No se si te referieres a que el voltaje de la línea +12v varia, es normal y no encontraras dos fuentes, aunque sean iguales, que den exactamente los mismos valores ya que depende de la estabilidad de las líneas.
Lo ideal es 12.000v. Una buena fuente es la que tiene menos variación (tanto por encima como por debajo) de esos 12.000v., determina su estabilidad y eficiencia en la entrega de potencia. En parte de esto también se basan las certificaciones 80 Plus, Bronce, Silver, Oro...
Ejemplo: Una fuente que da en carga máxima 11.950v. (-0.050v.) es mas estable y eficiente que una que da 12.150v. (+0.150v. sobre los 12.000v.)
Bajate el HWMonitor y podras chequear la carga que esta dando tu fuente/PC en las diferentes líneas.