы, также называемые виропоринами, являются наиболее приоритетными противовирусными мишенями.

История этих лекарств начинается с Амантадина (https://www.drugs.com/mtm/amantadine.html), лекарства от гриппа (гриппа A), который используется с 1966 года. Амантадин использовался в течение почти 20 лет без понимания механизма его действия. Затем, в 1985 году стало понято, что амантадин действует как блокиратор для ионного канала М2 гриппа А. Чуть позже стало понятно, что ингибирование М2 амантадином снижает способность вируса производить ранние этапы репликации. Сегодня, благодаря структурной биологии и моделированию молекулярной динамики, у нас есть четкая картина того, как амантадин блокирует канал М2 (https://www.rcsb.org/structure/2KQT) и почему определенные мутации гриппа приводят к устойчивости к этому препарату и его производным.

https://i.imgur.com/pcR81CZ.png
Амантадин (шарообразный) связан с каналом гриппа M2 (серые спирали), блокируя поток ионов через центральный канал

Амилорид (продается под торговым названием Midamor (https://www.drugs.com/mtm/midamor.html)) является лекарством, используемым для лечения высокого кровяного давления. По-видимому, он блокирует ионный канал, с помощью которого образуется белок Vpu из вируса ВИЧ-1, а также ионный канал белка оболочки из коронавируса. Никто не понимает механизм этой блокировки белка оболочки. Это то, что мы пытаемся понять, используя folding@home (https://stats.foldingathome.org/project?p=16801)!

Структура белка оболочки

Белок оболочки (E) является наименьшим из структурных белков, необходимых для сборки вируса. Вместе с мембранным белком он, по-видимому, важен для образования вирусной частицы в клетке человека, так как он помогает мембранной кривой которая является первым этапом формирования вируса.

https://i.imgur.com/VQkNW27.jpg
Визуализация вируса SARS-CoV-2 от Klick Health. Белок оболочки представлен голубым, а липиды, составляющие вирусную мембрану, светло-розового цвета. Copyright (C) 2020 Klick Inc.

Мы еще не знаем, как выглядит белок оболочки SARS-CoV-2 на атомном разрешении, но, к счастью, у нас есть структуры белка оболочки SARS-CoV (https://www.rcsb.org/structure/5x29), которые, как ожидается, будут очень похожи. Структуры показывают, что канал собирается в виде пентамера, то есть пять белков одного и того же вида (так называемые мономеры) собираются вместе, образуя путь, по которому будут транспортироваться ионы.

https://i.imgur.com/BcsG9rn.jpg
Схема модели MD, которую мы используем на folding@home. Белок оболочки пентамера SARS_CoV (голубой) в липидах, образующих мембрану (светло-розовая). Сферы вокруг - это ионы (положительно заряженные ионы красного цвета, отрицательно заряженные ионы оранжевого цвета).

Как и другие ионные каналы, эти белки плавают в море липидов, которые составляют мембрану. Помните, что причина, по которой мытье рук с мылом является эффективным способом избавления от этого вируса (https://www.sciencefocus.com/news/coronavirus-can-hand-washing-really-stop-the-spread-of-covid-19/), заключается в том, что он покрыт липидами, которые прилипают к нашей коже, но также делают его уязвимым для моющих средств, таких как мыло!

Активность ионного канала

Регистрация электрических токов, возникающих при перемещении ионов в белке оболочки SARS-CoV, была сделана методом, называемым методом локальной фиксации потенциала (https://www.youtube.com/watch?v=mVbkSD5FHOw). Эти измерения показали, что белок может транспортировать через мембрану все виды положительно заряженных ионов, но не отрицательно заряженные. Пока что мы не знаем, как белок способен разделять эти ионы (https://www.youtube.com/watch?v=4l_OeDYbNVE&t=1s). Это то, что моделирование молекулярной динамики, например, проведенное с использованием folding@home (https://stats.foldingathome.org/project?p=16805), может нам показать. В компьютере мы можем применить электрический стимул, подобный тем, которые применялись в экспериментах, и посмотреть, какие ионы переносятся в ответ на него.

Сборка ионного канала

Чтобы белок мог выполнять свою функцию по транспортировке ионов, его сначала нужно собрать в пентамер. В принципе, лекарство, которое будет препятствовать его сборке, нанесет вред вирусу. Таким образом, мы хотели бы увидеть, как канал собирается (https://stats.foldingathome.org/project?p=16801), понять, как это происходит, а затем предложить стратегии для нарушения этого процесса. Мы надеемся, что благодаря огромному количеству вычислительной мощности, которую нам предоставляет folding@home, это возможно. Идея сделать это состоит в том, чтобы начать с места, где кусочки белка (мономеры) расположены отдельно друг от друга, и запустить моделирование их группирования. Затем мы продолжаем только то моделирование, которое, кажется, идет в направлении сборки белка, в то время как мы останавливаем те моделирования, где мономеры расходятся. Эта стратегия называется «адаптивный посев» и является мощным способом ускорить наблюдение за интересующими нас процессами.

Блокировка лекарствами

Как только мы лучше поймем, как белок работает в качестве ионного канала и как он собирается, мы надеемся, что сможем понять, как амилорид и его производные препятствуют нормальной работе канала.

https://i.imgur.com/lybCEg3.png

Амилорид является одним из препаратов для лечения высокого кровяного давления. Он действует, блокируя ионный канал человека, эпителиальный натриевый канал ENaC и натрий-водородный антипортер 1 NHE-1 - еще один белок, который транспортирует ионы через мембраны клеток.

Молекулярно-динамическое моделирование, выполненное на folding@home, может помочь нам понять механизмы сдерживания лекарствами, как описано более подробно здесь (https://foldingathome.org/2020/03/30/covid-19-free-energy-calculations/). Мы надеемся, что сможем понять, как амилорид поражает белоок оболочки, и предложить способы сделать из него еще лучший препарат.

Роль белка оболочки в вирусной репродукции и разработке вакцин

Существует много стратегий разработки вакцин (https://www.nature.com/articles/d41586-020-01221-y). Идея, лежащая в основе вакцинации, состоит в том, чтобы подвергнуть иммунную систему чему-то, похожему на вирус, до того, как подвергнуться действительно вирусу. Таким образом, иммунная система успевает подготовиться к борьбе с реальной инфекцией, когда она наступит. «Вещи», имитирующие вирус, но без способности осуществлять инфекцию, могут быть ослабленным или "разбавленным" вирусом или могут быть основаны на вирусных векторах, нуклеиновых кислотах, белках или вирусоподобных частицах.

Было показано, что SARS-CoV и MERS-CoV, в которых отсутствует белок оболочки, демонстрируют значительно сниженную вирулентность, неполноценное созревание или воспроизведение неопасного потомства. Таким образом, было предложено, чтобы вирусы, в которых отсутствует белок оболочки, служили основой для вирусной вакцины. Тем не менее, оптимизация вакцин является сложным процессом (https://www.nature.com/articles/d41573-020-00073-5), и понимание основ биологии SARS-CoV-2 может только способствовать нашим коллективным усилиям по борьбе с Covid-19.

Оригинал: https://foldingathome.org/2020/05/25/going-after-the-mysterious-sars-cov-2-envelope-protein/
Автор: Lucie Delemotte (https://foldingathome.org/author/lucie-delemotte/)
Перевод: KTChampions

Буду благодарен за помощь в исправлении ошибок и неточностей.

Конформационные распределения, кодирующие механохимические свойства изолированных миозиновых двигательных областей.

4 июня 2020
автор Anton Thynell (https://foldingathome.org/author/anton/)

Конформационные распределения, кодирующие механохимические свойства изолированных миозиновых двигательных областей.

Elife. 2020 Maй 29;9:

Авторы: Porter JR, Meller A, Zimmerman MI, Greenberg MJ, Bowman GR

Краткое описание
Миозиновые двигательные области выполняют экстраординарное разнообразие биологических функций несмотря на общий обменный механохимический цикл. Двигательные мускулы адаптируются к своим функциям частично настраивая термодинамические и кинетические шаги этого цикла. Однако, остаётся неясным, как секвенция кодирует различия отдельных двигательных мускулов, поскольку те биохимически часто имеют почти неразличимые кристаллические структуры. Мы предположили, что секвенции производят различные биохимические фенотипы моделируемые, вполне вероятно, ансамблем конформаций, выполняющих различные функциональные роли. Для проверки этой гипотезы мы смоделировали распределение конформаций для 12 миозиновых двигательных областей, сконструировав структурные модели Маркова (MCMs), за беспрецедентные 2 миллисекунды эксплицитно растворив на атомы молекулярно-динамические симуляции. Сравнение двигательных мускулов обнаружило сдвиги в балансе между нуклеотидно-благоприятными и нуклеотидно-неблагоприятными Р-петлеобразными конформациями, которые экспериментально спрогнозированы измеренными рабочими коэффициентами, а ADP-показатели высвобождения лучше, чем у секвенции или индивидуальных структур. Такой результат демонстрирует влияние ансамбля в перспективе изучения секвентарно-функциональных связей.

PMID: 32479265 [по согласованию с издателем PubMed]
-

Источник: https://foldingathome.org/2020/06/04/conformational-distributions-of-isolated-myosin-motor-domains-encode-their-mechanochemical-properties/

Перевёл Unsoldier для bitcointalk.org

Так проект же благотворительностью занимается. При чем тут монеты? Они что их хотят залистить на какой-то бирже? Предлагаю всем прочесть прям очень интересный текст по поводу благотворительных вычислений (folding@home там тоже упоминается): https://habr.com/ru/company/selectel/blog/506150/ (https://habr.com/ru/company/selectel/blog/506150/)

Folding@home и Foldingcoin это не один проект, а два разных, но второй полностью зависит от первого, а первый получает выгоду от существования второго. На предыдущей странице я уже кратко отвечал на этот вопрос: https://bitcointalk.org/index.php?topic=886185.msg54174103#msg54174103
Статью по ссылке почитал, было интересно, особенно про DreamLab (https://play.google.com/store/apps/details?id=au.com.vodafone.dreamlabapp&hl=ru). Где-то валяется пару мобильных устройств с разными внешними поломками, появилась мотивация их отремонтировать.

Перевод статьи
https://foldingathome.org/2020/06/26/the-sars-cov-2-nucleocapsid-protein-is-dynamic-disordered-and-phase-separates-with-rna/

Белок нуклеокапсида SARS-CoV-2 является динамическим, неупорядоченным, и фаза разделяется с РНК.
26 июня 2020 г.
Anton Thynell
Авторы: Cubuk J, Alston JJ, Incicco JJ, Singh S, Stuchell-Brereton MD, Ward MD, Zimmerman MI, Vithani N, Griffith D, Wagoner JA, Bowman GR, Hall KB, Soranno A, Holehouse AS

Аннотация
Белок нуклеокапсида (N) SARS-CoV-2 представляет собой обильный белок, связывающий РНК, который играет различные роли в жизненном цикле вируса, включая репликацию, транскрипцию и упаковку генома. Несмотря на свою критическую и многофункциональную природу, молекулярные детали, лежащие в основе того, как N-белок опосредует эти функции, плохо изучены. Здесь мы объединяем одно-молекулярную спектроскопию с имитацией всего атома, чтобы раскрыть молекулярные детали, которые вносят вклад в функцию белка SARS-CoV-2 N. N-белок содержит три внутренне неупорядоченных области и две свернутых области. Все три неупорядоченных области являются высокодинамичными и содержат области преходящей спиральности, которые, по-видимому, действуют как локальные связывающие интерфейсы для взаимодействий белок-белок или белок-РНК.
Две свернутых области существенно не взаимодействуют друг с другом, так что полноразмерный N-белок является гибким и многовалентным РНК-связывающим белком. Как было обнаружено для других белков с аналогичными молекулярными особенностями, мы обнаружили, что N-белок подвергается разделению жидкой фазы при смешивании с РНК.
Полимерные модели предсказывают, что те же поливалентные взаимодействия, которые приводят к разделению фаз, также вызывают уплотнение РНК. Мы предлагаем простую модель, в которой нарушение симметрии через специфические сайты связывания способствует образованию метастабильного конденсата с одной РНК, в отличие от крупных капель, разделенных по фазе с несколькими РНК. Мы предполагаем, что уплотнение РНК с образованием динамических конденсатов с одним геномом может лежать в основе ранних стадий упаковки генома. Таким образом, анализы, которые измеряют, как соединения модулируют фазовое разделение, могут предоставить удобный инструмент для идентификации лекарств, которые нарушают оболочку вируса.

PMID: 32587966 [PubMed]

Гражданские ученые создают Exascale-компьютер для борьбы с COVID-19.

8 июля 2020
автор Anton Thynell (https://foldingathome.org/author/anton/)

Гражданские ученые создают Exascale-компьютер для борьбы с COVID-19.

bioRxiv. 2020 28 июня;:

Авторы: Zimmerman MI, Porter JR, Ward MD, Singh S, Vithani N, Meller A, Mallimadugula UL, Kuhn CE, Borowsky JH, Wiewiora RP, Hurley MFD, Harbison AM, Fogarty CA, Coffland JE, Fadda E, Voelz VA, Chodera JD, Bowman GR

Краткое описание
Пандемия SARS-CoV-2/COVID-19 продолжает угрожать в мировом масштабе здравоохранению и социально-экономической стабильности. Экспериментально выявлены снимки многих вирусных компонентов, но остаются невидимыми движущиеся части этих молекулярных механизмов. Чтобы запечатлеть эти важнейшие процессы, более миллиона гражданских ученых объединили свои усилия благодаря Folding@home - проекта по распределенным вычислениям, для создания первого в мире Exascale-компьютера (суперэвм экcафлопсного уровня (https://ru.wikipedia.org/wiki/Exascale_computing) - прим. пер.) и моделирования динамики белков. Беспрецедентные 0,1 секунды симуляции вирусной протеомы выявили: как комплекс шипов использует конформационную маскировку для уклонения от иммунного ответа, конформационные преобразования, вовлеченные в функцию других вирусных белков и «загадочные» карманы, которые отсутствуют на экспериментальных снимках. Эти структуры и механистические инсайты представляют новые цели для разработки терапевтических средств. Этот живой документ будет обновляться по мере того, как мы выполняем дальнейший анализ и делаем данные общедоступными.

PMID: 32637963 [PubMed]
-

Источник: https://foldingathome.org/2020/07/08/citizen-scientists-create-an-exascale-computer-to-combat-covid-19/
Перевёл Unsoldier для bitcointalk.org

ПРОЕКТ COVID MOONSHOT

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/05/COVID-Moonshot-2-1024x393.jpg

Ученые из консорциума Folding@home (https://foldingathome.org/about/the-foldinghome-consortium/) упорно работали в течение последних трех месяцев, чтобы поддержать сотрудников-экспериментаторов, разрабатывающих новые методы лечения для COVID-19 (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html).
Одним из таких сотрудничеств экспериментаторов является амбициозное открытое научное сотрудничество с COVID Moonshot (https://covid.postera.ai/covid), направленное на разработку недорогих, свободных от патентов низкомолекулярных терапевтических средств, которые нацелены на главную вирусную протеазу (MPro) (https://neurosciencenews.com/covid-19-protease-decoded-15959/) коронавируса (https://en.wikipedia.org/wiki/Coronavirus) SARS-CoV-2 (https://en.wikipedia.org/wiki/Severe_acute_respiratory_syndrome_coronavirus_2), вызывающего болезнь COVID-19 (https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html). Это открытое научное сотрудничество объединяет ученых из Diamond Light Source (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html), консорциума по структурной геномике (https://www.thesgc.org/scientists/groups/oxford), Оксфорда (https://www.thesgc.org/profile/oxford/fvondelft), Кембриджа (https://www.alpha-lee.com/), института Вейцмана (http://www.weizmann.ac.il/Organic_Chemistry/London/home), PostEra (http://postera.ai/), Enamine (http://enamine.net/), и так далее.

https://pbs.twimg.com/media/ETrKE-mXQAAwVhd?format=jpg&name=large

Иллюстрация основной вирусной протеазы (Mpro) от  SARS-CoV-2. Изображение предоставил Томас Сплеттстосер (https://twitter.com/splette) из SCIstyle (https://www.scistyle.com/).

Но что конкретно делает проект COVID Moonshot (https://covid.postera.ai/covid) и как он появился?

Это видео с канала Coffee Break (https://www.youtube.com/channel/UC9WQRw8jgJhag-vkDNTDMRg) дает отличный обзор истории и целей COVID Moonshot (https://covid.postera.ai/covid):

How Humans Are Crowdsourcing a Cure to COVID-19 - YouTube (https://www.youtube.com/embed/VnyaAmM1nhE)

Создание проекта

Ученые всего мира работают с беспрецедентной скоростью, чтобы понять коронавирус SARS-CoV-2 (https://en.wikipedia.org/wiki/Severe_acute_respiratory_syndrome_coronavirus_2), который вызывает болезнь COVID-19. 24 января 2020 года ученые из Китайской группы по расследованию и изучению нового коронавируса сообщили о первой полной последовательности генома SARS-CoV-2 в медицинском журнале Новой Англии (https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2001017), спустя всего два месяца после того, как в декабре 2019 года были зарегистрированы первые случаи заболевания людей COVID-19 (https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200423-sitrep-94-covid-19.pdf). Геном показал поразительное сходство, но ключевые различия между SARS-CoV-2 и вирусом SARS-CoV-1 (https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9), который вызвал вспышку SARS в 2002-2004 гг (https://en.wikipedia.org/wiki/2002%E2%80%932004_SARS_outbreak). Несмотря на то, что не было разработано никаких эффективных методов лечения SARS, это сходство позволило ученым перевести свое понимание соответствующих компонентов вируса с SARS-CoV-1 на SARS-CoV-2 и сосредоточиться на том, как различия изменили биологию вируса и, главное, - последствия, которые эти различия имели для разработки новых методов лечения SARS-CoV-2.

Всего через несколько дней после публикации генома SARS-CoV-2, команда из ShanghaiTech University (http://slst.shanghaitech.edu.cn/english/2018/1103/c727a35805/page.htm) выпустила первую кристаллическую структуру основной вирусной протеазы (Mpro) (https://www.nature.com/articles/s41586-020-2223-y), фермента SARS-CoV-2, который разрезает длинный вирусный полипротеин на функциональные части (https://pdb101.rcsb.org/motm/242), необходимые для созревания вируса. Сразу же было широко распространено волнение по поводу возможности разработки лекарств, которые могли бы блокировать его активные участки, эффективно останавливая репликацию вируса, что является стратегией, успешно используемой в терапии других вирусов (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/19048198/), таких как ВИЧ и гепатит С.

Ученые из Diamond Light Source (https://www.diamond.ac.uk/Public.html) сразу же увидели потенциал, отбросив все на второй план, чтобы целенаправленно сосредоточиться на выявлении новых способов введения Mpro с помощью маленьких молекул, которые могли бы блокировать активные участки.

mqRlihoVkYG4RK F - YouTube (https://www.youtube.com/embed/wYdqUbrqR_w?feature=oembed&enablejsapi=1&origin=https://test.foldingathome.org)

Алмазный источник света (Diamond Light Source) - абсолютно массивная научная установка, напоминающая космический корабль, в котором размещен гигантский синхротрон, генерирующий невероятно мощное рентгеновское излучение для изучения биологии на атомном уровне. Луч настолько интенсивен, что в принципе структуры могут быть собраны очень быстро, генерируя большой объем новой структурной информации, которая может использоваться для разработки новых методов лечения.

ru_crunching | Recent Entries (https://player.vimeo.com/video/52155724?dnt=1&app_id=122963)

Менее чем за неделю (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem/progress-highlights.html) ученые из Diamond и их сотрудники (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem/Credits.html), особенно группы Мартина Уолша (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/Research/Walsh-group.html) и лаборатории XChem, возглавляемые Фрэнком фон Делфтом (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/Fragment-Screening/XChem-team.html), клонировали вирусную протеазу, произвели миллиграммы белка, белок сформировал крошечные, но упорядоченные кристаллы, и были раскрыты первые структуры путём бомбардировки этих кристаллов интенсивными рентгеновскими лучами. Это грандиозное мероприятие было только началом: всего за три недели (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem/Credits.html) они провели скрининг тысяч соединений, впитанных в эти крошечные кристаллы, и выяснили их структуру, выявив десятки различных маленьких молекул, которые напоминали фрагменты лекарств, связывающихся с различными активными участками протеазы.

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/05/COVID-Moonshot-timeline.jpg

Эти структуры фрагментов могут быть невероятно ценными отправными точками для открытия лекарств, так как они могут имитировать взаимодействия, которые реальные лекарства могут осуществлять, чтобы плотно заблокировать небольшую молекулу на участке привязывания, блокируя способность протеазы функционировать и позволить вирусу созревать. К большому волнению исследователей из Diamond Light Source, фрагменты связаны различными пересекающимися способами, указывая путь к быстрому созданию новых молекул, которые напоминали «франкенштейновские» слияния отдельных соединений, которые были захвачены в этих кристаллических структурах. Исследователи могут использовать эти данные в качестве дорожной карты для быстрой разработки мощных ингибиторов протеазы, а вместе с этим и надежды на то, чтобы остановить поток смертей, который произойдет, когда вирус пробьётся во все более уязвимые группы населения по всему миру.

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/05/Mprosurface_all-960x480.jpg

Связанные с фрагментами структуры SARS-CoV-2 Mpro (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html), раскрытые учёными из DiamondMX / XChem из исследования фрагмента, завершенного 24 марта 2020 г.

Чтобы получить эти данные в руки исследователей, они разместили эти данные на своем веб-сайте (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html), начав с того, что станет масштабным открытым научным совместным мероприятием по открытию новых недорогих лекарств для COVID-19.

Роботы спешат на помощь

Раскрытие одной структуры небольшой молекулы, связанной с белком, обычно занимает месяцы. Как ученым из Diamond удалось раскрыть тысячи за сутки? Ответ заключается в чрезвычайно умной стратегии, предложенной Фрэнком фон Дельфтом (ведущим исследователем в Diamond Light Source (https://www.diamond.ac.uk/Home.html;jsessionid=36CC7506A9ADC81BB81AE41C856E2794) и Консорциуме структурной геномики в Оксфорде (https://www.thesgc.org/profile/oxford/fvondelft)) и учеными на эксперементальной станции макромолекулярной кристаллографии (MX) (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx.html), которые создали XChem (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/Fragment-Screening.html), технологию быстрого скрининга фрагментов, которая использует роботов и умные вычислительные процессы, чтобы ускорить открытие новых лекарств.

Сначала кристаллы белка готовятся в массивах в специальных пластинах. Эти кристаллы чрезвычайно малы,  менее 1 мм в диаметре, но расположены точно внутри пластины, чтобы позволить ультразвуковой диспенсерной станции Echo пропитывать их нанолитровыми капельками жидкости (https://www.youtube.com/watch?v=tYg8DpYGIz0), состоящими из мелких молекул, которые напоминают фрагмент лекарств (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/Fragment-Screening/Fragment-Libraries.html). Некоторые молекулы, такие как библиотека соединений, содержащих хлорацетамид, из лаборатории доктора Нира Лондона при Институте Вейцмана (http://www.weizmann.ac.il/Organic_Chemistry/London/home) в Израиле, могут даже образовывать ковалентные связи с каталитическим остатком цистеина в активном центре. Эти более мелкие молекулы способны определить активный центр и позволяют сделать предположения по поводу того, каких видов взаимодействий должно сделать настоящее лекарство, чтобы плотно связать и отключить фермент, препятствуя репликации вируса. Затем кристаллы быстро собирают, мгновенно замораживают в жидком азоте и помещают в середину петли на конце шпильки в массив внутренней части “шайбы”, которая может управляться роботом.

Diamond Light Source : XChem sample preparation - YouTube (https://www.youtube.com/embed/Oh1Z0yAjAGY)

Затем робот в XChem (https://www.diamond.ac.uk/Instruments/Mx/Fragment-Screening.html) собирает каждую петлю, хранящуюся в жидком азоте, и монтирует ее на мишень луча.

Diamond Light Source Sample Mounting - YouTube (https://www.youtube.com/embed/pUerXDxOt6s?feature=oembed&enablejsapi=1&origin=https://test.foldingathome.org)

Кристалл движется во многих различных ориентациях, так как образец движется через интенсивный рентгеновский луч, создаваемый синхротроном, в то время как дифракционные изображения (https://en.wikipedia.org/wiki/X-ray_crystallography) рассеянного рентгеновского излучения быстро захватываются. Рентгеновский луч настолько интенсивен, а робот настолько подвижен, что наборы данных для многих кристаллов можно собирать каждый час. Первый эксперимент с 600 кристаллами был завершен всего за 72 часа (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html).

Diamond Light Source : Automated data collection - YouTube (https://www.youtube.com/embed/YPE9WiSzGFE?feature=oembed&enablejsapi=1&origin=https://test.foldingathome.org)

Как только все данные собраны, начинается вычислительная работа по обработке сотен дифракционных изображений высокого разрешения от каждого из тысяч кристаллов. Из этого огромного количества данных извлекаются структуры атомного разрешения вирусной протеазы и критически важные атомные позиции соединений, которые связываются в ее активном участке.

Diamond Light Source : Data Processing - YouTube (https://www.youtube.com/embed/6d0MXg-5TAo)

Из всех этих данных в общей сложности появилось 74 структуры с четко определенными соединениями. Ученые из Diamond Light Source поспешили доставить эти структуры исследователям как можно скорее, чтобы помочь найти эффективное лекарство от COVID-19, сделав их доступными онлайн (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html) еще до того, как были написаны какие-либо научные статьи. Это вызвало бурю предстоящей деятельности.

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/05/Mprosurface_all-1-960x480.jpg

Связанные с фрагментами структуры SARS-CoV-2 Mpro (https://www.diamond.ac.uk/covid-19/for-scientists/Main-protease-structure-and-XChem.html), решенные DiamondMX / XChem.

Краудсорсинг для разработки лекарства

Все это разворачивалось быстро - намного быстрее, чем типичные сроки публикаций в рецензируемых научных журналах, которые часто влекут за собой месяцы или даже годы задержки. Распространение информации имело решающее значение для ускорения прогресса, который мог бы набираться и запускаться с этим невероятно ценным набором данных. Оказывается, все, что потребовалось, это твит:

Twitter Embed (https://platform.twitter.com/embed/index.html?dnt=true&embedId=twitter-widget-0&frame=false&hideCard=false&hideThread=false&id=1236355083585179648&lang=en&origin=https%3A%2F%2Ftest.foldingathome.org%2F2020%2F05%2F28%2Fthe-covid-moonshot%2F&theme=light&widgetsVersion=9066bb2%3A1593540614199&width=500px)

Несколько недель были очень напряженными в группе Уолша @diamondLightSou (https://twitter.com/DiamondLightSou?ref_src=twsrc%5Etfw%7Ctwcamp%5Etweetembed%7Ctwterm%5E1236355083585179648%7Ctwgr%5E&ref_url=https%3A%2F%2Ftest.foldingathome.org%2F2020%2F05%2F28%2Fthe-covid-moonshot%2F), но мы очень рады сообщить, что в сотрудничестве с группой Фрэнка фон Делфта в Diamond мы смогли провести полномасштабный эксперимент по обнаружению лекарств на основе рентгеновских фрагментов на главной протеазе SARS-CoV-2

Эта единственная тема в Твиттере (https://twitter.com/MartinWalshDLS/status/1236355083585179648) смогла объединить усилия для огромного сотрудничества множества сайтов. Вскоре к проекту присоединился ИИ-стартап PostEra (http://postera.ai/), основанный кембриджским профессором и новатором Альфой Ли (https://www.alpha-lee.com/), который входит в список Forbes Under-30 (https://www.forbes.com/sites/leahrosenbaum/2020/03/17/30-under-30-europe-2020-innovators-in-science-and-health-across-the-continent/#3edb43f07088), вместе с соучредителем Мэтью Робинсоном. Технология PostEra позволяет компьютерам быстро распознавать стратегии синтеза соединений (https://postera.ai/demo), что позволяет химикам определять приоритеты тех, которые можно быстро получить из уже имеющихся на складе реагентов. Enamine (https://enamine.net/), специалисты по быстрому синтезу новых молекул из виртуальной синтетической библиотеки, включающая в себя 14 миллиардов соединений (https://enamine.net/library-synthesis/real-compounds/real-space-navigator), которые могут быть быстро получены по требованию, вскоре присоединились, предлагая проводить синтезы по себестоимости. Многие другие сотрудники, в том числе UCB Pharma (https://www.ucb.com/), которая предложила вычислительных и медицинских химиков, чтобы помочь поддержать процесс проектирования без каких-либо патентных соображений, быстро присоединились.

Первым шагом в процессе разработки терапевтического средства является поиск соединения, которое достаточно велико и достаточно хорошо соответствует с связывающим карманом активного участка, чтобы эффективно ингибировать фермент в концентрациях, которые реально могут быть введены пациентам. Первоначальные попадания фрагментов, хотя они и были многочисленными, были очень маленькими и слабо связанными. Но какие стратегии лучше всего использовать на основе более чем 60 исходных соединений, которые связывают Mpro для продвижения к терапии, которая была бы безопасной и эффективной для людей?

Нир Лондон предложил простое решение: попробуйте все из них. Путем краудсорсинга способы, при которых попадания фрагментов могли быть разработаны, расширены, объединены, изменены или иным образом сделаны более мощными, они могли набирать идеи из лучших умов и алгоритмов во всем мире. Это будет Moonshot, попытка быстро продвинуться к соединениям с активностью, измеряемой примерно как минимальная концентрация соединения, которая может быть использована для ингибирования половины действующих протеаз, ниже начального 1-микромолярного порога до того, как химики-медики смогут взять под контроль и работать над систематическим улучшением молекулы и гарантировать, что она не будет токсичной для человека.

Благодаря быстрой работе PostEra по созданию веб-сайта (https://covid.postera.ai/covid), на котором химики-медики могли бы быстро набросать идеи, а химики-программисты или специалисты по машинному обучению могли быстро загрузить идеи, появился проект COVID Moonshot (https://twitter.com/covid_moonshot/status/1240387062127382528).

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/05/Design-a-compound-960x797.jpg

Прозвучал призыв к представлению материалов, который был широко распространен среди химиков. Вскоре появились сотни, а затем тысячи проектов. К 1 мая на веб-сайте было представлено более 4000 образцов соединений, все из которых были доступны для просмотра (https://covid.postera.ai/covid/submissions), при поддержке дискуссионных форумов (https://discuss.postera.ai/c/covid), на которых химики всего мира могли обсудить преимущества и недостатки каждого соединения. Благодаря человечеству произошёл краудсорсинг для разработки лекарства от COVID-19.

pojLZ1uo0i8DSPqr - YouTube (https://www.youtube.com/embed/iOt9-Nl9mSQ?feature=oembed&enablejsapi=1&origin=https://test.foldingathome.org)

Вскоре началась работа по определению, какие молекулы могут быть быстро синтезированы компанией Enamine, и какие молекулы имеют наилучшие шансы достичь порога в 1 микромоль. Именно в это время ученые из проекта Moonshot связались с компанией Folding@home, которая быстро вступила в действие, чтобы помочь расставить приоритеты, какие проекты могли бы быть наиболее эффективными благодаря помощи добровольцев по всему миру, жертвовавших свое компьютерное время.

Пока мы будем рассказывать в следующем блоге о том, что Folding@home делает, чтобы помочь расставить приоритеты соединений для синтеза, проект COVID Moonshot, которому едва исполнилось несколько недель, уже заказал синтез более 900 соединений. Более 450 из них уже синтезированы, и на сегодняшний день проанализировано более 400 соединений. В режиме реального времени статус всех соединений можно узнать на Moonshot Compound Tracker (https://covid.postera.ai/covid/submissions/compounds).

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/05/Moonshot-compound-tracker-960x304.jpg

Как и в случае с первоначальным кристаллографическим исследованием фрагмента, ученые из Diamond быстро приступили к работе и начали впитывать эти соединения в кристаллы и собирать данные рентгеновской дифракции, чтобы увидеть, связываются ли эти соединения с активным участком Mpro, и если да, то как точно они были расположены. Все эти данные были сразу же размещены в сети Интернет (https://covid.postera.ai/covid/structures), чтобы помочь химикам по всему миру в их собственных усилиях, а также помочь проекту Moonshot продвинуться в разработке краудсорсинговых комплексных идей.

Moonshot Structures Data - YouTube (https://www.youtube.com/embed/gQxkoxolgls?feature=oembed&enablejsapi=1&origin=https://test.foldingathome.org)

Тем временем лаборатория доктора Нира Лондона (http://www.weizmann.ac.il/Organic_Chemistry/London/home) при Институте Вейцмана была занята созданием анализа для измерения того, насколько хорошо синтезированные молекулы ингибируют Mpro. Анализ невероятно сложный, так как Mpro может легко окисляться, если не принять меры предосторожности, чтобы правильно имитировать буферные условия, что приводит к невоспроизводимым результатам. Но всего за пару недель лаборатория Нира Лондона дала великолепно воспроизводимые результаты и провела скрининг всех синтезированных молекул.

Как и в случае с данными рентгеновского исследования Diamond, все данные анализа из лаборатории Нира Лондона были отправлены прямо на веб-сайт (https://covid.postera.ai/covid/activity_data), чтобы позволить химикам, которые представили образцы, и всем остальным, повсюду увидеть, насколько хорошо эти образцы работают.

Moonshot Activity Data - YouTube (https://www.youtube.com/embed/bgob5qpfdYY)

Примечательно, что некоторые из образцов эффективно ингибировали Mpro в тестируемых концентрациях, и у нескольких молекул показатель IC50 концентрации были лучше, чем 10 микромолярных (единица измерения количества соединения, необходимого для эффективного ингибирования фермента), очень близко к той самой 1-микромолярной цели! Хотя это все еще далеко от лекарства, как с точки зрения эффективности, так и с точки зрения других свойств, важным для обеспечения того, что лекарство попадает в нужный орган-мишень и является безопасным для человека, при этом эффективно подавляя вирус, это очень многообещающее начало.

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/05/potent-hits-960x819.jpg

Начальные попадания из первого раунда данных анализа COVID Moonshot (https://covid.postera.ai/covid/activity_data), показывающие сильные ингибиторы.

Делиться - это забота

Хотя многие группы жертвуют свои усилия на этот проект бесплатно, синтез новых соединений по-прежнему стоит денег, которые расходуются на покупку синтетических реагентов. Чтобы помочь финансировать расходы на синтез соединений для этого беспрецедентного открытого проекта по открытию лекарственных препаратов, которые свободны от патентов, проект COVID Moonshot собирает средства через кампанию GoFundMe (https://www.gofundme.com/f/covidmoonshot).

SARS-CoV-2 Mpro Single Crystal Crystallography from Diamond Light Source on Vimeo (https://player.vimeo.com/video/399840767?dnt=1&app_id=122963)

Folding@home заключила партнерские отношения с Институтом программного обеспечения молекулярных наук (MolSSI) (http://molssi.org/) для обмена всеми нашими данными в Центре молекулярной структуры и терапии COVID-19 (https://covid.molssi.org/):

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/05/MolSSI-COVID-Hub.jpg

В течение следующих нескольких дней следите за последними публикациями о наборах данных, созданных Folding@home, подробностях о том, как мы поддерживаем проект COVID Moonshot с помощью вычислений физической связывания в беспрецедентном масштабе, а также о других результатах проекта COVID Moonshot.

Для тех, кто хочет узнать больше о массивном кристаллографическом фрагментном экране, который запустил Moonshot в научных деталях, вы можете прочитать все подробности в препринте bioRxiv (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.27.118117v1), опубликованном несколько часов назад!

Источник на английском языке: https://foldingathome.org/2020/05/28/the-covid-moonshot/ (https://foldingathome.org/2020/05/28/the-covid-moonshot/)

Перевод статьи  Greg Bowman  (https://foldingathome.org/author/gbowman/):
 UPDATING OUR CPU AND GPU COUNTS  (https://foldingathome.org/2020/09/27/updating-our-cpu-and-gpu-counts/)

                                                                                                          
 Всегда приятно наблюдать за количеством CPU и GPU, работающих в режиме Folding@home! Начало этого года было особенно захватывающим, так как мы увидели взрывной рост Folding@home в ответ на нашу работу над SARS-CoV-2/COVID-19, достигнув  экcафлопсного уровня  (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7337393/), даже при консервативной оценке производительности каждой машины. По мере роста участия в проекте увеличивалось и количество симуляций, поступающих на наши серверы.
 
За последние несколько недель мы наблюдали еще один всплеск роста, особенно на системах с GPU, но здесь мы увидели некоторую странность. Количество симуляций также возросло, но на этот раз не до такой степени, как можно было бы ожидать с точки зрения количества сообщаемых устройств. После некоторых исследований мы обнаружили несоответствие между тем, как мы считаем уникальные устройства, и некоторыми новыми способами, которыми люди используют программное обеспечение Folding@home.
 
Результатом является то, что некоторые устройства были подсчитаны неоднократно, и мы собираемся изменить наш алгоритм, чтобы более точно отражать количество устройств, которые являются активными.

 Для тех, кто интересуется техническими деталями, мы подозреваем, что проблема связана с использованием контейнеров, не использующих постоянное хранение.
  Каждый раз, когда один из этих контейнеров запускается, он получает новый идентификатор и появляется на наших серверах как новое устройство. Поскольку программное обеспечение Folding@home не находится в постоянной связи с нашими серверами, мы должны подсчитать количество устройств, которые связываются с нашими серверами в фиксированном окне времени. Чем больше окно времени, тем больше места для того, чтобы устройство считалось несколько раз. В качестве быстрого исправления, мы будем сокращать это окно, чтобы свести к минимуму пересчет. Заглядывая вперед, мы планируем оценить производительность Folding@home с точки зрения объема симуляционных данных, поступающих на наши серверы, а не полагаться на идентификаторы, генерируемые программным обеспечением Folding@home.

Если вы заинтересованы в использовании  контейнеров  (https://github.com/FoldingAtHome/containers), мы настоятельно рекомендуем контейнеры, созданные нами в сотрудничестве с NVIDIA. Они используют постоянное хранилище, которое поможет вам избежать отбрасывания частично завершенных рабочих блоков и поможет нам точно отслеживать, какое количество устройств действительно участвует в Folding@home.

September 27, 2020
by  Greg Bowman  (https://foldingathome.org/author/gbowman/)              

Это перевод  статьи   (https://foldingathome.org/2020/08/20/pure-storage-contributes-to-our-fight-against-coronavirus/) Anton Thynell от 20 августа 2020 г.

PURE STORAGE ПОМОГАЕТ НАШЕЙ БОРЬБЕ С КОРОНАВИРУСОМ

Сегодня, что неудивительно, что вся наша вычислительная мощность направлена ​​прямо на COVID-19. Но если сделать шаг назад, то более широкое использования вычислительной мощности сотен тысяч добровольцев будет направлено на то, чтобы постоянно делать мир более безопасным и здоровым местом, готовым к решению серьезных проблем.  Как платформа для медицины и биологии, наша сфера для решения проблем бесконечно широка и обширно применима. Мы надеемся, что сообщество Folding@home продолжит налаживать тесное сотрудничество с большим количеством партнеров, таких как Pure Storage, что позволит нам решать больше основных мировых проблем - пандемий, как таковых, - при этом предоставляя людям уникальную возможность изменить ситуацию каждый день.

Folding @ home был подключен к Pure Storage через одного из сотрудников компании, который является частью сообщества Folding@home. Через свой фонд Pure Good Foundation  (https://foldingathome.org/2020/08/20/pure-storage-contributes-to-our-fight-against-coronavirus/)  компания Pure пожертвовала систему Unified Fast File and Object (UFFO) FlashBlade, которая сразу же позволила нам увеличить емкость хранилища, не оплачивая ненужную вычислительную мощность.

«Значительно увеличив емкость хранилища и отделив ее от вычислений, мы можем сосредоточить наши вычислительные ресурсы на осмыслении огромных объемов данных, поступающих из Folding@home», - сказал Грег Боуман, директор Folding@home. «Важно отметить, что FlashBlade позволит нам работать с данными из Folding@home на месте. Как будто FlashBlade был специально создан для нашей миссии».

«Высокая производительность при обработке большого количества небольших файлов представляет собой истинное преимущество FlashBlade», - сказал Мэтт Берр, генеральный директор FlashBlade. «Для Folding@home проблема заключается в том, что с персональных компьютеров возвращаются бесчисленные крошечные файлы, которые необходимо собрать заново. Перераспределенные рабочие нагрузки отправляют небольшие биты данных обратно в основной вычислительный кластер, сеть или облако, что требует высокопроизводительного решения для повторной сборки и, в конечном итоге, обработки. Именно для этого и был разработан FlashBlade».

Чтобы узнать больше о нашем сотрудничестве, послушайте записанный веб-семинар с Pure Storage  Leveraging the Power of Many to Solve COVID-19   (https://chi-cloud.s3.amazonaws.com/webinars/Covid-19/20/Pure-Storage-Webinar-July-15-2020.mp4) , или прочитайте пресс-релиз Pure.

Узнайте больше о исследованиях, которыми занимается Folding@home, на сайте   https://foldingathome.org/

Мы ищем больше партнеров, таких как Pure, чтобы поддержать нашу работу, особенно путем предоставления средств для расширения нашей команды разработчиков. Если вы заинтересованы в ускорении научного прогресса, обращайтесь к Anton Thynell. (anton.thynell@gmail.com)

Это перевод оригинальной статьи: "TOGETHER WE ARE EVEN MORE POWERFUL: GPU FOLDING GETS A POWERUP WITH NVIDIA CUDA SUPPORT!" (https://foldingathome.org/2020/09/28/foldingathome-gets-cuda-support/), автора John Chodera (https://foldingathome.org/author/john-chodera/).

Благодаря распространению поддержки CUDA на Folding@home, графические процессоры NVIDIA получили огромный прирост скорости, при этом вам не нужно делать дополнительных настроек, все активируется самостоятельно!

GPU майнеры составляют существенную часть вычислительных мощностей Folding@home, что позволяет нам помогать таким проектам как COVID Moonshot (http://postera.ai/covid), мы просчитываем информацию по тысячам молекул в неделю, что помогает им разрабатывать новую недорогую терапию для лечения COVID-19 (https://foldingathome.org/diseases/infectious-diseases/covid-19/), которая не будет защищена патентами.

https://i.postimg.cc/DzFtpGks/Fold1.png (https://youtu.be/VnyaAmM1nhE)
COVID Moonshot (http://postera.ai/covid) (@covid_moonshot (https://twitter.com/covid_moonshot)) используют технические мощности Folding@home для вычисления информации по тысячам молекул в неделю, что позволяет синтезировать сотни молекул в интересах разработки препарата для лечения COVID-19, который можно было бы принимать в виде обычной таблетки 2 раза в день.


На сегодняшний день ваши GPU уже готовы получить большой прирост в скорости! Благодаря инженерам NVIDIA графические ядра используемые в Folding@home0 (базирующиеся на инструментарии OpenMM с открытым исходным кодом) теперь поддерживают CUDA, что позволяет значительно быстрее выполнять GPU проекты. Стандартные GPU получают 15-30% ускорение в большинстве проектов Folding@home, резко увеличивая как производительность научных исследований, так и количество генерируемых баллов в день (PPD).

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/09/speedups-horizontal-median.png (https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/09/speedups-horizontal-median.png)
Прирост скорости для Folding@home core22 в различных схожих по характеристикам проектах колеблется от 15 до 30% для большинства GPU совместимых с CUDA, а некоторые GPU получают еще большее ускорение.

COVID Moonshot Sprints (https://foldingathome.org/2020/07/28/introducing-covid-moonshot-weekly-sprints-help-us-discover-a-new-therapy/) используют специальный функционал OpenMM для оценки того, насколько сильно потенциальные терапевтические средства будут ингибировать основную вирусную протеазу SARS-CoV-2 (http://postera.ai/covid), ускорение на некоторых GPU может ускорить данную работу на 50-100%, что чрезвычайно важно в процессе разработки лечения.

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/09/covid-moonshot-page-logo-1024x287.jpg
Чтобы помочь ускорить разработку экспериментальных компонентов проекта и добиться более быстрого начала клинических испытанийCOVID Moonshot (https://postera.ai/covid) также проводят краудфандинговую кампанию GoFundMe (https://www.gofundme.com/f/covidmoonshot).

Вы можете следить за прогрессом Moonshot в Twitter (https://twitter.com/covid_moonshot).

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/09/speedups-horizontal-moonshot.png
Прирост скорости для Folding@home core22 в некоторых проектах COVID Moonshot (http://postera.ai/covid), использующих специальные функции OpenMM для разработки перспективных терапевтических средств, может колеблется от 50 до 400%!

Чтобы ощутить повышение скорости вам ничего не нужно делать — обновление core22 до версии 0.0.13 будет автоматически развернуто в течение нескольких дней на многих наших проектах, и само загрузит необходимые библиотеки и установит ядро с поддержкой CUDA. Если вы используете для майнинга GPU NVIDIA, логи вашего клиента покажут, что core22 0.0.13 попытается запустить более быструю версию ядра с поддержкой CUDA.

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/09/spike-benchmark-1024x516.jpg
На картинке изображен тест производительности Folding@home core22 0.0.13 для самого большого проекта, когда-либо производившегося на базе на Folding@home — спайковый белок SARS-CoV-2 (https://foldingathome.org/2020/04/03/capturing-the-covid-19-demogorgon-aka-spike-in-action/) (448,584 атома) с электростатикой PME и временным шагом 2 fc.

https://foldingathome.org/wp-content/uploads/2020/09/dhfr-benchmark-1024x582.jpg
На картинке изображен тест производительности Folding@home core22 0.0.13 для небольшого проекта — DHFR (http://openmm.org/about.html#benchmarks) (23 558 атомов) с электростатикой PME и временным шагом 4 fc с использованием интегратора BAOAB Langevin.

Чтобы получить максимальную производительность от использования нового ядра с поддержкой CUDA, обязательно обновите драйверы NVIDIA (https://www.nvidia.com/Download/index.aspx?lang=en-us)! Устанавливать CUDA Toolkit нет необходимости.

Core22 версии 0.0.13 должен автоматически включить поддержку CUDA для Kepler (https://en.wikipedia.org/wiki/Kepler_(microarchitecture)) и более поздних архитектур GPU NVIDIA, если у вас возникнут какие-либо проблемы, пожалуйста обратитесь за помощью в устранении неполадок на форум Folding (https://foldingforum.org/). Члены команды Folding@home и волонтеры сообщества окажут помощь в устранении любых проблем.

Помимо поддержки CUDA, core22 версии 0.0.13 включает в себя несколько исправлений ошибок и новые научные возможности, а также больше полезной информации, отображаемой в логах.

Мы премного благодарны всем тем, кто внес свой вклад в разработку последней версии GPU core Folding@home, особенно:

• Peter Eastman, ведущий разработчик OpenMM (Stanford)
• Joseph Coffland, ведущий разработчик Folding@home (Cauldron Development)
• Adam Beberg, главный архитектор распределенных систем (NVIDIA) и один из создателей Folding@home почти 21 год назад!

Также мы хотели бы выразить особую благодарность Jensen Huang (https://nvidianews.nvidia.com/bios/jensen-huang) и всем сотрудникам NVIDIA (https://www.nvidia.com/) за их невероятную поддержку Folding@home, которая была оказана на недавнем мероприятии по представлению публике нового NVIDIA GeForce RTX 30 Series (https://youtu.be/E98hC9e__Xs?t=72):

https://i.postimg.cc/Kzxh4vPP/Fold2.png (https://youtu.be/E98hC9e__Xs)

Кроме того, мы не смогли бы осуществить все эти улучшения без невероятных усилий волонтеров Folding@home, которые помогли нам в тестировании, особенно: PantherX, Anand Bhat, Jesse_V, bruce, toTOW, davidcoton, mwroggenbuck, artoar_11, rhavern, hayesk, muziqaz, Zach Hillard, _r2w_ben, bollix47, joe_h, ThWuensche и всех остальных, кто принимал участие в тестировании ядра и присылал нам свои отчеты.

                                                          
Перевод статьи: COULD A NEW CLASS OF ANTIBODIES TREAT COVID-19 IN A MANNER THAT AVOIDS RESISTANCE? (https://foldingathome.org/2020/10/21/mechanism-of-action-s309/)
Авторы:Ivy Zhang,  (https://foldingathome.org/author/ivy-zhang/) Viktor Belay (https://twitter.com/BelayViktor), William Glass (https://twitter.com/W_Glass)

---

Лаборатория  Chodera (https://www.choderalab.org/) исследует новый класс антител SARS-CoV-2(атипичная пневмония-2), который в настоящее время находится на стадии клинических испытаний и работает  с помощью нового удивительного механизма, позволяющего подавить способность вируса вырабатывать устойчивость(резистентность).



Антитела (https://ru.wikipedia.org/wiki/Антитела)-это белки, вырабатываемые нашей иммунной системой для защиты от инфекционных заболеваний, таких как COVID-19 (https://ru.wikipedia.org/wiki/COVID-19). На высоком уровне все антитела предотвращают инфекцию аналогичным образом: они связываются с белками возбудителя болезни (например, вируса), препятствуя способности возбудителя болезни проникать в клетки человека.

Для нашей иммунной системы, SARS-CoV-2 (https://ru.wikipedia.org/wiki/SARS-CoV-2), вирус, вызывающий COVID-19, не является исключением. Наша иммунная система вырабатывает антитела для нейтрализации SARS-CoV-2, то есть они предотвращают проникновение вируса в наши клетки и заражение нас. Одна важная оговорка заключается в том, что эта естественная форма защиты наиболее эффективна у молодых, здоровых людей; пожилые люди и те, у кого уже есть условия, которые делают их иммунную систему слабее, чем обычно, могут быть не в состоянии генерировать эти антитела так же эффективно, чтобы бороться с COVID-19.


Одним из основных направлений разработки лекарств от COVID-19 (https://ru.wikipedia.org/wiki/Вакцина_против_COVID-19) является попытка воспроизвести естественный иммунный ответ нашего организма.  Ряд фармацевтических и биотехнологических компаний разрабатывают искусственно созданные антитела, которые служат в качестве лекарств как для лечения COVID-19, так и для обеспечения временной (от нескольких недель до месяцев) защиты от инфекции SARS-CoV-2.

В настоящее время проходят клинические испытания множество антител (https://www.antibodysociety.org/covid-19-biologics-tracker/), большинство из которых имеют довольно очевидный механизм действия (способ, которым они нейтрализуют вирус): напрямую блокируют связывание вируса с клетками человека.  Однако некоторые антитела, участвующие в клинических испытаниях, не имеют легко объяснимого механизма действия, поскольку они не блокируют проникновение вируса напрямую. Интересно, что они связываются с консервативной областью вируса, которая не может легко мутировать, а это означает, что эти антитела могут оставаться эффективными, даже если вирус мутирует.

Как упоминалось выше, антитела, которые в настоящее время находятся в стадии разработки, нацелены на защиту от инфекции SARS-CoV-2, препятствуя проникновению вируса, но переходя на более глубокий уровень того, как все работает: что мы знаем и чего не знаем о том, как эти антитела нейтрализуют SARS-CoV-2?

 
В случае SARS-CoV-2 проникновение вируса осуществляется двойным образом с помощью белка-шипа (далее шип) внутри вирусной мембраны и ангиотензин-превращающего фермента 2 (ACE2) в мембране клетки человека.  И шип, и ACE2 известны как гликопротеины - белки, содержащие длинные молекулы, называемые  гликанами (http://www.glycopedia.eu/e-chapters/a-traveler-s-guide-to-complex-carbohydrates-in-the-cyber-space/article/glycomics). Влияние гликанов на биомолекулярные пути многочисленно, и мы до сих пор не до конца понимаем каждый процесс, в котором они участвуют. Однако было показано, что при SARS-CoV-2 они играют важную роль в функционировании шипа[1] (https://doi.org/10.1021/acscentsci.0c01056).

Часть шипа, которая связывается с его рецептором, ACE2, называется связывающийся с рецептором домен (RBD).  Чтобы смягчить инфекцию SARS-CoV-2, многие искусственно созданные антитела конкурируют с ACE2 за связывание RBD, напрямую блокируя событие связывания ACE2: RBD, необходимое для проникновения вируса.




В некоторых исследованиях сообщалось о вирус-нейтрализующих антителах, которые связываются с ACE2 с другой стороны RBD, предотвращая заражение посредством неизвестного механизма.  (Обзор различных способов связывания антител, находящихся в настоящее время в разработке, см. Barnes et al.[2] (https://doi.org/10.1038/s41586-020-2852-1))

В работе "Кросс-нейтрализация SARS-CoV-2 моноклональным антителом SARS-CoV человека" (https://www.nature.com/articles/s41586-020-2349-y) Пинто и др. демонстрируют, что несколько антител, полученных от пациента, пережившего SARS-CoV(атипичная пневмония) в 2003 году, способны нейтрализовать SARS-CoV-2. Они обнаружили, что одно антитело особенно эффективно при нейтрализации это - S309, которое в настоящее время находится на клинических испытаниях.

Однако крио-ЭМ (https://ru.wikipedia.org/wiki/Криоэлектронная_микроскопия) изображения структуры RBD: S309 показывают, что S309 не функционирует, как многие другие антитела против SARS-CoV-2;  вместо того, чтобы конкурировать с ACE2 за связывание RBD, S309 связывается с другой стороной RBD, а не с ACE2. Фактически, RBD все еще связывается с ACE2, но вирус каким-то образом оказывается нейтрализован.

Более того, участок связывания S309 на RBD более консервативен, чем участок, где связывается ACE2, а это означает, что по мере мутации вируса участок связывания S309 будет менее подвержен мутации, чем другие области RBD.  Это говорит о том, что S309 может быть устойчивым к вирусным мутациям, а это означает, что он может продолжать связывать и нейтрализовать SARS-CoV-2 даже по мере своего развития.


Итак, как же S309 нейтрализует SARS-CoV-2?  Это все еще открытый вопрос, и мы заинтересованы в ответе на него из-за потенциальной устойчивости S309 к вирусным мутациям. Любые новые знания, связанные с механизмом действия S309, будут полезны для сравнения с другими разрабатываемыми антителами SARS-CoV-2, что может помочь проинформировать врачей о том, какое лечение лучше назначать пациентам с различными мутационными вариантами SARS-CoV-2.

Более того, создание лучшего описания того, как S309 взаимодействует с RBD, улучшит наше понимание процесса заражения SARS-CoV-2, что позволит нам лучше бороться с будущими вспышками вирусов, связанных с SARS-CoV-2, если  они появятся.


В то время как структурные данные, представленные Пинто и др (https://doi.org/10.1038/s41586-020-2349-y) раскрывает некоторые ключевые идеи о том , как S309 взаимодействует с RBD, он предоставляет только статический снимок комплекса RBD:S309. На самом деле белки динамичны и постоянно находятся в движении. Лаборатория Chodera проводит моделирование молекулярной динамики (MD) (https://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics) (с использованием OpenMM (https://github.com/openmm/openmm)) для изучения движения белков во времени. Однако моделирование MD является дорогостоящим с вычислительной точки зрения, поэтому, если мы хотим изучать движение белка в течение длительного времени, нам нужно много вычислительных ресурсов. Вот тут-то и появляется Folding@home!

Благодаря огромной совокупной вычислительной мощности Folding@home мы можем генерировать данные моделирования в беспрецедентных масштабах.  Затем мы можем использовать данные моделирования, чтобы сделать подробные видеоролики о белках в движении и, что более важно, получить представление о конформационных состояниях, которые может принимать интересующий белок. Почему нас волнуют конформационные состояния белка?  Каждый белок принимает ряд конформаций, где каждая конформация диктует взаимодействия белка с его партнерами по связыванию, тем самым влияя на функцию белка.  Более того, диапазон конформационных состояний может изменяться в присутствии нового партнера по связыванию.

Мы можем применить эти идеи к RBD и попытаться понять механизм действия S309 с точки зрения изменения конформации белка.  Мы предполагаем, что когда S309 связывается с RBD, он изменяет набор конформационных состояний RBD, так что RBD больше не связывается со всеми теми же партнерами, нарушая способность вируса проникать в клетки человека. Чтобы исследовать эту гипотезу, мы запустим моделирование RBD (проект 17307 (https://stats.foldingathome.org/project?p=17307)), ACE2 (проект 17308 (https://stats.foldingathome.org/project?p=17308)), RBD: ACE2 (проект 17309 (https://stats.foldingathome.org/project?p=17309)) и RBD: S309 (подготовка к F@h в процессе разработки) и сравним диапазон конформационных состояний для RBD в этих симуляциях.

В результате каждого моделирования будет выведен набор всех конформаций, в которых конструкция находилась во время моделирования. Каждая конформация может соответствовать движению одного атома внутри структуры белка. Учитывая, что белки могут состоять из тысяч атомов, объем данных результатов моделирования будут чрезвычайно большим. Чтобы разобраться в этих огромных объемах данных, мы создаем модели состояния Маркова (МСМ) (https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.7b12191), которые представляют собой основы для анализа динамических систем, таких как белки.  МСМ позволяют группировать похожие конформации как «состояния».  Как только данные организованы таким образом, мы можем определить, как конформационные состояния RBD изменяются при связывании S309 и помогают ли эти наблюдения объяснить механизм действия S309.  



Следите за обновлениями!

Ссылки:
[1] Casalino L., Gaieb Z., Goldsmith, JA, et al. "За пределами экранирования: роль гликанов в белке-шипе SARS-CoV-2." ACS Central Science (2020).
      https://doi.org/10.1021/acscentsci.0c01056
[2] Barnes, C. O., Jette, C. A., Abernathy, M. E. et al. "Структуры нейтрализующих антител SARS-CoV-2 используются в терапевтических стратегиях." Nature (2020).
      https://doi.org/10.1038/s41586-020-2852-1
3] Pinto, D., Park, Y., Beltramello, M. et al. "Перекрестная нейтрализация SARS-CoV-2 человеческим моноклональным антителом против SARS-CoV." Nature (2020).
      https://doi.org/10.1038/s41586-020-2349-y

Вышел новый релиз программного обеспечения от folding@home версии 7.6.21
Релиз включает ряд важных обновлений и носит рекомендательный для перехода на него характер. В этом релизе появилась поддержка ARM благодаря компании Neocortix. Они кстати анонсировали это ещё почти пол года назад: Neocortix делает вклад в исследования COVID-19, открывая мир 64-битных Arm устройств для Folding@Home и Rosetta@Home (https://habr.com/ru/post/513234/)

Новость: https://foldingathome.org/2020/11/24/new-client-with-arm-support/
Загрузить новые версии можно со страницы: https://foldingathome.org/alternative-downloads/

интересно, что клиент этой версии работает у меня с 8 ноября
получается они анонсировали его на 2 недели позже выхода

А как вы о новой версии раньше анонса узнали? Бета-версии тестируете? Кстати спасибо за подсказку (https://bitcointalk.org/index.php?topic=603757.msg55707473#msg55707473), переключился пока с Foldingcoin/Curecoin на Banano и спустя неделю вижу, что гораздо выгодней.

просто с сайта скачал то что было
кстати у меня линух, может это речь о виндовом клиенте

и это еще при цене в 6 сатош...

однако заранее предупреждаю что в бананах график дохода нелинейный, если вдруг захочется тяжелую артиллерию подключить

Бета версии всегда доступны на сайте https://foldingathome.org/beta/ сейчас это версия что и у релиза 7.6.21, но они выкладывают бета версии регулярно, обсуждение доступно на форуме https://foldingforum.org/viewforum.php?f=31  Под banano имеется ввиду команда в майнинге Curecoin? https://stats.foldingathome.org/team/234980

Banano (https://bitcointalk.org/index.php?topic=5242277) не имеет отношения к Curecoin. Это криптовалюта, к которой прилагается проект Banano Miner (https://bananominer.com/), где за участие в F@H выплачивают вознаграждение "бананами".

Это понятно, но используют они F@H клиент же, а майнерам начисляют BAN за расчеты белков, в итоге капается все равно curecoin, а не напрямую "бананы"

F@H за вычисления начисляет "пойнты". За эти "пойнты" платятся "бананы". Curecoin в этой схеме никак не участвует.

Да конечно начисляются PPD за работу в F@H клиенте, но банано майнер же не копает на прямую BAN, я это имел ввиду, просто всегда получал cure за майнинг на пуле с использованием F@H, вот и остались ассоциации. :)

у cure и banano разные команды
в какую вступите, то и будут выплачивать

Перевод статьи: 2020 IN REVIEW, AND HAPPY NEW YEAR 2021! (https://foldingathome.org/2021/01/05/2020-in-review-and-happy-new-year-2021/)
Автор:Greg Bowman (https://foldingathome.org/author/gbowman/)

---

Краткое резюме: В 2020 году Folding@home был похож на гражданский флот в фильме "Звёздные войны: Скайуокер. Восход". Все собрались вместе, чтобы столкнуться с общим врагом, в данном случае с вирусом SARS-CoV-2, ответственным за пандемию COVID-19. Мы безмерно благодарны всем, кто присоединился к борьбе, помогая нам находить новых кандидатов в противовирусные препараты которые сейчас проходят испытания на животных, и опубликовать на данный момент четыре статьи:

1) Моделирование SARS-CoV-2 позволяет расширить масштаб захвата шипов и обнаружить криптические карманы по всему протеому (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.27.175430v3).
2) Механизм активации SARS-CoV-2 Nsp16 и загадочный карман с противовирусным потенциалом пан-коронавируса (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.10.420109v1.abstract).
3) Белок нуклеокапсида SARS-CoV-2 является динамическим, неупорядоченным и разделяется на фазы вместе с РНК (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.17.158121v2.abstract).
4) COVID Moonshot: научное открытие основных ингибиторов протеазы SARS-CoV-2 путем сочетания краудсорсинга, высокопроизводительных экспериментов, компьютерного моделирования и машинного обучения (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.29.339317v1.abstract)


Folding@home напоминает гражданский флот в фильме "Звёздные войны: Скайуокер. Восход" многочисленный и весьма разнородный набор компьютеров - от суперкомпьютеров до домашних ПК - вместе обеспечивает беспрецедентную огневую мощь. Прошедший год, безусловно, был насыщенным событиями для всех, и для Folding@home в частности.

Год начался с интересных событий по ряду направлений. В то время в Folding@home участвовало около 30 тысяч устройств. Вместе мы добились большого прогресса в понимании того, как небольшие изменения белков, называемых миозиновыми моторами, изменяют их функцию (https://elifesciences.org/articles/55132). Небольшие изменения в этих "двигателях" являются одной из наиболее частых причин наследственных заболеваний, поэтому эта первая работа является важным шагом на пути к возможности предсказать, может ли недавно обнаруженный вариант миозина вызвать заболевание или нет. Мы также открыли новые возможности для борьбы с вирусом Эбола (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.09.940510v1.abstract) и помогли перепрофилировать существующий препарат для борьбы с вирусом SFTS (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2211124719316705).

Потом наш мир перевернулся с ног на голову из-за пандемии COVID-19. В ответ мы быстро сосредоточили все наше внимание на вирусе SARS-CoV-2, который вызывает болезнь COVID-19.  

Общественный отклик на объявление о наших первых симуляциях был огромным, и Folding@home быстро превратился в самый мощный компьютер в мире.  В течение двух недель к проекту присоединилось более 400 000 новых устройств, и с этого момента мы продолжили быстро расти. На пике нашего развития более 280 тыс. GPU и 4,8 млн ядер CPU помогали имитировать как можно больше белков вируса SARS-CoV-2, ища новые возможности для борьбы с вирусом и новые лекарства, чтобы воспользоваться этими возможностями.

По очень консервативной оценке суммарной вычислительной мощности всех этих машин, Folding@home стал первым экзафлопным компьютером, имея более чем в 5 раз большую производительность, чем самый быстрый суперкомпьютер в мире на тот момент (суперкомпьютер Summit, который имеет производительность 200 петафлопс). Используя эту вычислительную мощность, мы генерировали данные моделирования за 0,1 секунды. Это более чем в 100 000 раз больше данных, чем в обычной работе по моделированию. Внутренне мы шутили, что, возможно, мы сгенерировали больше симуляционных данных, чем было произведено в истории науки, но шутка может быть на самом деле правдой!




А) Рост числа Folding@home (F@H) в ответ на COVID-19. Общее количество пользователей показано синим цветом, а случаи COVID-19 - оранжевым.  
Б) Глобальное распространение пользователей Folding@home. Каждая желтая точка представляет собой уникальный IP-адрес, используемый для Folding@home.  
C) Скорость обработки данных Folding@home и следующих 10 самых быстрых суперкомпьютеров в exaFLOPS.

Один из наших основных фокусов внимания был на шипе, который является одной из основных мишеней как для вакцин, так и для лекарств. Шип находится на поверхности вируса, где он ждет, чтобы закрепиться на клетке-хозяине и инициировать инфекцию. Из-за своей доступности и решающей роли в цикле репликации вируса, шип был в центре внимания усилий по разработке вакцины и главной мишенью для лекарств и антител. Он также привлек наше внимание, потому что он должен претерпеть значительные структурные изменения, чтобы выполнять свои функции, но было невозможно непосредственно наблюдать эти движения. По крайней мере, пока наши симуляции не захватили их!

Этот удивительный вычислительный подвиг выявил новые способы поражения шипа, объяснил "загадочные" узлы связывания антител, которые ранее были недоступны в имевшихся экспериментальных снимках шипа, и пролил свет на то, как изменение шипа меняет патогенность вируса. Теперь мы продолжаем эту работу, чтобы понять, чем новые версии шипа отличаются от исходного вируса SARS-CoV-2 и как мы можем атаковать их.


Открытие устья Демогоргона COVID-19 (также известного как шип), запечатленное в ходе моделирования. Три цвета - это три белка, которые образуют шип. Каждый состоит из линейной цепочки химических веществ, называемых аминокислотами. Ленты очерчивают каждую цепочку. Прозрачная поверхность - это поверхность Демогоргона COVID-19. Три белка, составляющие Демогоргон должны распространяться врозь, чтобы выявить узел связывания ACE2, который инициирует инфекцию, присоединяясь к белку ACE2 на поверхности клеток человека. В этом фильме запечатлена часть начального движения.

Мы также провели поиск в протеоме SARS-CoV-2 на предмет "загадочных" карманов, которые могут предоставить новые возможности для разработки лекарств. Часто снимки белков, полученные в результате экспериментов, раскрывают лишь ограниченные возможности для создания лекарств. Во многих случаях мы обнаружили, что наблюдение за динамикой этих белков выявляет спонтанное образование карманов, которые отсутствовали в экспериментальных структурах, которые мы называем криптическими карманами. На данный момент мы нашли более 50 таких загадочных карманов (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.27.175430v3) в белках от вируса SARS-CoV-2. Карман в одном белке под названием Nsp16 особенно привлекателен для разработки лекарств, поскольку мы обнаружили, что он также присутствует в вирусах SARS-1 и MERS, поэтому лекарство, нацеленное на этот карман, может работать против всех коронавирусов, связанных с вирусом SARS-CoV-2 (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.10.420109v1).


Белок Nsp16 вируса SARS-CoV-2 играет важную роль в способности вируса уклоняться от иммунного ответа. Моделирование Folding@home выявило загадочный карман (оранжевый), который отсутствует в существующих кристаллических структурах белка. Открытие скрытого кармана закрывает SAM-связывающий карман (SAM - это молекула, необходимая для функционирования Nsp16, показана розовыми полосками). Поскольку открытие кармана SAM-связывания необходимо для нормальной работы Nsp16, препарат, который нацелен на скрытый карман и закрывает карман SAM-связывания может отключить Nsp16. Мы также обнаружили, что белки Nsp16 из вирусов SARS-CoV-1 и MERS имеют один и тот же скрытый карман, в то время как этот карман отсутствует в человеческих белках, выполняющих аналогичную функцию. Следовательно, лекарство, нацеленное на этот загадочный карман, может быть полезно против многих / всех коронавирусов с минимальными побочными эффектами.

В третьем крупном проекте мы объединили усилия с COVID Moonshot (https://covid.postera.ai/covid) для разработки не имеющего патента противовирусного препарата, нацеленного на вирусный белок, называемый основной протеазой.  Это сотрудничество объединяет различные группы вычислительных и экспериментальных исследователей со всего мира.  На данный момент мы обнаружили несколько основных соединений, которые показали эффективность в экспериментальных тестах, и в настоящее время в рамках проекта проводятся первые тесты на моделях животных.  Вы можете прочитать больше здесь (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.10.29.339317v1.abstract).


Вы можете узнать больше о нашей работе с COVID-19 здесь (https://youtu.be/6w8xb__A8Gc)

В дополнение ко всем научным достижениям, мы приветствовали ряд новых членов консорциума Folding@home. Дивакар Шукла (Иллинойсский университет в Урбане-Шампейне) и Ши Хуан (Гонконгский университет науки и технологии), оба являются выпускниками лаборатории Pande, снова присоединились к проекту Folding@home. Люси Делемотт (Королевский технологический институт) и Эрик Линдал (Стокгольмский университет) присоединились к нашему сообществу. И мы приветствовали Эмму Мэттис в качестве менеджера программы.

Мы также благодарны многим новым друзьям, которые поддержали наши усилия. Спасибо Avast, AWS, Cisco, Linus Tech Tips, Microsoft Azure, Oracle и VMware за помощь в масштабировании серверной инфраструктуры Folding@home, чтобы не отставать от огромного роста, который мы наблюдали за такое короткое время. Благодарим Microsoft AI for Health за помощь в использовании Azure для моделирования адаптивной выборки и UKRI за предоставление вычислительных ресурсов для распараллеливания анализа данных.

Благодарим Pure Storage за предоставление системы FlashBlade для хранения наших больших объемов данных, Seagate и Micron за дополнительные хранилища и MolSSI за помощь в организации общедоступных объемов данных.  Спасибо AMD, ARM и Neocortix и Intel за помощь в улучшении производительности Folding@home на их оборудовании. Спасибо всем этим компаниям за помощь в распространении информации о Folding@home, а также A16Z, Best Buy, CCP, CoreWeave, Daimler Truck AG, Dell, GitHub, HP, La Liga, Media Monks, Microcenter, NVIDIA и  Telefonica. Спасибо CERN и сообществу физиков элементарных частиц за помощь в управлении данными и DataDog за услуги мониторинга серверов.  Мы также чрезвычайно благодарны NSF и NIH за финансирование.


Оглядываясь на прошедший 2020 год мы рады видеть, что одной из светлых его сторон было своего рода воссоединение семьи, когда люди стремились с помощью Folding@home помочь в нашей работе с COVID-19. Многие люди участвовали в проекте Folding@home на протяжении последних 20 лет, и многие удвоили свои усилия, чтобы помочь проекту, так как мы коллективно стремились как можно быстрее продвинуться вперед в работе над SARS-CoV-2. Спасибо всем вам!

Наконец, мы чрезвычайно благодарны всем, кто внес свой вклад в Folding@home! Без Вас мы бы не смогли достичь столь многого.

Мы с нетерпением ждем продолжения работы с вами и желаем вам счастливого нового года!

https://foldingathome.org/2020/12/08/protein-folding-and-related-problems-remain-unsolved-despite-alphafolds-advance/
PROTEIN FOLDING AND RELATED PROBLEMS REMAIN UNSOLVED DESPITE ALPHAFOLD’S ADVANCE

СВОРАЧИВАНИЕ БЕЛКОВ И СВЯЗАННЫЕ С НИМИ ПРОБЛЕМЫ ОСТАЮТСЯ НЕРЕШЕННЫМИ, НЕСМОТРЯ НА УСПЕХИ ALPHAFOLD
https://i.ibb.co/rHxq0yj/image.jpg (https://ibb.co/YhcJQjC)

Изображение адаптировано из визуализации SARS-CoV-2, изначально созданной Nvidia с использованием наборов данных Folding@home.
TL; DR: AlphaFold от DeepMind знаменует собой огромный шаг вперед в нашей способности предсказывать доминирующую структуру белка. Как белки попадают туда, и многие другие проблемы, связанные со сворачиванием белков, остаются нерешенными. Синергия между AlphaFold и Folding@home может способствовать большему прогрессу.

DeepMind недавно заявила, что они решили проблему сворачивания белков с помощью своего алгоритма AlphaFold. Они добились огромного прогресса, но решение проблемы сворачивания белка немного похоже на спасение мира. Многие пытались, некоторые сделали большие шаги вперед. Тем не менее, сворачивание белков останется не  решенным, как и мир остается не спасенным.

Итак, белки - это молекулярные механизмы, которые отвечают за многие активные процессы, которые мы связываем с жизнью, от сокращения мышц до восприятия света и переваривания пищи. Белок состоит из цепочки химических веществ, называемых аминокислотами, и многие из них «складываются» в определенную трехмерную структуру, которая позволяет им выполнять свою функцию.

Сворачивание белков - огромная проблема состоящая из множества частей. Одна из важных составляющих - это проблема предсказания структуры: предсказание доминирующей структуры белка по его последовательности (список частей, если хотите). Другой аспект - проблема механизма сворачивания: как белок попадает в эту сложенную структуру? Есть также множество связанных проблем, например, какие движущиеся части имеют свернутые белки? Как эта динамика позволяет белкам передавать информацию и вещества? Как мы можем разработать лекарства, чтобы выключить (или включить) белки? Как мы можем создать белки для выполнения новых функций?

Многие люди утверждали, что они решают проблему сворачивания белков. Один из моих коллег однажды красиво рассказал об открытии, которое они сделали. После выступления другой коллега пошутил: «Поздравляю, вы решили проблему сворачивания белка! Но тебе еще предстоит пройти долгий путь (указывая на еще одного коллегу), этот парень решил ее как минимум три раза».

Алгоритм DeepMind AlphaFold сделал шаг вперед в решении проблемы предсказания структуры белка. Я не буду вдаваться в технические подробности, а просто поздравлю команду с большим достижением.

При этом AlphaFold не объясняет, как белки сворачиваются, что является еще одной важной частью проблемы сворачивания белков. Это также не решает множество других проблем, которые тесно связаны, если не являются частью проблемы сворачивания белка.

Первоначально Folding@home фокусировался на понимании того, как белки складываются в свои доминирующие структуры. С тех пор проект расширился, чтобы охватить множество связанных проблем, поскольку все эти явления обусловлены одними и теми же основными физическими принципами.

Общая идея Folding@home заключается в том, чтобы использовать возможности компьютеров со всего мира для моделирования динамики белков. Каждая симуляция похожа на исследователя. Отправляя тысячи исследователей в разные стороны, мы можем решать проблемы, которые невозможно решить на одном компьютере.

Биомедицинские применения Folding@home довольно широки и включают болезнь Альцгеймера, рак и инфекционные заболевания. Например, в настоящее время мы уделяем много внимания пониманию вируса  SARS-CoV-2 (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.06.27.175430v3), ответственного за пандемию COVID-19. Мы также активно участвуем в разработке новых антивирусных препаратов через COVID Moonshot (https://covid.postera.ai/covid).

Хотя AlphaFold не решила проблему сворачивания белков, она должна быть перспективной технологией. Например, мы могли бы использовать его для предсказания доминирующих структур белков, структуры которых не были определены экспериментально. Затем мы могли бы начать моделирование в Folding@home с этих структур, чтобы помочь понять, как работают белки, следуя тем же процедурам, которые мы сейчас используем для изучения белков, структуры которых были определены экспериментально.

Результатом всего этого является то, что нам (сообществу специалистов по белкам в целом и Folding@home в частности) предстоит еще много работы! Вы можете помочь,  загрузив/установив Folding@home. (https://foldingathome.org/start-folding/)

Механизм активации белка Nsp16 вируса SARS-CoV-2 и защитный карман с антивирусным потенциалом пан-коронавируса

16 декабря 2020
Грег Боуман (https://foldingathome.org/author/gbowman/)

Как мы все знаем, коронавирусы представляют собой серьезную угрозу для здоровья человека. За последние два десятилетия эти вирусы вызвали три эпидемии: SARS в 2004 году, MERS в 2012 году, а теперь COVID-19 вызвал глобальную пандемию. Необходимо ответить на до боли очевидные вопросы:
   1)   Как предотвратить заболевания, вызванные коронавирусом?
   2)   Как лечить людей, которые болеют этими заболеваниями?
К счастью, недавно утвержденные вакцины - отличный шаг к ответу на вопрос под номером 1. Однако второй вопрос остается открытым.

Как и все вирусы, коронавирусы используют молекулярные машины, называемые белками, для выполнения цикла заражения клеток-хозяев (человека) и их репликации. Если Вы можете отключить функцию этих белков, вирусы не смогут продолжить этот цикл! Таким образом, выяснение того, как действуют эти белки, и разработка способов «выключения» этих белков является основной задачей при разработке лекарств, предназначенных для лечения инфицированных людей.

В нашей последней работе (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.10.420109v1) мы используем компьютерное моделирование, чтобы понять движущиеся части основного белка SARS-CoV-2. Хотя обычно мы можем выяснить общую форму (то есть трехмерную структуру) белка с помощью различных экспериментов (включая рентгеновское облучение белка), даже самые мощные микроскопы в мире не могут показать нам, как эти белки движутся! Компьютерное моделирование показывает нам, как на самом деле движется белок, что может информировать нас о том, как они функционируют, и показывать новые способы их отключения.

Белок коронавируса, который мы изучаем в этой работе, называется Nsp16. Это помогает вирусу уклоняться от нашего иммунного ответа, поэтому, если мы сможем отключить Nsp16, наша иммунная система будет легче распознавать вирус и выводить его из строя. Ранее люди пытались нейтрализовать Nsp16, вклинивая лекарство в его «активный участок» (то есть в область, где он выполняет реакцию, чтобы скрыть вирусную РНК от иммунной системы человека). В случае Nsp16 активный участок состоит из двух карманов, один из которых связывает РНК, а другой - другую молекулу, называемую SAM. Однако существует аналогичный человеческий белок (CMTr1), который имеет похожий вид активного участка, поэтому нацеливание на белок коронавируса без отключения человеческого белка является сложной задачей.


Белок Nsp16 вируса SARS-CoV-2 играет важную роль в способности вируса уклоняться от иммунного ответа. Для выполнения этой функции ему необходимо связать белок Nsp10 и две другие молекулы, РНК и SAM (зеленая и пурпурная соответственно).

Одно важное отличие, отличающее человеческих родственников Nsp16 от белка коронавируса Nsp16, заключается в том, что белок коронавируса должен быть присоединен к другому вирусному белку, Nsp10, для выполнения своей функции.

В этой работе (https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.10.420109v1.article-metrics) мы сначала показываем, как связывание Nsp10 с Nsp16 активирует Nsp16, а затем, сравнивая движения Nsp16 и его человеческого гомолога (CMTr1), мы идентифицируем способ отключения Nsp16 без отключения человеческого белка.

Во-первых, мы показали, как связывание Nsp10 с Nsp16 активирует Nsp16, чтобы он мог функционировать. В частности, когда Nsp10 присоединяется к Nsp16, трехмерная структура Nsp16 изменяется, так что его активный участок становится более открытым (показано в видео ниже). С более открытым активным участком Nsp16 способен связываться с РНК и SAM, которые необходимы для активации реакции, маскирующей РНК!


Моделирование Folding@home показало, как белок Nsp10 вируса связывается и активирует Nsp16. В отсутствие Nsp10 карманы Nsp16, которые связывают РНК и другую молекулу, называемую SAM (карманы желтого и голубого цвета соответственно), закрываются сами по себе. Связывание Nsp10 открывает эти карманы, позволяя Nsp16 связывать РНК и SAM и, в конечном итоге, выполнять свою функцию. Для справки, РНК показана зеленым цветом, а SAM - пурпурным.

Затем мы находим способ нацеливаться на белок коронавируса Nsp16, не нацеливаясь на его важного человеческого родственника, белок CMTr1. В частности, мы обнаружили, что некоторые движения Nsp16 приводят к образованию «загадочного» кармана в области белка рядом с активным участком, но CMTr1 человека не образует этот карман! Важно отметить, что когда этот карман открыт, активный участок закрыт, а это означает, что Nsp16, вероятно, не может связываться с необходимыми молекулами, которые ему нужны, чтобы замаскировать свой геном! Следовательно, если кто-то сможет разработать небольшую молекулу, чтобы её можно было воткнуть и открыть этот карман, это, скорее всего, выведет из строя белок. И мы обнаружили, что белки Nsp16 других коронавирусов также имеют этот карман, поэтому нацеливание на этот карман может нокаутировать другие коронавирусы (например, SARS, MERS и т. д.). К счастью, это, скорее всего, не повлияет на CMTr1 человека, поскольку он не образует этот карман.


Моделирование Folding@home выявило загадочный карман (красный), который отсутствует в существующих кристаллических структурах белка. Открытие загадочного кармана закрывает карман для привязки SAM. Поскольку наличие открытого SAM-связывающего кармана важно для правильного функционирования Nsp16, лекарство, которое нацелено на скрытый карман и закрывает SAM-связывающий карман, может выключить Nsp16. Мы также обнаружили, что белки Nsp16 из вирусов SARS-CoV-1 и MERS имеют один и тот же скрытый карман, в то время как этот карман отсутствует в человеческих белках, выполняющих аналогичную функцию. Следовательно, лекарство, нацеленное на этот загадочный карман, может быть полезно против многих/всех коронавирусов с минимальными побочными эффектами. Для справки, РНК показана зеленым цветом, а SAM - пурпурным.