Смысл в том, что бы запускать свои программы в изолированной среде. Это простая, бесплатная альтернатива выделенному компьютеру или виртуальной машине на рабочем компе.
Может я чего-то не понимаю, но мне представляется, что docker в смысле изолированности не лучше виртуальной машины. А виртуальная машина все же не так безопасна, как отдельная система. Разве сложно установить рядом с виндой на тот же диск нормальный линукс? С этим вполне справится средний пользователь, это точно не сложнее вот этих всех костылей. Да, неудобство в том, что придется перегружаться в другую систему для работы с криптой, но, по-моему, в большинстве случаев с этим можно ужиться.
А лучше вообще перейти с винды на линукс, а в виртуалке на первых порах держать винду с привычным софтом для более мягкого перехода. Я так и сделал несколько лет назад, спустя несколько месяцев виртуальной виндой уже практически не пользовался.
Изолированная среда, какой является докер, не требует огромного количества операций записи-считывания, как того требует виртуальная машина, в которой гостевая операционка шлет постоянные запросы оосновной OS на такие операции. Потому докер лучше не только в смысле производительности но и в смысле изолированности - меньше поверхность для возможных атак.
Лучший вариант иметь Линукс на отдельном компьютере и использовать эту систему вместо Windows с её костылями, которые делают возможные различные атаки на её динамические библиотеки.