Entonces si recibo micro pagos de 0.2 euros cada uno en una dirección distinta, Cuando decido agruparlo todo en una dirección ¿pago mas de lo que he ganado?, o tendría que esperar mucho tiempo para que los bitcoins se hagan viejos?.
Lo de esperar a que los inputs se hagan viejos ya no aplica. Ahora lo único que cuenta para calcular el coste en comisiones es el tamaño total de la transacción. Cuantos más inputs, generalmente, más gasto en comisiones para el que hace el pago.
Necesito consejo ¿como se tendría que hacer?
Recibir micropagos de 0.5 euros puede no ser práctico porque aproximadamente esa misma cantidad es la que se te va a ir en comisiones. (50% ingresos reales y 50% en comisiones). Por culturilla, se supone que al poco rato de que se active Segwit, se podrá conseguir con Lightning y quizás también a través de alguna cadena lateral (sidechain).
Para una web similar, lo que yo hice y funciona muy bien, es que cada usuario precargue su "cuenta", asociada a su perfil de Gmail. Para ello utilizo Mycelium Gear y despliego la web en Google App Engine. Al principio el usuario hace login con su cuenta de Gmail (con Google App Engine es fácil de programar), allí ingresa la cantidad que desee en su cuenta (por ejemplo, 10 euros en bitcoins), y luego guardas tú esa cantidad en tu base de datos local (Google Cloud Datastore) para que el usuario lo vea en su perfil. A medida que va comprando productos, restas la cantidad asociada a su cuenta en Google Cloud Datastore.
Para un web con tráfico normal, el hosting en Google App Engine te sale gratis. Yo he utilizado Python, pero también se puede hacer con Java si lo prefieres.