[ANN] [FLDC] FoldingCoin - майнинг во благо медицины!

[xandry]

В folding@home добавлен "Корона вирус" (COVID-19, SARS-CoV-2, 2019-nCoV). Пока что в бета-тестировании, но скоро будет доступен для всех.

Источник: https://bitcointalk.org/index.php?topic=603757.msg53984971#msg53984971

[1714072040]

1714072040

[1714072040]

1714072040

[1714072040]

1714072040

[1714072040]

1714072040

[cryptomaxsun]

PC-геймеры Reddit объединяют свои вычислительные мощности вокруг проекта Folding@Home для борьбы с COVID-19

[almaz8695]

Геймеры конечно красавцы, но их мощности все равно очень ограничены в максимум 2 топовых видеокарты. А тут вот крупные майнеры присоединяются с 6000 видеокарт, которые составляли около 0.2% от хэшрейта сети эфира и добывали эфира на 3600 баксов ежедневно.

"Крупнейший майнер Эфириума в США CoreWeave перенаправляет вычислительную мощность 6 000 видеокарт на исследования Folding@home по поиску лечения от коронавируса"
Источник - BitNovosti

[xandry]

Геймеры конечно красавцы, но их мощности все равно очень ограничены в максимум 2 топовых видеокарты. А тут вот крупные майнеры присоединяются с 6000 видеокарт, которые составляли около 0.2% от хэшрейта сети эфира и добывали эфира на 3600 баксов ежедневно.

Если это тупо запущенный folding@home на классической ферме из видеокарт, где слабый центральный процессор, а видеокарты воткнуты через расширители (райзеры), то неизвестно кто ещё эффективней будет, так как в folding@home важна пропускная способность канала pci-e, а на одну видеокарту, должно быть хотя бы одно ядро центрального процессора.

Если кому-то интересны принципы для сборки отдельного ПК для folding@home, вот полезная тема https://foldingforum.org/viewtopic.php?f=38&t=30155 (английский).

[almaz8695]

Геймеры конечно красавцы, но их мощности все равно очень ограничены в максимум 2 топовых видеокарты. А тут вот крупные майнеры присоединяются с 6000 видеокарт, которые составляли около 0.2% от хэшрейта сети эфира и добывали эфира на 3600 баксов ежедневно.

Если это тупо запущенный folding@home на классической ферме из видеокарт, где слабый центральный процессор, а видеокарты воткнуты через расширители (райзеры), то неизвестно кто ещё эффективней будет, так как в folding@home важна пропускная способность канала pci-e, а на одну видеокарту, должно быть хотя бы одно ядро центрального процессора.

Если кому-то интересны принципы для сборки отдельного ПК для folding@home, вот полезная тема https://foldingforum.org/viewtopic.php?f=38&t=30155 (английский).

Даже не знал об этой специфике проекта, но там же пишут что они удвоили хешрейт всей сети folding@home и это тоже показатель, и сразу после в ленте они опубликовали что мощность превысила 470 петаФЛОПС, и если они пишут что это х2 от самого мощного суперкомьютера, то я глянул что это больше чем петаФЛОПСы трех мировых суперкомпьютеров вместе взятых. Из-за всей шумихи вокруг проекта теперь у них не хватает заданий для всех

[cryptomaxsun]

Еще важно получить passkey.
С ним дают более жирные задания, и соответственно больше PPD, в несколько раз.
Получить пасскей - https://apps.foldingathome.org/passkey/create

https://foldingathome.org/support/faq/points/passkey/

Номера проектов для борьбы с коронавирусом.
КОРОНАВИРУСНЫЙ ПРОЕКТ

Домен связывания рецептора коронавируса SARS-CoV-2 (вызывающий COVID-19) в комплексе с человеческим рецептором ACE2 (структура, альтернативная 11741)

CPU : 13862 - 13863 - 14328 - 14329 - 14337 - 14528 to 14531 - 14572 - 14574 - 14576 - 14600 to 14602
GPU : 11741 to 11781

https://foldingforum.org/viewtopic.php?f=106&t=32463

[KTChampions]

Биткоин братья переключают свои мощные компьютеры на исследование коронавируса COVID-19

Создание и поддержка сети биткоина и других основных криптовалют требует огромных вычислительных мощностей, что в последние годы было общим местом биткоин критики.

Эти компьютеры, в основном используемые для решения сложных математических задач при эмиссии новых биткоинов, потребляют ошеломляющее количество энергии, которое, по некоторым оценкам, эквиваленто энергопотреблению страны среднего размера.

Теперь, в условиях коронавирусного кризиса охватившего мир, тысячи этих компьютеров, которые занимались майнингом и поддержкой сети биткоина и других криптовалют, обратили свои значительные силы на помощь в борьбе с коронавирусом.


Майнинг фермы биткоина и других криптовалют могут содержать многие тысячи процессоров, все они работают для решения математических уравнений, необходимых для эмиссии новых биткоинов, и теперь некоторые из них помогают в исследовании коронавирусов.

Ранее в этом месяце крупнейший в США майнер ethereum, CoreWeave, заявил, что перенаправил вычислительную мощность около 6000 специализированных для майнинга криптовалют компьютерных чипов, которые зарабатывали около 3600 долларов в день, на исследования коронавируса.

На этой неделе блокчейн компания Bitfury заявила, что использует некоторые вычислительные мощности, которые она использовала для обработки транзакций цифровых валют, чтобы помочь в борьбе с пандемией коронавируса.

Аналогично децентрализованная вычислительная сеть golem и блокчейн платформа tezos также пожертвовали часть своих ресурсов на исследования коронавируса.

Криптовалютные компании присоединились к проекту Вашингтонского университета Folding at Home, созданному консорциумом научно-исследовательских лабораторий в Северной Америке, Европе и Азии с целью создания распределенного суперкомпьютера для исследований заболеваний и фармацевтической разработки.

«Чтобы помочь в борьбе с коронавирусом, мы хотим понять, как работают эти вирусные белки и как мы можем разработать терапевтические средства, чтобы остановить их», - пояснил проект Folding at Home.

«Наша особенность заключается в использовании компьютерного моделирования для понимания движущихся частей белка. Наблюдение за тем, как атомы в белке движутся относительно друг друга, важно, потому что это дает ценную информацию, которая недоступна для получения любыми другими средствами».

Проект Folding at Home недавно смоделировал белок из вируса Эбола и утверждает, что помог ученым в разработке эффективных лекарств.

Результаты вычислений Folding at Home общедоступны, что позволяет любой организации, работающей над вакциной, лечением или другими исследованиями, использовать ее в своей работе бесплатно.


Цена биткоина сильно пострадала от обвала рынка, вызванного коронавирусом, в прошлом месяце.

Компания Bitfury, базирующаяся в Нидерландах, заявила, что некоторые из ее мощных вычислительных узлов с поддержкой графических процессоров выполняют вычисления по COVID-19 с 20 марта.

«На сегодняшний день эти узлы выполнили более 1300 вычислений для Folding at Home, чтобы проанализировать новый коронавирус (COVID-19), и компания планирует значительно увеличить свой вклад с течением времени», - говорится в заявлении Bitfury.

«Наш вклад высокоэффективных вычислительных мощностей бледнеет рядом с самоотверженностью и жертвами наших медицинских работников и обслуживающего персонала находящегося на переднем крае борьбы с этим вирусом, но я уверен, что этот проект от компании Folding at Home вместе с работой многих исследователей и врачей , значительно улучшит наше понимание и лечение этого заболевания », - сказал Валерий Вавилов, исполнительный директор Bitfury.

По данным, собранным Университетом Джона Хопкинса (онлайн данные тут - прим. KTChampions), в последние недели число подтвержденных случаев коронавируса во всем мире резко возросло, достигнув 860 000 человек и количество погибших состовляет около 42 000 человек.

Между тем, согласно отчету Организации Объединенных Наций, около 25 миллионов рабочих мест могут быть потеряны во всем мире в результате вспышки коронавируса и глобального карантина введенного, чтобы остановить его распространение.

Оригинал: https://www.forbes.com/sites/billybambrough/2020/04/01/bitcoin-bros-are-directing-their-powerful-computers-toward-coronavirus-covid-19-research/#1576334530de
Автор: Billy Bambrough
Перевод: KTChampions

Буду благодарен за помощь в исправлении ошибок и неточностей.

[bby2]

Около 400 000 новых добровольцев присоединилось к Folding@Home в борьбе с COVID-19
_____

Проект Folding@Home начал борьбу с COVID-19, и в результате теперь обладает огромными вычислительными возможностями. Проект распределенных вычислений обладает мощностью около 470 петафлопс, с помощью которых нацелен смоделировать белок для борьбы с коронавирусом. Этих мощностей также достаточно, чтобы затмить семерку лучших в мире суперкомпьютеров вместе взятых. Это более чем вдвое больше, пика  мощности в 149 петафлопс  суперкомпьютера Summit – частично благодаря команде Summit, присоединившейся к проекту более двух недель назад. По словам Folding@Home, число участников за последние две недели увеличилось примерно на 1200%, это около 400 000 новых добровольцев.

Увеличение вычислительной мощности частично объясняется технологиями, которыми располагают многие пользователи прямо у себя дома. Люди имеют многоядерные процессоры и многоядерные графические процессоры, которые обеспечивают гораздо большую вычислительную мощность, по сравнению с недавними годами. Более того, майнинг тоже приложил к этому руку – существует невероятное количество техники для майнинга криптовалют, которые, можно сказать, будто были созданы специально для подобных проектов.

Есть положительные ранние признаки. Summit, например, уже нашел 77 лекарственных соединений, которые могут быть полезны для борьбы с коронавирусом. Стоит сказать, что полностью рассчитывать на Folding@Home в плане ускорение разработки вакцины или лечения, есть реальный шанс, что ваш лишний компьютер поможет человечеству сделать важное открытие.

Если хотите помочь в борьбе с COVID-19, вам сюда: https://foldingathome.org/iamoneinamillion/
_____

Перевод.
Оригинал: https://www.engadget.com/2020-03-23-folding-at-home-adds-400000-in-coronavirus-fight.html

[xandry]

Оригинал: https://www.engadget.com/2020-03-23-folding-at-home-adds-400000-in-coronavirus-fight.html

Спасибо за перевод и поздравляю с предстоящим повышением ранга.  
Исправьте по возможности в заголовке название проекта (НЕ "Funding").
По ссылке ещё есть видео с русскими субтитрами, где автор статьи рассказывает о своём личном опыте и о других проектах (seti@home, BOINC и rosetta@home). Рекомендую к просмотру.

[FP91G]

Перевод статьи
https://foldingathome.org/2020/03/30/covid-19-free-energy-calculations/

НОВОЕ МОДЕЛИРОВАНИЯ СКРИНИНГА ДЛЯ  МОЛЕКУЛ COVID-19
Запуск на FOLDING@HOME!
30 марта 2020 г.
Vincent Voelz

Мы рады сообщить, что новая серия скрининговых моделей молекул уже запущена и работает на Folding @ home! Это моделирование поможет определить приоритеты, какие молекулы будут синтезированы и проанализированы с помощью COVID Moonshot с целью быстрой разработки новых методов лечения против основной вирусной протеазы SARS-CoV-2.

https://youtu.be/RtB612XzWrg

Свыше 1900 уникальных краудсорсинговых проектов, основанных на фрагментах DiamondMX, попавших в основную вирусную протеазу SARS-CoV-2 (Mpro), были представлены проекту COVID Moonshot всего за несколько дней! В этом фильме показаны все конструкции, прикрепленные к рентгеновским структурам Diamond.
Обратите внимание, что эти новые проекты могут быть запущены только на процессорах. Они дополняют многие проекты COVID-19 Folding@home, которые уже запущены на графических процессорах, и позволяют всем присоединиться, чтобы помочь в борьбе с COVID-19.

О проекте

Лаборатории Voelz и Chodera совместно с международной группой исследователей проводят компьютерный скрининг потенциальных ингибиторов основной протеазы коронавируса SARS-CoV-2(также известной как SARS-CoV-2 MPro или 3CL). После того, как вирус попадает в клетку, он задействует механизм трансляции клетки и создает полипротеин (одну длинную цепочку аминокислот), который необходимо расщепить на более мелкие кусочки, которые станут функциональными частями вируса. Основной протеазой является вирусный белок, который расщепляется.



Основная вирусная протеаза SARS-CoV-2 (Mpro) (pdbid: 6LU7)
Своевременная работа по кристаллизации с высокой пропускной способностью в рамках проекта Diamond Light Source XChem позволила выявить фрагменты лекарств, которые связывают протеазу, и сейчас идет гонка за использованием этих начальных данных для определения вычислительных приоритетов соединений для синтеза. Мы используем возможности Folding @ home - в настоящее время скрупнейшего суперкомпьютера в мире - для скрининга десятков тысяч перспективных молекул, которые в вычислительном отношении пристыкованы к протеазе. К ним относятся более 6000 соединений, разработанных и представленных в рамках конкурса COVID Moonshot..

https://youtu.be/0gSbIkTaj-Y

О расчетах

Мы используем алхимический метод расчета свободной энергии, называемый возмущением свободной энергии, или FEP, чтобы оценить сродство потенциальной молекулы лекарственного средства к его рецептору. Методы FEP очень дорогие по сравнению с другими методами, такими как стыковка, но с преимуществами высокой точности и физического понимания. Мы используем протоколы, очень похожие на те, что использовались в последнем
SAMPL blind challenge.
Расчет включает в себя отделение молекулы лекарства (путем отключения электростатического и дисперсионного взаимодействий) от его рецептора, и снова для молекулы в воде. Для последнего типа симуляции, к сожалению, посмотреть на Folding @ home не так уж и много, потому что протеин не симулируется. Какими бы скучными ни казались эти проекты, имейте в виду, что они абсолютно необходимы для нашего успеха.

[Aranos]

Ребят, извините за тупой вопрос, но мне важно знать, все эти люди которые присоеденились к проекту Folding@Home они начали майнить его коины или на сдали в неоплачиваемую аренду свои вычислительные мощности ? Спасибо.

[ramzifcb47]

Хорошая монета с действительно многообещающим будущим, не могу дождаться, чтобы увидеть эту монету в списке на крупных биржах, так что просто продолжайте в том же духе

[xandry]

Ребят, извините за тупой вопрос, но мне важно знать, все эти люди которые присоеденились к проекту Folding@Home они начали майнить его коины или на сдали в неоплачиваемую аренду свои вычислительные мощности ? Спасибо.

Сам по себе проект Folding@Home некоммерческий и никому ничего не платит, но от него напрямую зависят те, кто дают вознаграждения в криптовалюте, это Foldingcoin и Curecoin. То есть вы можете присоединиться к Folding@Home как и все на безвозмездной основе, но если:
1. Всего лишь укажете в своём имени как участника адрес bitcoin кошелька
2. В качестве команды укажите 224497
3. Зарегистрируетесь на пуле Curecoin и заведёте себе их кошелёк

То ваше безвозмездное участие будет вознаграждаться.

Хорошая монета с действительно многообещающим будущим, не могу дождаться, чтобы увидеть эту монету в списке на крупных биржах, так что просто продолжайте в том же духе

Со всех крупных бирж Foldingcoin уже давно удалён и остался лишь на одной https://www.finexbox.com/Orders/market/pair/FLDC-BTC.html
При этом некоторые пользователи писали, что есть зачастую кошелёк FLDC на бирже отключён.
У Curecoin с этим пока дела гораздо лучше. Кто знает, может в свете важности полученных исследований, FLDC вновь добавят на биржи.

[almaz8695]

На файнексбоксе торгов тоже нет очень давно, а те объемы на 10-20к сатох в сутки выглядят сделанными ботами. И скорее всего никто листить FLDC или повторно листить после удаления с биржи не будет, нет интереса к торгам. Да и это нужно было делать когда шли заметки одна за другой о сдаче в аренду оборудования от геймеров и майнеров, на хайпе так сказать, но никто этого не сделал.

[KTChampions]

ПОИМКА ДЕМОГОРГОНА COVID-19 (также известный как ШИП) В ДЕЙСТВИИ

Шип вируса SARS-CoV-2 (показан ниже) является одной из особенно привлекательных целей для разработки терапевтических средств борьбы с болезнью COVID-19. На самом деле он состоит из трех идентичных белков, расположенных по кругу. Многие копии шипа высовываются с поверхности вируса где они ждут встречи с белком, называемым ACE2 и находящимся на поверхности множества клеток человека. Контакт шипа с ACE2 инициирует серию событий, которые в конечном итоге позволяют вирусу проникать в клетку человека. Следовательно, терапевтические средства, которые связывают шип таким образом, который блокирует его взаимодействие с ACE2, могут обеспечить эффективное средство для предотвращения инфекции.


The COVID-19 Демогоргон (он же Шип), предоставлено SciStyle - Научная иллюстрация и анимация (Томас Сплеттштессер).

Хотя структура, показанная выше, чрезвычайно ценна, она далека от полной картины того, как работает шип, или того, как мы могли бы атаковать его с помощью терапевтических средств.

Фактически, хорошо известно, что шип должен подвергнуться прорывному исследованию для выявления интерфейса, который в конечном итоге привязывается к человеческой клетке. В частности, шип имеет три рецептор-связывающие области, которые непосредственно связываются с ACE2 (белком на поверхности клеток человека). Чтобы сформировалось понимание взаимодействия шип-ACE2, три рецептор-связывающие области должны быть исследованы, чтобы выявить интерфейс связывания.

Открытие трех рецептор-связывающих областей напомнило нам о устах демогоргонического монстра из телесериала «Чужие вещи», поэтому мы привыкли называть шип COVID-19 Демогоргоном.

Понимание того, как шип действует чтобы зацепиться за белок ACE2, может быть чрезвычайно полезным. Каждый шаг на этом пути потенциально может быть направлен на получение лекарства.

К сожалению, нет способа наблюдать за тем, как шип проходит этот этап, по крайней мере, с помощью существующих экспериментальных методов. Данные о том, как выглядит состояние готовности шипа, также ограничены.

Чтобы преодолеть это ограничение, мы используем компьютерное моделирование, чтобы увидеть, как Демогоргон COVID-19 "открывает рот". Для этого мы используем двух этапный процесс. На первом этапе мы используем алгоритм, называемый адаптивной выборкой FAST (Усиление Флуктуации Определенных Признаков - прим. KTChampions), который позволяет нам сфокусировать моделирование на фиксации определенных структурных изменений, таких как раскрытие шипа. Хотя мы видим эти процессы, зачастую все еще трудно сказать, сколько времени занимает каждая стадия процесса. Такая информация ценна, потому что долгоидущие процессы, как правило, являются лучшими терапевтическими мишенями. Чтобы получить эту информацию, мы затем возьмем соответствующие структуры с разных этапов изучаемых процессов и запустим тысячи симуляций на платформе распределенных вычислений Folding@home. Эти моделирования позволяют нам идентифицировать дополнительные структуры белка, определить соответствующие времена жизни всех различных структур и определить их приоритетность для разработки лекарств.

Оба шага чрезвычайно дороги в смысле вычислений. Если вы попытаетесь смоделировать открытие шипа на вашем домашнем компьютере, вам повезет если вы увидите хотя бы часть процесса в течение следующих 100 лет. Даже с достаточно мощным компьютерным кластером, который работает в Медицинской школе Вашингтонского университета, нам будет сложно запечатлеть это событие. Излишне говорить, что никто из нас не хочет так долго ждать разработки препарата для лечения COVID-19.

К счастью, у нас есть подкрепление! За последние три недели более 700 тысяч гражданских ученых присоединились к проекту Folding@home. Это 20-кратное увеличение участия дало нам беспрецедентную вычислительную мощность для исследования COVID-19. Фактически, Folding@home является первым компьютером, достигшим масштаба экзаФЛОПС, и в настоящее время считается более мощным, чем ближайшие топ-100 суперкомпьютеров вместе взятых.

Мы также наладили ряд партнерств промышленного масштаба. Например, Джон Кахан (John Kahan), главный специалист по Аналитике Данных и ИИ в области Здравоохранения в Microsoft, разделяет наше видение, говоря: «Масштабы и размеры нынешней глобальной пандемии требуют совместной работы между компаниями, некоммерческими организациями, правительствами, учеными и клиниками. Мы рады возможности поддержать проект Folding@home через Медицинский факультет Вашингтонского университета в ускорении исследований, связанных с COVID-19, с использованием облачных ресурсов Azure». Объединив усилия с командами ИИ для Здравоохранения и Azure от Microsoft, мы смогли значительно увеличить вычислительную мощность, необходимую для первого этапа нашего моделирования. Они также помогают нам с размещением дополнительных серверов, для лучшего обслуживания сообщества Folding@home.

Объединив наши силы, мы зафиксировали открытие одной из рецептор-связывающих областей Демогоргона COVID-19, показанной ниже.


видео открывается по клику

Частичное открытие "рта" Демогоргона COVID-19 (он же шип) получено нашими симуляциями. Три цвета - это три белка, которые образуют шип. Каждый из них состоит из линейной цепи химических веществ, называемых аминокислотами. Цветные ленты отслеживают каждую цепь. Прозрачная поверхность - это поверхность Демогоргона COVID-19. Три белка, из которых состоит Демогоргон, должны отдалятся друг от друга, чтобы достичь области присоединения к ACE2, белку через который инициируется инфекция и который находится на поверхности клеток человека. Этот фильм показывает часть этого движения-отдаления.
 
Спасибо нашему большому сообществу за помощь! Мы не могли бы сделать это без тебя.

Мы продолжим проводить дополнительные симуляции для получения данных по открытию других рецептор-связывающих областей. Как только данные будут готовы, мы сделаем их общедоступными.

Конечно, имейте в виду, что эта работа находится на переднем крае науки. Мы бросаем все, что у нас есть на исследование COVID-19, но мы не можем точно сказать, приведет ли (и когда это случится) наша работа к получению средств лечения.

С учетом сказанного вы можете помочь нам максимально увеличить шансы на успех!

1.) Загрузка Folding@home и помощь нам в проведении симуляций - основной способ внести свой вклад. Эти расчеты огромны, и каждая толика помощи имеет значение! Каждая симуляция, которую вы запускаете, похожа на покупку лотерейного билета. Чем больше билетов мы покупаем, тем больше у нас шансов выиграть джекпот. Обычно ваш компьютер никогда не будет бездействовать, но у нас был такой широкий отклик на нашу работу с COVID-19, что вы увидите некоторое время простоя, в те моменты когда мы спешим настраивать/распределить больше симуляций. Пожалуйста, будьте терпеливы с нами! Предстоит сделать много ценных научных разработок, и мы запустим их настолько быстро, насколько сможем.

2.) Если у вас нет компьютера для присоединения к распределенным вычислениям или вы ощущаете себя особо щедрым, вы также можете делать пожертвования через Вашингтонский университет в Сент-Луисе. Эти средства используются для ряда целей, в том числе: 1) для поддержки нашего программного обеспечения и серверного оборудования (что особенно важно сейчас, когда мы быстро расширяемся!) И 2) для покупки компонентов для экспериментального тестирования на основе данных нашего моделирования.

Оригинал: https://foldingathome.org/2020/04/03/capturing-the-covid-19-demogorgon-aka-spike-in-action/
Автор: Greg Bowman
Перевод: KTChampions

Буду благодарен за помощь в исправлении ошибок и неточностей.

[Unsoldier]

Новые имитации поиска способов лечения COVID-19 путем перепрофилирования существующих препаратов NTP-аналогов, предназначенных для репликации вирусной РНК

13 апреля 2020 года
Автор Xuhui Huang

Коронавирус (CoV) имеет капсид, который обволакивает одновиточный РНК-геном.  Установлено, что с капсидом связаны три структурных белка: мембрана, оболочка и белок-«шип». Химические соединения и моноклональные антитела, которые воздействуют на поверхностные белки SARS-CoV-2, изучались для лечения COVID-19. Помимо этого, в интенсивной разработке по профилактике COVID-19 находятся новые вакцины, которые воздействуют на вирусные поверхности антигенов. К сожалению, лекарства и вакцины с ингибирующими механизмами, воздействующие на поверхностные рецепторы, могут быть неэффективны из-за постоянной эволюции поверхностных рецепторов и обхода иммунной реакции носителя (зараженного – прим. пер.). С другой стороны, вирусная РНК-зависимая-РНК полимераза (RdRp) представляет собой белок, который глубоко скрыт внутри вирусной капсулы и отвечает за репродукцию вируса. Более того, функциональная способность к консервации RdRp делает его высоко устойчивым к мутациям. Следовательно, RdRp служит перспективной мишенью для лекарственных средств.

Разработка лекарственных средств, воздействующих на SARS-CoV-2 RdRp, является сложной задачей, из-за свойственной ему функции распознавания экзонуклеазы (ExoN). Репродуцируемый полипротеин коронавирусов представляет собой многофункциональный белок, который содержит 16 безструктурных белков (nsp). Среди них nsp12 является ядром каталитической субъединицы, ответственной за добавление нуклеотидов (см. рис. 1а). Если nsp12 допустил ошибку, объединившись с несовместимым нуклеотидом, то nsp14-ExoN исправит ошибку, расщепив этот по ошибке присоединенный нуклеотид (см. рис. 1b). NTP-аналоги могут подавлять каталитическое ядро субъединицы nsp12, но NTP-аналогам противодействуют включения в зародившейся РНК, а присущая nsp14 функция распознавания, устраняет NTP-аналог. Ремдесивир (противовирусный препарат – прим. пер.) является многообещающим кандидатом в препараты для лечения инфекции COVID-19, в значительной степени благодаря своей способности к ингибированию обоих нуклеотидов, как присоединяемого (nsp12), так и расщепляемого (nsp14).


Рисунок 1: ферменты вирусной репликации в SARS-CoV-2. (a) присоединяемый нуклеотид к nsp12, (b) nsp14 в процессе распознавания путем расщепления нуклеотида.


Лаборатория Huang Гонконгского университета науки и технологии выпустила серию проектов Folding@Home по имитации комплексов nsp12 и nsp14. Мы будем следить за лекарственными препаратами NTP-аналогов одобренных FDP. Также мы стремимся перепрофилировать препараты, которые подавляют репликацию SARS-CoV-2.

Источник: https://foldingathome.org/2020/04/13/new-simulations-to-search-for-covid-19-treatment-via-repurposing-existing-ntp-analog-drugs-that-target-viral-rna-replication/
Перевод: Unsoldier

[mikhailr]

НОВОЕ ПРОГРАММНОЕ ОБЕСПЕЧЕНИЕ FOLDING@HOME С ВОЗМОЖНОСТЬЮ ПРИОРИТЕЗАЦИИ ПРОЕКТОВ COVID-19

17 апреля 2020 года
Автор: Greg Bowman

в ответ на массовый спрос мы создали обновление для программного обеспечения Folding@home, которое позволяет вам расставлять приоритеты в проектах COVID-19. Мы рекомендуем вам выполнить обновление, так как новое программное обеспечение включает в себя важные исправления ошибок и обновления безопасности. Загрузка доступна здесь. Пожалуйста, присоединяйтесь ко мне и поблагодарите центр науки и техники живых систем (CSELS) Вашингтонского университета в Сент-Луисе за финансирование разработки этого обновления программного обеспечения.

Наш главный приоритет в этом выпуске состоял в том, чтобы как можно быстрее добавить опцию COVID-19. Мы также воспользовались возможностью исправить многие проблемы, поднятые нашими добровольцами, но не решили те, которые вызвали бы значительные задержки в выпуске нового программного обеспечения. Чтобы лучше устранить важные ошибки в будущем, мы организовали команду разработчиков-добровольцев, которые сортируют и расставляют приоритеты в нашем трекере проблем на GitHub. Они уже делают огромные успехи.

Заглядывая в будущее, мы также работаем над новым программным обеспечением Open-Source Folding@home. Это новое программное обеспечение улучшит производительность Folding@home и облегчит вовлечение сообщества в его разработку. Используя огромное количество технических талантов, доступных в сообществе Folding@home, мы верим, что сможем создавать лучшее программное обеспечение с более привлекательным и продуктивным пользовательским интерфейсом и чаще обновлять это программное обеспечение. Более подробная информация о доступности этого нового программного обеспечения вскоре будет объявлена в этом блоге.

Перевод.
Оригинал: https://foldingathome.org/2020/04/17/new-foldinghome-software-with-the-option-to-prioritize-covid-19-projects/

[KTChampions]

Антагонизм между замещениями в бетта-лактамазе объясняет путь, который еще не пройден в эволюции бактериальной лекарственной устойчивости.

Введение:
Β-лактамазы CTX-M широко распространены в грамотрицательных бактериальных патогенах и обеспечивают устойчивость к цефалоспорину цефотаксиму, но не к связанному с ним антибиотику цефтазидиму. Тем не менее, появились варианты, которые обеспечивают устойчивость к цефтазидиму. Две естественные мутации, вызывающие замещение P167S и D240G в ферменте CTX-M, приводят к увеличению гидролиза цефтазидима в 10 раз. Хотя можно предположить, что комбинация этих мутаций еще больше увеличит гидролиз цефтазидима, комбинация P167S/D240G не встречалась в наблюдаемом в природе варианте CTX-M. Здесь, используя рекомбинантно экспрессируемые ферменты, измерения минимальной ингибирующей концентрации, стационарную кинетику ферментов и рентгеновскую кристаллографию, мы показываем, что фермент с двойным мутантом P167S/D240G демонстрирует пониженный гидролиз цефтазидима, более низкую термостабильность и пониженные уровни экспрессии белка по сравнению с каждым из одиночных мутантов, что указывает на негативный эпистаз. Данные полученные с помощью рентгена по структурам мутантных ферментов с ковалентно захваченным цефтазидимом позволяют предположить, что замена Ω-петли активной области на открытую структуру позволяет вмещать цефтазидим, приводящий к усиленному катализу. Десять микросекунд моделирования молекулярной динамики дополнительно связали открытие Ω-петли с каталитической активностью. Мы наблюдали, что природный тип и вариант мутации P167S/D240G с ацилированным цефтазидимом оба благоприятствуют закрытой структуре, не способствующей катализу. Напротив, одиночные замены резко увеличивали вероятность появления открытых структур. Мы делаем заключение, что антагонизм обусловлен ограничением структуры Ω-петли. Эти результаты показывают важность структурной гетерогенности петель активной области в управлении каталитической активностью и управлении эволюционными траекториями.

Оригинал: https://foldingathome.org/2020/04/17/antagonism-between-substitutions-in-β-lactamase-explains-a-path-not-taken-in-the-evolution-of-bacterial-drug-resistance/
Автор: Anton Thynell
Перевод: KTChampions

Буду благодарен за помощь в исправлении ошибок и неточностей.

[KTChampions]

ИДЁМ ЗА БЕЛКОМ ОБОЛОЧКИ ТАИНСТВЕННОГО SARS-COV-2

Ионные каналы действуют как двери для клеток: они открываются и закрываются, чтобы впускать и выпускать частицы, которые несут электрический заряд, ионы. Поэтому ионные каналы лежат в основе функции возбудимых клеток, таких как нейронов, сердечных или мышечных клеток несущих небольшие электрические токи, которые поддерживают наши движения, мысли и рефлексы.

Вирусные ионные каналы могут быть целью блокиратора ионных каналов

Вирусы также обычно используют ионные каналы, хотя еще не всегда ясно, насколько важно перемещение ионов для вируса. Предполагается, что вирусные ионные каналы, также называемые виропоринами, являются наиболее приоритетными противовирусными мишенями.

История этих лекарств начинается с Амантадина, лекарства от гриппа (гриппа A), который используется с 1966 года. Амантадин использовался в течение почти 20 лет без понимания механизма его действия. Затем, в 1985 году стало понято, что амантадин действует как блокиратор для ионного канала М2 гриппа А. Чуть позже стало понятно, что ингибирование М2 амантадином снижает способность вируса производить ранние этапы репликации. Сегодня, благодаря структурной биологии и моделированию молекулярной динамики, у нас есть четкая картина того, как амантадин блокирует канал М2 и почему определенные мутации гриппа приводят к устойчивости к этому препарату и его производным.


Амантадин (шарообразный) связан с каналом гриппа M2 (серые спирали), блокируя поток ионов через центральный канал

Амилорид (продается под торговым названием Midamor) является лекарством, используемым для лечения высокого кровяного давления. По-видимому, он блокирует ионный канал, с помощью которого образуется белок Vpu из вируса ВИЧ-1, а также ионный канал белка оболочки из коронавируса. Никто не понимает механизм этой блокировки белка оболочки. Это то, что мы пытаемся понять, используя folding@home!

Структура белка оболочки

Белок оболочки (E) является наименьшим из структурных белков, необходимых для сборки вируса. Вместе с мембранным белком он, по-видимому, важен для образования вирусной частицы в клетке человека, так как он помогает мембранной кривой которая является первым этапом формирования вируса.


Визуализация вируса SARS-CoV-2 от Klick Health. Белок оболочки представлен голубым, а липиды, составляющие вирусную мембрану, светло-розового цвета. Copyright (C) 2020 Klick Inc.

Мы еще не знаем, как выглядит белок оболочки SARS-CoV-2 на атомном разрешении, но, к счастью, у нас есть структуры белка оболочки SARS-CoV, которые, как ожидается, будут очень похожи. Структуры показывают, что канал собирается в виде пентамера, то есть пять белков одного и того же вида (так называемые мономеры) собираются вместе, образуя путь, по которому будут транспортироваться ионы.


Схема модели MD, которую мы используем на folding@home. Белок оболочки пентамера SARS_CoV (голубой) в липидах, образующих мембрану (светло-розовая). Сферы вокруг - это ионы (положительно заряженные ионы красного цвета, отрицательно заряженные ионы оранжевого цвета).

Как и другие ионные каналы, эти белки плавают в море липидов, которые составляют мембрану. Помните, что причина, по которой мытье рук с мылом является эффективным способом избавления от этого вируса, заключается в том, что он покрыт липидами, которые прилипают к нашей коже, но также делают его уязвимым для моющих средств, таких как мыло!

Активность ионного канала

Регистрация электрических токов, возникающих при перемещении ионов в белке оболочки SARS-CoV, была сделана методом, называемым методом локальной фиксации потенциала. Эти измерения показали, что белок может транспортировать через мембрану все виды положительно заряженных ионов, но не отрицательно заряженные. Пока что мы не знаем, как белок способен разделять эти ионы. Это то, что моделирование молекулярной динамики, например, проведенное с использованием folding@home, может нам показать. В компьютере мы можем применить электрический стимул, подобный тем, которые применялись в экспериментах, и посмотреть, какие ионы переносятся в ответ на него.

Сборка ионного канала

Чтобы белок мог выполнять свою функцию по транспортировке ионов, его сначала нужно собрать в пентамер. В принципе, лекарство, которое будет препятствовать его сборке, нанесет вред вирусу. Таким образом, мы хотели бы увидеть, как канал собирается, понять, как это происходит, а затем предложить стратегии для нарушения этого процесса. Мы надеемся, что благодаря огромному количеству вычислительной мощности, которую нам предоставляет folding@home, это возможно. Идея сделать это состоит в том, чтобы начать с места, где кусочки белка (мономеры) расположены отдельно друг от друга, и запустить моделирование их группирования. Затем мы продолжаем только то моделирование, которое, кажется, идет в направлении сборки белка, в то время как мы останавливаем те моделирования, где мономеры расходятся. Эта стратегия называется «адаптивный посев» и является мощным способом ускорить наблюдение за интересующими нас процессами.

Блокировка лекарствами

Как только мы лучше поймем, как белок работает в качестве ионного канала и как он собирается, мы надеемся, что сможем понять, как амилорид и его производные препятствуют нормальной работе канала.



Амилорид является одним из препаратов для лечения высокого кровяного давления. Он действует, блокируя ионный канал человека, эпителиальный натриевый канал ENaC и натрий-водородный антипортер 1 NHE-1 - еще один белок, который транспортирует ионы через мембраны клеток.

Молекулярно-динамическое моделирование, выполненное на folding@home, может помочь нам понять механизмы сдерживания лекарствами, как описано более подробно здесь. Мы надеемся, что сможем понять, как амилорид поражает белоок оболочки, и предложить способы сделать из него еще лучший препарат.

Роль белка оболочки в вирусной репродукции и разработке вакцин

Существует много стратегий разработки вакцин. Идея, лежащая в основе вакцинации, состоит в том, чтобы подвергнуть иммунную систему чему-то, похожему на вирус, до того, как подвергнуться действительно вирусу. Таким образом, иммунная система успевает подготовиться к борьбе с реальной инфекцией, когда она наступит. «Вещи», имитирующие вирус, но без способности осуществлять инфекцию, могут быть ослабленным или "разбавленным" вирусом или могут быть основаны на вирусных векторах, нуклеиновых кислотах, белках или вирусоподобных частицах.

Было показано, что SARS-CoV и MERS-CoV, в которых отсутствует белок оболочки, демонстрируют значительно сниженную вирулентность, неполноценное созревание или воспроизведение неопасного потомства. Таким образом, было предложено, чтобы вирусы, в которых отсутствует белок оболочки, служили основой для вирусной вакцины. Тем не менее, оптимизация вакцин является сложным процессом, и понимание основ биологии SARS-CoV-2 может только способствовать нашим коллективным усилиям по борьбе с Covid-19.

Оригинал: https://foldingathome.org/2020/05/25/going-after-the-mysterious-sars-cov-2-envelope-protein/
Автор: Lucie Delemotte
Перевод: KTChampions

Буду благодарен за помощь в исправлении ошибок и неточностей.

[Unsoldier]

Конформационные распределения, кодирующие механохимические свойства изолированных миозиновых двигательных областей.

4 июня 2020
автор Anton Thynell

Похожие статьи

Конформационные распределения, кодирующие механохимические свойства изолированных миозиновых двигательных областей.

Elife. 2020 Maй 29;9:

Авторы: Porter JR, Meller A, Zimmerman MI, Greenberg MJ, Bowman GR

Краткое описание
Миозиновые двигательные области выполняют экстраординарное разнообразие биологических функций несмотря на общий обменный механохимический цикл. Двигательные мускулы адаптируются к своим функциям частично настраивая термодинамические и кинетические шаги этого цикла. Однако, остаётся неясным, как секвенция кодирует различия отдельных двигательных мускулов, поскольку те биохимически часто имеют почти неразличимые кристаллические структуры. Мы предположили, что секвенции производят различные биохимические фенотипы моделируемые, вполне вероятно, ансамблем конформаций, выполняющих различные функциональные роли. Для проверки этой гипотезы мы смоделировали распределение конформаций для 12 миозиновых двигательных областей, сконструировав структурные модели Маркова (MCMs), за беспрецедентные 2 миллисекунды эксплицитно растворив на атомы молекулярно-динамические симуляции. Сравнение двигательных мускулов обнаружило сдвиги в балансе между нуклеотидно-благоприятными и нуклеотидно-неблагоприятными Р-петлеобразными конформациями, которые экспериментально спрогнозированы измеренными рабочими коэффициентами, а ADP-показатели высвобождения лучше, чем у секвенции или индивидуальных структур. Такой результат демонстрирует влияние ансамбля в перспективе изучения секвентарно-функциональных связей.

PMID: 32479265 [по согласованию с издателем PubMed]
-

Источник: https://foldingathome.org/2020/06/04/conformational-distributions-of-isolated-myosin-motor-domains-encode-their-mechanochemical-properties/

Перевёл Unsoldier для bitcointalk.org