Un réplica de Silk Road (ya existen: BMR y Atlantis por ejemplo) en el mismo contexto de la red TOR es igualmente vulnerable al mismo tipo de ataque. Por tanto estamos en las mismas.
Sin ser un experto en la materia, imagino que debe ser más fácil atacar a un sitio como SR que a miles.
El problema es que a la que otro sitio se haga grande, será el elegido para el ataque, y hay que tener en cuenta que sitios como Silk Road se basan en la confianza. Empezar de nuevo tienes muchos costes (monetarios y sobretodo no-monetarios) asociados.
Además, la gente dejaría de usar el sistema ya que: porque vas a usar un sistema donde tienes que ganar reputación para funcionar bien si sabes que lo más probable es que no tengas tiempo de construir reputación antes de que lo tiren abajo? Sería un engorro para los usuarios, dejarían de usarlo muchos, etc...
Esto necesita solucionarse de otra manera. O se arregla el protocolo Tor, o Silk Road encuentra alguna solución particular (por ejemplo asignar una web diferente a cada usuario) o se usa otro protocolo anonimizador que no tengas los problemas de Tor (pero las alternativas no han sido muy testeadas). Sino, el modelo Silk Road no sobrevivirá.