Infatti i bitcoin non arrivano su bitcoin core (o qualsiasi altro wallet), arrivano sull'indirizzo bitcoin. Poi tu lo controlli dal tuo wallet (puoi vedere la balance, spendere i btc, ecc).
Sembra una distinzione sottile ma è sostanziale: se sulla blockchain i bitcoin (o meglio la transazione ma va beh) sono sull'address che hai indicato, ci sono e basta, a prescindere da quel che vedi sul wallet. Se ci sono discrepanze tra wallet e blockchain è sempre un problema del wallet (non è sincronizzato, si è sputtanato in qualsiasi altro modo, ecc), e sta a te fixare (attendere che si sincronizzi, riavviare, reinstallare, cambiarlo
ricordando SEMPRE di fare prima il backup delle chiavi private - file wallet.dat in genere -, prima di fare qualsiasi cosa).