Yo tengo mi rig montado con las 2 fuentes.
La que alimenta las gráficas tiene un puente entre el 3 y 4 pin superior que la hace funcionar permanentemente mientras el ordenador esté encendido.
Tienes información en internet:
http://www.megamanuales.es/como-encender-fuente-de-alimentacion-atx-manualmente-sin-placa-base/ .
En el caso de ejemplo hace el puente entre el 4 y 5 pin. Los conectores son universales, así que debería funcionarte tal y como te lo he comentado o como viene en el ejemplo.
Un saludo