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Un pendrive, como indicaba en posts precedentes, parece tener poca cancha de casos de uso de éxito publicados al correr Bitcoin Core. El que te has comprado me parece tremendamente barato para la capacidad que tiene, por lo que, de entrada, me produciría serias dudas acerca de sus prestaciones reales y sostenidas.
Puedes monitorizar la velocidad que te da el sistema operativo al copiar gran cantidad de información sobre el dispositivo, y ver si se producen muchas fluctuaciones de entidad, y si se llega a congelar en ciertos momentos.
También es posible que se trabe al recibir peticiones simultaneas o quasi simultaneas como podría producirse al intentar bajar la cadena de bloques y escribir los datos de los bloques y/o actualizar el fichero índice (a diferencia de discos duros propiamente dichos, sean del tipo que sean).
En lo relativo al sistema de archivos (exFat o NTFS), leyendo algunos artículos por encima, para dispositivos usb, parecen apuntar a exFat como algo mejor en términos de rendimiento, pero vamos, no creo que este aspecto sea fundamental ni raíz en el problema.
