Estoy en una duda grande: si dejar que mis BTC se depositen en Blockchain (y así correr un poco más de "riesgo" por estar más vulnerable a terceros) o usar un software offline como Multibit.
Uno offline en linux, con un usuario dedicado, es una opción razonable.
Mi otra pregunta es la siguiente: una vez que tengo un fichero .wallet creado en Multibit, ¿directamente ya estoy habilitado a recibir el pago con mi ID?
Recibirías pagos en tus direcciones. No sé a qué te refieres con tu ID.
En caso de querer abrir esta misma billetera en otra computadora, ¿debo usar el archivo .wallet y automáticamente me muestra los fondos que tengo?
En principio sí pero esto no se recomienda hacerlo. Si ese otro equipo no es tuyo, no uses bitcoin en él. Si es tuyo, usa otro monedero diferente.