Isso com certeza deixará de ser lucrativo para as botnets quando o Bitcoin Mining com hardware ASIC chegar...
Lucrativo sempre será pois são parasitas. Eles não têm custos rodando um minerador. No máximo o risco de chamar a atenção, que pode ser mitigado não rodando a 100%.
O que pode acontecer é que as ASICs tornem tão pequeno o lucro das botnets mineradoras, que seus operadores decidam fazer outras coisas com as GPUs e CPUs de suas botnets, coisas que dêem mais dinheiro.