Tem como eles filtrarem a fee minima? Por exemplo, só confirmarem transações com uma fee maior que X?
Sim, facilmente, inclusive o bitcoin core tem essa opção já embutida: se setar o "minrelayfee" ele não vai minerar nem repassar transações com fee menor que aquele valor.
Filtrarem que só vão aceitar transações de tal países? e coisas assim?
Essa já é praticamente impossivel. A menos que vc tenha conexão direta com todas as carteiras do sistema, você não tem como saber de onde uma transação veio. E mesmo tendo conexão com todas as carteiras, alguma lentidão na rede pode te fazer receber ela por uma carteira diferente da que originou. Você pode, por exemplo, banir determinados endereços que você sabe serem de alguem que você nao gosta, mas por local não tem como.