Para mí, en Bitstamp.net, aparte del riesgo de "robo informático" está el que Bitstamp.net quiebre (como empresa) igual que MT Gox, así que me inclinaría por Blockchain.info, la cuestión es que he visto que en Bitstamp hay múltiples pasos para la confirmación de una transferencia por lo que me parece que puede ser más seguro.
Las coins que no están en tu poder realmente no son tuyas. Da igual todas las medidas de seguridad que parezcan tener, cualquier día vas a hacer login y, oops…
Qué seguridad adicional tiene una paper wallet sobre la wallet de Blockchain.info, es decir, el paper puede tener toda la seguridad que quieras pero si al final te hackean la cuenta, ya puedes tener el papel escondidísimo que no sirve para nada.
Te hackean ¿qué cuenta? Un paper wallet es solo una clave privada. Tú envías las coins a la dirección asociada y ya te pueden hackear todos tus ordenadores, o entrar en casa y robártelos, que si no encuentran el papel las coins están seguras. Y si además lo cifras con BIP38 (o de cualquier otra manera) ya ni siquiera les sirve con encontrarlo, tendrán además que partirte el cráneo con la llave inglesa para que aflojes la contraseña.