Так этот сишный скрипт как раз для SHA256, посмотрите код. По-моему, там нужно ещё зависимости для криптографии ECDSA прорулить.
Всё верно, он для SHA256, но на выходе генерит какую-то пургу.
По крайней мере, клиент (BC 0.8) стартовать с его данными отказывается.
Т.е. например Merkle hash который он предлагает, отличается от того, который пишет сам клиент в дебаг-лог.