杉並税務署に確認したら、仮想通貨が値上がりして当初の取得原価よりも高額な物を購入したら、購入費用と取得原価の差額を利益とみなして税金がかかるとのことでした。物は商品だけでなく仮想通貨も含むそうです。
考え方が２つ出てきてしまいましたが、杉並税務署によると近々国税庁のHPに上記の指針が掲載されるそうなので、それを見てから判断するのが安全と思います。