Durante muito tempo, a Bitcoin ficou conhecida como a moeda da deep web, uma forma de pagamento online anónima que é usada para transações ilícitas. No entanto, esta ideia está completamente errada, pois a Bitcoin não é anônima, mas sim pseudônima, no sentido em que todas as transacções podem ser livremente verificadas na blockchain, mas não estão ligadas ao nome da pessoa. Neste caso, o pseudónimo é a carteira de Bitcoin.
Existem moedas desenhadas para proteger a privacidade do utilizador como é o caso da DASH, Zcash, e Monero. O Monero é até usado em alguns mercados negros da deep web, como o Alphabay. No entanto, a moeda de eleição para a deep web continua a ser a Bitcoin.