Боты обновляют портфолио перед каждой операцией, поэтому проблем быть не должно. Ну разве что потеря коммисии, если вы купите, в то время как бот, согласно своей стратегии, будет продавать.
При работе с ботами, вообще, лучше открывать 2 счета. (или больше)
Счета для ботов и счет для ручной торговли.
Средства конечно, не оптимально используются, но результат, более прозрачен.