Se consigue mediante outputs OP_RETURN , que se añadió en la versión 0.9 del protocolo.
Si puedes desplegar un script php, aquí tienes el código. No lo he probado, así que no te puedo decir si da algún problema.
https://github.com/coinspark/php-OP_RETURNCreo que la prueba de existencia con OP_RETURN es una solución temporal y no hay que abusar de su uso. Personalmente, no lo utilizo porque creo que hay que evitarlo en lo posible hasta que lleguen las sidechains para que no se sature la cadena de bloques.
Para mis pruebas de existencia, envío los ficheros directamente a mi cuenta de Gmail. Tiene la ventaja de que no tienes que guardar los hashes y los ficheros por separado, y la desventaja de que la prueba de existencia en Bitcoin valdría 100% en un juicio y en la de Gmail puede que no sea 100% seguro.