https://en.bitcoin.it/wiki/Running_bitcoind#Command-line_arguments
-datadir
для винды:
Quote
rem ================== Bitcoin start
tasklist | find /I "bitcoind.exe"
if %errorlevel%==1 start "bitcoind.exe" /MIN "C:\Program Files\Bitcoin\daemon\bitcoind.exe" -conf=daemon.conf -txindex=1 -datadir=./btc_1
tasklist | find /I "bitcoind.exe"
if %errorlevel%==1 start "bitcoind.exe" /MIN "C:\Program Files\Bitcoin\daemon\bitcoind.exe" -conf=daemon.conf -txindex=1 -datadir=./btc_1
в -datadir укажи другую директотрию
и еще нужен какойто ключ чтобы они не мешали друг другу слушать сеть