Jeg kan ikke noe om Windows, så jeg kan ikke hjelpe deg i detalj. Men uansett hvor du installerer Bitcoin Core, vil den lagre data (blokk-kjede, lommebok osv) på C-disken. Du kan endre på dette med opsjonen -datadir. Først avslutter du Bitcoin Core, så flytter du filene fra C til D (f.eks.), og så starter du Core på nytt med opsjonen, f.eks. -datadir=d:\BitcoinData. Hver gang du starter Core må du ha med den opsjonen, ellers vil den begynne på nytt på C-disken igjen.
Mer detaljer her:
https://en.bitcoin.it/wiki/Data_directory, se spesielt "Default location".