Non so se è possibile, mi pare che cgminer utilizzi la variabile DISPLAY per bindarsi a una scheda video piuttosto che ad un'altra, e se così fosse non vedo alternative ad X.
Beh, tanto per iniziare assicurati che il driver sia caricato con lsmod e, se non lo fosse, prova a caricarlo dando
modprobe fglrx
da root e vedi che dice.