Само по себе обновление здесь ни при чем, это может произойти в любой момент с любой из опубликованных Android сборок, если клиент увести в фон вместо закрытия. Потому что, как я понимаю, в целях экономии энергии Android имеет привычку убивать тяжелые процессы, если не видит необходимости в продолжении их работы. LevelDB же такое обращение очень сильно не нравится, что и приводит в конце-концов к повреждению индекса, в случае многократных повторений подобного.

Если есть рут доступ, то можно удалить каталог txleveldb и файл blk0001.dat, после чего клиент запустится и синхронизируется. Если устройство не рутовано, то нужно подождать следующей сборки, там будет реализовано автоматическое пересоздание поврежденной БД. Других вариантов решения, к сожалению, на данный момент нет.

P.S. Версия 0.5.9 с автоматическим пересозданием БД будет опубликована на маркете завтра или послезавтра.