Ya he conseguido solucionarlo,investigando un poco en el GitHub de
CGMiner y haciendo un scrypt todo va bien,no se si tiene un pequeño problema por la versión pero funciona.Aqui dejo el scrypt para quien quiera:
#!/bin/bash
# -*- ENCODING: UTF-8 -*-
cd cgminer/cgminer
cgminer -o stratum+tcp://thecoin.pw:3601 -u X -p X --anu-freq 275
El scrypt se encuentra en el directorio /home/usuario por eso lo envio primero a ese directorio,aunque en realidad no lo necesite.