Io sto usando cgminer 3.7.2 ma non ho nessun file cgminer.conf
Cgminer lo puoi programmare in due modi.
1) Usi il file cgminer.conf in formato json dove gli passi tutti i dati ed avvi cgminer con cgminer.exe --config cgminer.conf (per dire).
2) Passi i parametri direttamente da linea di comando come fai tu.
In ogni caso, vale la storia della virgola, quindi se hai due schede e vuoi dare due intensità diverse, basta al posto di -I 18 mettere, per dire, un -I D,18 dove la prima variabile rappresenta GPU0 e l'altra GPU1.
Naturalmente se quella che usi come video fosse la 1 devi invertirli