En lo que ando perdido es, qué comandos puedo enviar a bitcoind para que me diga las transferencias recibidas a mi cuenta de bitcoin con todos sus datos (monedas, hora envio, etc) para poder guardarlas en mi aplicación?
Mírate el comando listsinceblock. Te muestra las transferencias relativas a tu wallet que han ocurrido desde el bloque que le indicas. Ojo, le tienes que pasar el hash del bloque, por lo que antes necesitas hacer un getblockhash. Deberías testear esto ante reorganizaciones de bloques y todo eso (transacciones que desaparecen, o que pasan a tener menos confirmaciones de las que tenían…).
En bitcoin la "hora" de la transacción es la hora del bloque en la que aparece. Lo tienes en la misma salida de listsinceblock, en el campo "blocktime". También hay un campo "time" pero supongo que ese lo guarda el cliente por su cuenta, ya no es información que esté en la cadena de bloques. Podrías usar este campo, simplemente asegúrate de guardar backups del wallet no sólo por los fondos
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Otra pregunta que me saldrá más adelante, en mi monedero, puedo tener más de una cuenta para trabajar con ellas?
Hay varios comandos para gestionar cuentas (getaccount, getaccountaddress, getaddressesbyaccount, listaccounts…) pero antes mírate bien qué es una cuenta en bitcoin porque puede no ser lo que necesitas. En el wiki hay información.